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- PDB-8w3a: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w3a | ||||||
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Title | Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant with trans heme D | ||||||
![]() | Group 1 truncated hemoglobin | ||||||
![]() | HEME-BINDING PROTEIN / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lecomte, J.T.J. / Schlessman, J.L. / Schultz, T.D. / Siegler, M.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Heme D formation in a Shewanella benthica truncated hemoglobin Authors: Lecomte, J.T.J. / Martinez Grundman, J.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 207.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8vshC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12838.427 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C51S, C71S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HEM / ![]() #3: Chemical | ChemComp-A1ADT / { Mass: 632.487 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C34H32FeN4O5 #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.5 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG MME 2000, 10 mM KCN, 18 days in the dark, 43 days exposed to laboratory ambient light |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU HyPix-6000HE / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2023 |
Radiation | Monochromator: MIRROR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→24.25 Å / Num. obs: 41341 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 54.01 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.87 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique obs: 4135 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→24.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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