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万見
- PDB-8w0v: Crystal structure of broadly neutralizing antibody hcab55 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w0v
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody hcab55 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain
要素
  • Envelope glycoprotein E2
  • hcab55 Fab Heavy Chain
  • hcab55 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / structural molecule activity / virion membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus hominis (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Wilcox, X.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI159822 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R00 AI153465 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99 AI153465 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Convergent evolution and targeting of diverse E2 epitopes by human broadly neutralizing antibodies are associated with HCV clearance.
著者: Ogega, C.O. / Skinner, N.E. / Schoenle, M.V. / Wilcox, X.E. / Frumento, N. / Wright, D.A. / Paul, H.T. / Sinnis-Bourozikas, A. / Clark, K.E. / Figueroa, A. / Bjorkman, P.J. / Ray, S.C. / ...著者: Ogega, C.O. / Skinner, N.E. / Schoenle, M.V. / Wilcox, X.E. / Frumento, N. / Wright, D.A. / Paul, H.T. / Sinnis-Bourozikas, A. / Clark, K.E. / Figueroa, A. / Bjorkman, P.J. / Ray, S.C. / Flyak, A.I. / Bailey, J.R.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Envelope glycoprotein E2
H: hcab55 Fab Heavy Chain
L: hcab55 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4908
ポリマ－77,9223
非ポリマー2,5675
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area31490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.019, 88.840, 175.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein E2


分子量: 28946.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus hominis (ウイルス) / 株: 1b09 / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P0NE15

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 hcab55 Fab Heavy Chain


分子量: 25447.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 hcab55 Fab Light Chain


分子量: 23528.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.2 M lithium citrate tribasic tetrahydrate and 20% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→88.84 Å / Num. obs: 32994 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 183914
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Num. measured all: 22282 / Num. unique obs: 3974 / CC1/2: 0.595 / Rpim(I) all: 0.554 / Rrim(I) all: 1.335 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→45.67 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1610 4.89 %
Rwork0.2023 --
obs0.2049 32909 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5033 0 170 0 5203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1097281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.641824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.670.36831360.31442813X-RAY DIFFRACTION99
2.67-2.770.41791450.30792806X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.880.30421460.28032750X-RAY DIFFRACTION97
2.88-3.010.32151310.2512855X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.170.26731310.24632858X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.370.29391410.23232839X-RAY DIFFRACTION99
3.37-3.630.27081610.21622785X-RAY DIFFRACTION98
3.63-3.990.22991640.18852846X-RAY DIFFRACTION99
3.99-4.570.21031330.15252856X-RAY DIFFRACTION98
4.57-5.760.21631610.15352917X-RAY DIFFRACTION100
5.76-45.670.24471610.19012974X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4769-0.003-0.4960.3721-0.26790.6806-0.00120.0554-0.14950.0632-0.04320.0917-0.3028-0.0569-00.42410.0664-0.07560.3896-0.1260.369616.563-15.988-28.663
20.59430.0664-0.26130.4287-0.00060.10710.20830.28770.0263-0.0971-0.07930.4894-0.08530.028-0.00040.44440.0369-0.03910.62330.0040.5349-3.507-14.421-11.111
31.0044-0.73140.08040.56870.07880.49180.11190.1576-0.1680.1197-0.1150.01110.2750.1504-0.00020.38330.0705-0.06890.4507-0.03230.41219.093-24.875-12.27
40.64680.01580.36790.4495-0.43430.610.0174-0.1476-0.06330.1738-0.02860.21370.21280.17-0.00010.44530.0011-0.03270.3793-0.02720.5441.764-17.552-8.533
50.90150.1114-0.09480.6145-0.07420.0130.17980.1055-0.1214-0.0404-0.19050.1023-0.1087-0.0368-00.40630.0238-0.00710.3368-0.01680.36428.675-10.031-12.209
60.3582-0.2669-0.19610.27680.20680.1686-0.0824-0.33050.30850.29360.0514-0.23180.0224-0.36370.00020.40980.00720.02150.3994-0.02380.399814.19-3.453-4.569
70.9445-0.48310.81160.8066-0.35321.3677-0.0339-0.13090.16070.01090.0542-0.0442-0.21270.2599-0.00030.44040.0048-0.05520.4313-0.06730.416814.383-8.636-51.671
80.53140.50380.61421.5321-0.05561.1748-0.1342-0.03480.03430.0220.01940.0857-0.0406-0.150500.380.06140.00360.29890.00510.3543-4.357-25.661-79.218
90.7531-0.6469-0.60091.3050.26820.84730.18850.0135-0.1211-0.2138-0.1315-0.05010.52520.47980.00160.53180.2709-0.08090.7013-0.04950.479821.894-28.856-53.191
100.5422-0.821-0.23421.86070.4352.0391-0.20180.1981-0.01560.04670.1983-0.0499-0.1050.1939-0.00060.3552-0.0341-0.01490.35020.00420.38899.087-30.227-87.101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 421:451 )C421 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 452:490 )C452 - 490
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 491:550 )C491 - 550
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 551:590 )C551 - 590
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 591:624 )C591 - 624
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 625:645 )C625 - 645
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 1:113 )H1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 114:215 )H114 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 2:107 )L2 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 108:213 )L108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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