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- PDB-8w31: Crystal structure of parkin (R0RB):2pUb with activator compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w31
タイトルCrystal structure of parkin (R0RB):2pUb with activator compound
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase parkin
  • Ubiquitin
キーワードLIGASE / E3-ubiquitin ligase / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


Josephin domain DUBs / Regulation of necroptotic cell death / Aggrephagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation ...Josephin domain DUBs / Regulation of necroptotic cell death / Aggrephagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / cellular response to L-glutamine / negative regulation of glucokinase activity / negative regulation of exosomal secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / type 2 mitophagy / response to curcumin / negative regulation of mitochondrial fusion / cellular response to hydrogen sulfide / free ubiquitin chain polymerization / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein linear polyubiquitination / host-mediated suppression of viral genome replication / RBR-type E3 ubiquitin transferase / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of mitophagy / negative regulation of actin filament bundle assembly / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of dendrite extension / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of dopamine metabolic process / regulation of neurotransmitter secretion / protein K6-linked ubiquitination / norepinephrine metabolic process / dopaminergic synapse / autophagy of mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / mitochondrion localization / protein localization to mitochondrion / synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of protein localization to membrane / cellular response to toxic substance / mitochondrial fission / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / aggresome assembly / cellular response to L-glutamate / regulation of mitochondrion organization / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / negative regulation of JNK cascade / positive regulation of mitochondrial membrane potential / aggresome / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to corticosterone / positive regulation of mitochondrial fission / female gonad development / seminiferous tubule development / response to muscle activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / ubiquitin-specific protease binding / intracellular vesicle / startle response / dopamine metabolic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / male meiosis I / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / cullin family protein binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of protein ubiquitination / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / response to unfolded protein / regulation of synaptic vesicle endocytosis / ubiquitin ligase complex / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / mitophagy / proteasomal protein catabolic process / energy homeostasis / phospholipase binding / regulation of neuron apoptotic process / neuron projection morphogenesis / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to manganese ion
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Polyubiquitin-B / E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sauve, V. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN 159903 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Activation of parkin by a molecular glue.
著者: Sauve, V. / Stefan, E. / Croteau, N. / Goiran, T. / Fakih, R. / Bansal, N. / Hadzipasic, A. / Fang, J. / Murugan, P. / Chen, S. / Fon, E.A. / Hirst, W.D. / Silvian, L.F. / Trempe, J.F. / Gehring, K.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Ubiquitin
C: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,58111
ポリマ－43,6063
非ポリマー9758
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.540, 83.540, 258.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase


分子量: 26406.189 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 145-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkn, Park2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JK66, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8599.758 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-75 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

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非ポリマー , 4種, 40分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-A1AE9 / (S)-1-(6-benzyl-3-(4-(1,2,3,4-tetrahydroquinoline-1-carbonyl)phenyl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-5(4H)-yl)ethan-1-one / 1-[(6S,8R)-6-benzyl-3-[4-(3,4-dihydroquinoline-1(2H)-carbonyl)phenyl]-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-5(4H)-yl]ethan-1-one


分子量: 490.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H30N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月19日
放射モノクロメーター: axilon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.22 Å / Num. obs: 19414 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 38.3 % / Biso Wilson estimate: 76.3 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 24.08
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 40.7 % / Rmerge(I) obs: 2.938 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 1881 / CC1/2: 0.718 / CC star: 0.914 / Rpim(I) all: 0.464 / Rrim(I) all: 2.98 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.20.1-4487位相決定
Coot0.9.8.91モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.22 Å / SU ML: 0.5182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.9963
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2937 971 5 %
Rwork0.2397 18443 -
obs0.2423 19414 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2970 0 49 32 3051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01033071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28094153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0699456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.16381188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.630.44311350.40072561X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.45991340.34822563X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.41421360.3412578X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.38521360.33132587X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.790.3431390.27312628X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.24981400.20952658X-RAY DIFFRACTION100
4.78-48.220.24111510.19262868X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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