PDB-8w4b: The sigma-1 receptor from Xenopus laevis in complex with progeste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w4b

タイトル

The sigma-1 receptor from Xenopus laevis in complex with progesterone by co-crystallization

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / S1R / endogenous ligand / neurosteroid / P4

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear inner membrane / lipid transport / nuclear outer membrane / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.152 Å

データ登録者

Xiao, Y. / Fu, C. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Insight into binding of endogenous neurosteroid ligands to the sigma-1 receptor.
著者: Fu, C. / Xiao, Y. / Zhou, X. / Sun, Z.

履歴

登録	2023年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w4b.cif.gz	105.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w4b.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w4b_validation.pdf.gz	715.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w4b_full_validation.pdf.gz	716.2 KB	表示
XML形式データ	8w4b_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	8w4b_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w4cC 8w4dC 8w4eC 8wueC 8wwbC 8ybbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.196, 161.196, 161.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

#1: タンパク質	Sigma non-opioid intracellular receptor 1 分子量: 25720.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: sigmar1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6
#2: 化合物	ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.32M LiCl, 0.1M Na+-citrate pH 5.5, 12% PEG 4000, 10% glycerol, 15mM Na+-cholate, 1mM progesterone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.105→43.081 Å / Num. obs: 20044 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 23 % / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 460385
反射シェル	解像度: 2.105→2.148 Å / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 18.4 % / R_merge(I) obs: 2.747 / Num. measured all: 17995 / Num. unique obs: 980 / R_pim(I) all: 0.656 / R_rim(I) all: 2.825 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS	BUILT 20220820	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.152→32.904 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	915	4.83 %
R_work	0.1984	-	-
obs	0.1993	18962	96.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.152→32.904 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	23	75	1867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	2504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.257	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.152-2.2652	0.3033	116	0.2632	2293	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2652-2.4071	0.2511	115	0.2237	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4071-2.5929	0.2289	137	0.2056	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5929-2.8536	0.215	122	0.2134	2474	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8536-3.2663	0.2295	123	0.2094	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2663-4.1139	0.2157	141	0.1897	2502	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1139-32.904	0.1967	161	0.1883	2821	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3724	-1.4962	-0.3681	8.5173	-5.5534	5.2168	0.0481	0.1232	-0.1529	-0.2438	-0.1643	0.0197	0.2866	0.0462	0.1492	0.4272	-0.0107	0.0007	0.4118	-0.0923	0.3148	-14.5862	-50.1578	9.8412
2	1.1183	-0.5517	-0.1858	0.2181	0.2884	1.7256	-0.0089	-0.1319	-0.1676	0.0514	0.029	-0.0244	0.081	0.1002	-0.0505	0.4056	-0.0234	0.0271	0.3513	0.0397	0.3955	-16.7271	-37.3348	24.4415
3	5.2132	-4.6905	-0.6636	4.5413	0.7419	3.3205	-0.5029	-0.204	-1.3795	0.8419	0.1993	0.861	0.3533	0.1285	0.3016	0.4655	-0.0914	0.0444	0.3941	0.092	0.7234	-25.0594	-55.5595	20.0921
4	9.6096	-7.2222	-7.9599	5.8161	7.1278	9.6451	-0.5473	-0.1629	-0.191	1.5567	0.1003	0.2398	0.9066	0.2055	0.5497	0.6278	-0.0956	0.0592	0.5004	0.1447	0.4437	-23.7118	-35.9957	51.9088
5	5.2217	-0.965	-1.0606	2.031	-0.8592	8.44	-0.0475	-0.1963	-0.6082	0.2978	-0.0785	-0.1446	0.4241	1.2191	0.178	0.429	0.0118	-0.0479	0.4761	-0.0438	0.5542	-6.5152	-47.2946	19.5103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 51 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 219 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid -5 through 26 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 27 through 50 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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