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万見
- PDB-8w2o: Yeast U1 snRNP with humanized U1C Zinc-Finger domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w2o
タイトルYeast U1 snRNP with humanized U1C Zinc-Finger domain
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 5
  • 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
  • ACT1 pre-mRNA
  • Pre-mRNA-processing factor 39
  • Protein LUC7
  • Protein NAM8
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U1 snRNA
キーワードSPLICING / U1snRNP / U1C humanization
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding ...mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / : / U1-C, C2H2-type zinc finger ...Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Protein LUC7 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Shi, S.S. / Kuang, Z.L. / Zhao, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM145289 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM126157 (R.Z.) 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2024
タイトル: Selected humanization of yeast U1 snRNP leads to global suppression of pre-mRNA splicing and mitochondrial dysfunction in the budding yeast.
著者: Subbaiah Chalivendra / Shasha Shi / Xueni Li / Zhiling Kuang / Joseph Giovinazzo / Lingdi Zhang / John Rossi / Jingxin Wang / Anthony J Saviola / Robb Welty / Shiheng Liu / Katherine F Vaeth ...著者: Subbaiah Chalivendra / Shasha Shi / Xueni Li / Zhiling Kuang / Joseph Giovinazzo / Lingdi Zhang / John Rossi / Jingxin Wang / Anthony J Saviola / Robb Welty / Shiheng Liu / Katherine F Vaeth / Z Hong Zhou / Kirk C Hansen / J Matthew Taliaferro / Rui Zhao /
要旨: The recognition of the 5' splice site (5' ss) is one of the earliest steps of pre-mRNA splicing. To better understand, the mechanism and regulation of 5' ss recognition, we selectively humanized ...The recognition of the 5' splice site (5' ss) is one of the earliest steps of pre-mRNA splicing. To better understand, the mechanism and regulation of 5' ss recognition, we selectively humanized components of the yeast U1 (yU1) snRNP to reveal the function of these components in 5' ss recognition and splicing. We targeted U1C and Luc7, two proteins that interact with and stabilize the yU1 snRNA and the 5' ss RNA duplex. We replaced the zinc-finger (ZnF) domain of yeast U1C (yU1C) with its human counterpart, which resulted in a cold-sensitive growth phenotype and moderate splicing defects. We next added an auxin-inducible degron to yeast Luc7 (yLuc7) protein (to mimic the lack of Luc7Ls in human U1 snRNP). We found that Luc7-depleted yU1 snRNP resulted in the concomitant loss of Prp40 and Snu71 (two other essential yU1 snRNP proteins), and further biochemical analyses suggest a model of how these three proteins interact with each other in the U1 snRNP. The loss of these proteins resulted in a significant growth retardation accompanied by a global suppression of pre-mRNA splicing. The splicing suppression led to mitochondrial dysfunction as revealed by a release of Fe into the growth medium and an induction of mitochondrial reactive oxygen species. Together, these observations indicate that the human U1C ZnF can substitute that of yeast, Luc7 is essential for the incorporation of the Luc7-Prp40-Snu71 trimer into yU1 snRNP, and splicing plays a major role in the regulation of mitochondrial function in yeast.
履歴
登録2024年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
E: Pre-mRNA-processing factor 39
F: Protein NAM8
G: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
H: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
I: Protein LUC7
K: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
L: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
M: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
N: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
O: Small nuclear ribonucleoprotein E
P: Small nuclear ribonucleoprotein F
Q: Small nuclear ribonucleoprotein G
r: ACT1 pre-mRNA
R: U1 snRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)725,14718
ポリマ－725,14718
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 ABCDH

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1


分子量: 34506.148 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SNP1, YIL061C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00916
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 snRNP C / U1-C / U1C


分子量: 27084.949 Da / 分子数: 1
Mutation: T2P,R3K,Y4F,E7D,H10D,S11T,T17S,L18P,S23T,L25C,V26S,K28R,N29K,L31K,R32E,I33N,T34V,A35K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: YHC1, YLR298C, L8003.21 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05900
#3: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Mutant U1 die protein 1


分子量: 40413.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MUD1, YBR119W, YBR0915 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P32605
#4: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / U1 snRNP protein PRP42 / 65 kDa snRNP protein / Pre-mRNA-processing factor 42


分子量: 65222.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: PRP42, MUD16, SNU65, YDR235W, YD8419.02 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03776
#8: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71


分子量: 5974.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SNU71, YGR013W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P53207

-
タンパク質 , 5種, 5分子 EFGIK

#5: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 39


分子量: 74834.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: PRP39, YML046W, YM9827.06 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P39682
#6: タンパク質 Protein NAM8


分子量: 57010.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: NAM8, MRE2, YHR086W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00539
#7: タンパク質 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 56575.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SNU56, MUD10, YDR240C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03782
#9: タンパク質 Protein LUC7


分子量: 30245.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: LUC7, EPE1, EXM2, YDL087C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07508
#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMB1, YER029C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P40018

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 LMNOPQ

#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMD1, YGR074W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02260
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMD2, YLR275W, L9328.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06217
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMD3, YLR147C, L9634.6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P43321
#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SME1, YOR159C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12330
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMX3, YPR182W, P9705.4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P54999
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMX2, SNP2, YFL017W-A, YFL017Bw / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P40204

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 rR

#17: RNA鎖 ACT1 pre-mRNA


分子量: 59778.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#18: RNA鎖 U1 snRNA


分子量: 182114.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: U1snRNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 20 mM Hepes, pH7.9, 120 mM KCl, 2 mM EGTA
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1120 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHepesC8H18N2O4S1
32 mMEGTAC14H24N2O101
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample is monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: The grids were obtained with the chamber at 100% humidity, 2.5 s blotting time, -6 blotting force and 15 s wait time and flash-frozen into liquid ethane with a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138997 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00830066
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94942403
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.1657223
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0465164
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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