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- PDB-8w6p: Crystal structure of dimeric murine SMPDL3A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w6p
タイトルCrystal structure of dimeric murine SMPDL3A
要素Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
キーワードHYDROLASE / innate immunity / lipid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / nucleoside-triphosphate phosphatase / ATP hydrolysis activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase, predicted / Acid sphingomyelinase/endopolyphosphatase, metallophosphatase domain / Sphingomyelin phosphodiesterase, C-terminal domain / Acid sphingomyelin phosphodiesterase C-terminal region / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / PHOSPHATE ION / Chem-YA4 / Cyclic GMP-AMP phosphodiesterase SMPDL3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Zhang, C. / Liu, P. / Fan, S. / Hou, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070875 中国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: SMPDL3A is a cGAMP-degrading enzyme induced by LXR-mediated lipid metabolism to restrict cGAS-STING DNA sensing.
著者: Hou, Y. / Wang, Z. / Liu, P. / Wei, X. / Zhang, Z. / Fan, S. / Zhang, L. / Han, F. / Song, Y. / Chu, L. / Zhang, C.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
B: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,21019
ポリマ－93,3292
非ポリマー3,88117
水14,484804
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.225, 122.225, 79.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a / ASM-like phosphodiesterase 3a


分子量: 46664.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smpdl3a, Asml3a
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P70158, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

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糖 , 5種, 11分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 810分子

#5: 化合物 ChemComp-YA4 / [(2~{R},3~{S},4~{S})-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphinic acid


タイプ: RNA linking / 分子量: 230.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O6PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M sodium citrate [pH 5.5], 0.2M ammonium sulfate and 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→20.27 Å / Num. obs: 89995 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3909 / CC1/2: 0.597 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→20.27 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2001 2.23 %
Rwork0.2176 --
obs0.2182 89592 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→20.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6612 0 202 805 7619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2619577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8441010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.950.40691170.33815136X-RAY DIFFRACTION81
1.95-2.010.33111390.28855977X-RAY DIFFRACTION93
2.01-2.070.35071470.26996306X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.130.30231420.25566331X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.210.27431440.2546375X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.30.26251460.24216344X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.40.31571460.24466361X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.530.30021440.24126335X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.690.25911440.24366361X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.890.2231460.23026363X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.180.24071500.22456404X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.640.24191400.19156384X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.580.19431480.18196408X-RAY DIFFRACTION100
4.58-20.270.20381480.18176506X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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