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Yorodumi- PDB-8w0y: Crystal structure of broadly neutralizing antibody hcab17 in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w0y | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of broadly neutralizing antibody hcab17 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity ...host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Hepacivirus hominis | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.31 Å | ||||||||||||
Authors | Flyak, A.I. / Wilcox, X.E. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2024 Title: Convergent evolution and targeting of diverse E2 epitopes by human broadly neutralizing antibodies are associated with HCV clearance. Authors: Ogega, C.O. / Skinner, N.E. / Schoenle, M.V. / Wilcox, X.E. / Frumento, N. / Wright, D.A. / Paul, H.T. / Sinnis-Bourozikas, A. / Clark, K.E. / Figueroa, A. / Bjorkman, P.J. / Ray, S.C. / ...Authors: Ogega, C.O. / Skinner, N.E. / Schoenle, M.V. / Wilcox, X.E. / Frumento, N. / Wright, D.A. / Paul, H.T. / Sinnis-Bourozikas, A. / Clark, K.E. / Figueroa, A. / Bjorkman, P.J. / Ray, S.C. / Flyak, A.I. / Bailey, J.R. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8w0y.cif.gz | 554 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8w0y.ent.gz | 461.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8w0y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8w0vC 8w0wC 8w0xC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules AHBL
#1: Antibody | Mass: 25217.068 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293expi / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23392.049 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293expi / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Protein / Non-polymers , 2 types, 6 molecules CD
#3: Protein | Mass: 28946.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepacivirus hominis / Strain: 1b09 / Plasmid: pCMV / Cell line (production host): HEK293expi / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A2P0NE15 #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Sugars , 4 types, 11 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.05 Å3/Da / Density % sol: 75.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.0 M Sodium citrate tribasic dihydrate and 0.1 M Sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.31→89.71 Å / Num. obs: 47162 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.8 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.483 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.51 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 459905 |
Reflection shell | Resolution: 3.31→3.43 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 3.032 / Num. measured all: 40627 / Num. unique obs: 4577 / CC1/2: 0.235 / Rpim(I) all: 1.063 / Rrim(I) all: 3.216 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 1.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.31→77.69 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.8 / Phase error: 26.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.31→77.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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