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- PDB-7us1: Structure of parkin (R0RB) bound to two phospho-ubiquitin molecules -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7us1
タイトルStructure of parkin (R0RB) bound to two phospho-ubiquitin molecules
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase parkin
  • Ubiquitin-G76 deletion
キーワードLIGASE / Parkin R0RB / R0RB:2pUb / R0RB:pUb
機能・相同性
機能・相同性情報


RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase complex / autophagy / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / mitochondrion / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase RBR family / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...E3 ubiquitin ligase RBR family / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ubiquitin B / E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.484 Å
データ登録者Fakih, R. / Sauve, V. / Gehring, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Michael J. Fox Foundation 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure of the second phosphoubiquitin-binding site in parkin.
著者: Fakih, R. / Sauve, V. / Gehring, K.
履歴
登録2022年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Ubiquitin-G76 deletion
C: Ubiquitin-G76 deletion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,23814
ポリマ－43,4923
非ポリマー74711
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.078, 83.078, 253.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量: 26406.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Park2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4X0T1, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Ubiquitin-G76 deletion


分子量: 8542.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39

-
非ポリマー , 4種, 50分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20.5% PEG3350, 0.2M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.484→47.59 Å / Num. obs: 19185 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.08
反射 シェル解像度: 2.484→2.573 Å / Num. unique obs: 1847 / CC1/2: 0.523

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GLC

6glc


解像度: 2.484→47.59 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 947 4.94 %
Rwork0.2294 18234 -
obs0.2309 19181 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.25 Å2 / Biso mean: 77.6442 Å2 / Biso min: 41.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.484→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3011 0 29 39 3079
Biso mean--70.86 68.25 -
残基数----386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.484-2.620.36211380.3284251399
2.62-2.780.3561310.30282547100
2.78-2.990.40891150.32622553100
2.99-3.290.33231280.27852578100
3.3-3.770.30121510.2572576100
3.77-4.750.23111270.19012633100
4.75-47.590.19561570.19492834100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.6556 Å / Origin y: 31.6822 Å / Origin z: -21.745 Å
111213212223313233
T0.4233 Å2-0.0988 Å20.0184 Å2-0.3863 Å2-0.0956 Å2--0.5149 Å2
L2.1584 °20.5222 °21.045 °2-1.1342 °2-0.408 °2--3.773 °2
S0.1714 Å °-0.1119 Å °0.237 Å °0.2087 Å °-0.1533 Å °0.1845 Å °-0.1319 Å °0.2939 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA140 - 379
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 506
3X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 74
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 72
6X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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