PDB-8w1h: Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w1h

タイトル

Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex with PYN3 inhibitor

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Geeraerts, Z. / Yeh, S.-R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM115773	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM151419	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Protein-Inhibitor Interactions in Human Tryptophan Dioxygenase.
著者: Geeraerts, Z. / Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Kozlova, A. / Mathieu, C. / Frederick, R. / Yeh, S.R.

履歴

登録	2024年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w1h.cif.gz	724.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w1h.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vtqC 8vugC 8w2kC 9b17C 9b1qC 9at2 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.804, 154.754, 88.254
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	40 - 391	24 - 375
2	1	1	HIS	HIS	40 - 391	24 - 375
3	2	2	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
4	2	2	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
5	3	3	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
6	3	3	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
7	4	4	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
8	4	4	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
9	5	5	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
10	5	5	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
11	6	6	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
12	6	6	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1AEY / (6M)-1-[(imidazolidin-1-yl)methyl]-6-(1H-indol-3-yl)-1H-benzotriazole 分子量: 318.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 50 mM Sodium Citrate pH 5.6, 2.0% Tacsimate pH 5.0, 5.0% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→154.75 Å / Num. obs: 115256 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.5-154.75	5.8	0.033	814	0.998	0.02	0.039
2.1-2.14	7	1.528	5632	0.477	0.948	1.803

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→88.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.237 / WR_factor R_work: 0.205 / SU B: 14.434 / SU ML: 0.164 / Average fsc free: 0.9478 / Average fsc work: 0.9578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	5857	5.085 %
R_work	0.2029	109314	-
all	0.205	-	-
obs	-	115171	99.871 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.706 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.112 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→88.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11618	0	332	113	12063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	12274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11599
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.891	16587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.792	26589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.715	5	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.04	6.121	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.195	10	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.962	10	646
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	14426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	10523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	6051
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	6228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.483	5.162	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.482	5.162	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.338	9.258	6805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.338	9.259	6806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.274	5.728	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.273	5.728	6817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.643	10.337	9782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.642	10.338	9783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.786	63.656	51431
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.788	63.62	51405
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.114	0.05	11583
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.113	0.05	11252
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.114	0.05	11517
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.115	0.05	11238
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.123	0.05	11488
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.12	0.05	11219

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11396	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11396	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11329	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11329	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11409	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11409	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11502	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11502	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12296	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12296	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11957	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11957	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.371	394	0.351	8023	0.352	8418	0.869	0.895	99.9881	0.349
2.155-2.214	0.328	413	0.317	7829	0.317	8244	0.903	0.912	99.9757	0.312
2.214-2.278	0.296	415	0.288	7552	0.289	7969	0.933	0.935	99.9749	0.278
2.278-2.348	0.266	437	0.269	7345	0.269	7788	0.945	0.945	99.923	0.253
2.348-2.425	0.3	434	0.258	7065	0.26	7508	0.936	0.953	99.8801	0.235
2.425-2.51	0.288	377	0.242	6949	0.245	7341	0.95	0.962	99.7957	0.215
2.51-2.604	0.284	336	0.235	6716	0.237	7052	0.953	0.967	100	0.203
2.604-2.711	0.238	353	0.23	6432	0.231	6790	0.964	0.972	99.9264	0.197
2.711-2.831	0.264	326	0.22	6187	0.222	6517	0.965	0.975	99.9386	0.187
2.831-2.969	0.267	298	0.222	5961	0.224	6265	0.959	0.973	99.9042	0.193
2.969-3.129	0.23	274	0.205	5681	0.207	5961	0.965	0.975	99.8993	0.184
3.129-3.319	0.262	271	0.215	5352	0.218	5631	0.961	0.971	99.8579	0.201
3.319-3.548	0.236	271	0.206	5019	0.207	5297	0.965	0.976	99.8679	0.201
3.548-3.832	0.256	241	0.214	4727	0.216	4975	0.964	0.977	99.8593	0.215
3.832-4.196	0.207	250	0.188	4324	0.189	4587	0.978	0.982	99.7166	0.196
4.196-4.69	0.193	209	0.161	3942	0.162	4170	0.976	0.985	99.5444	0.179
4.69-5.414	0.188	195	0.162	3481	0.164	3683	0.978	0.984	99.8099	0.186
5.414-6.624	0.236	182	0.2	2969	0.202	3153	0.967	0.977	99.9366	0.224
6.624-9.342	0.199	113	0.177	2374	0.178	2494	0.978	0.981	99.7193	0.213
9.342-88.41	0.252	68	0.201	1386	0.204	1476	0.97	0.972	98.5095	0.237

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4841	1.1717	-0.457	3.2494	-0.5329	0.7882	0.0198	-0.0563	-0.0949	0.3327	-0.052	-0.3896	-0.1371	0.2357	0.0322	0.0618	-0.0343	-0.0412	0.179	-0.0124	0.0503	39.512	-40.1584	-42.9992
2	3.012	0.4944	-1.7591	0.7911	-0.3668	1.678	-0.1808	0.2822	-0.4286	-0.0505	0.0607	0.2048	0.0415	-0.4152	0.1201	0.0592	0.0112	-0.0004	0.1548	0.0008	0.2026	5.471	-60.5643	-33.0426
3	1.6637	-0.0688	0.3241	2.9267	-1.9753	2.7167	-0.0036	-0.5454	0.1093	0.5329	-0.3947	-0.9747	-0.1409	0.6697	0.3983	0.2472	-0.0347	-0.2044	0.5376	0.0041	0.3874	28.2765	-44.3147	-15.1436
4	1.6608	0.1428	-0.3336	1.3451	-0.4154	3.0331	-0.0495	0.3749	0.1703	-0.1347	0.0552	0.2852	0.1694	-0.4238	-0.0057	0.0207	-0.0152	-0.0265	0.25	0.0351	0.0766	7.1021	-34.7258	-48.4649

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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