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- PDB-8vyv: Cryo-EM Structure of the BRAF K601E monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vyv
タイトルCryo-EM Structure of the BRAF K601E monomer
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / BRAF Kinase Oncogenic Mutant Monomer / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process / myeloid progenitor cell differentiation ...synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / tube formation / endothelial cell apoptotic process / regulation of synapse maturation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of T cell differentiation / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / GP1b-IX-V activation signalling / Frs2-mediated activation / positive regulation of axon regeneration / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / Regulation of localization of FOXO transcription factors / somatic stem cell population maintenance / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to glucose starvation / response to cAMP / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein sequestering activity / cellular response to calcium ion / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / thymus development / animal organ morphogenesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / RAF activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / visual learning / response to peptide hormone / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / intracellular protein localization / melanosome / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / blood microparticle
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.86 Å
データ登録者Lavoie, H. / Lajoie, D. / Jin, T. / Decossas, M. / Maisonneuve, P. / Therrien, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-388023 カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: BRAF oncogenic mutants evade autoinhibition through a common mechanism.
著者: Hugo Lavoie / Ting Jin / Driss Lajoie / Marion Decossas / Patrick Gendron / Bing Wang / Frantisek Filandr / Malha Sahmi / Chang Hwa Jo / Sandra Weber / Geneviève Arseneault / Sasmita ...著者: Hugo Lavoie / Ting Jin / Driss Lajoie / Marion Decossas / Patrick Gendron / Bing Wang / Frantisek Filandr / Malha Sahmi / Chang Hwa Jo / Sandra Weber / Geneviève Arseneault / Sasmita Tripathy / Pierre Beaulieu / Doris A Schuetz / David C Schriemer / Anne Marinier / William J Rice / Pierre Maisonneuve / Marc Therrien /
要旨: Uncontrolled activation of the rat sarcoma (RAS)-extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway drives tumor growth, often because of oncogenic BRAF mutations. BRAF regulation, involving ...Uncontrolled activation of the rat sarcoma (RAS)-extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway drives tumor growth, often because of oncogenic BRAF mutations. BRAF regulation, involving monomeric autoinhibition and activation by dimerization, has been intensely scrutinized, but mechanisms enabling oncogenic mutants to evade regulation remain unclear. By using cryo-electron microscopy, we solved the three-dimensional structures of the three oncogenic BRAF mutant classes, including the common V600E variant. These mutations disrupted wild-type BRAF's autoinhibited state, mediated by interactions between the cysteine-rich domain and kinase domain, thereby shifting the kinase domain into a preactivated conformation. This structural change likely results from helix αC displacement. PLX8394, a BRAF inhibitor that stabilizes helix αC in an inactive conformation, restored the autoinhibited conformation of oncogenic BRAF, explaining the properties of this class of compounds.
履歴
登録2024年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: 14-3-3 protein zeta/delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,3093
ポリマ－140,3093
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 27777.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: FreeStyle 293-F cells / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 84754.680 Da / 分子数: 1 / Mutation: K601E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: FreeStyle 293-F cells / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / プラスミド: pCDNA3.1-FLAG-TEV-BRAF K601E / Cell (発現宿主): FreeStyle 293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BRAF K601E - 14-3-3 complex / タイプ: COMPLEX
詳細: BRAF K601E - 14-3-3 complex purified by FLAG affinity purification followed by TEV elution from FreeStyle 293-F cells
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.141 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: FreeStyle 293-F cells / プラスミド: pCDNA3.1-FLAG-TEV-BRAF K601E
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H17N2NaO4S1
2137 mMSodium ChlorideNaCl1
35 mMMagnesium ChlorideMgCl21
41 mMTCEPC9H15O6P1
50.005 mMATPgammaSC10H12Li4N5O12P3S1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Chameleon system (SPT Labtech)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 51.55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27711 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Resolution corresponds to the FSC 0.143 cut-off of the masked map
対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 280.14 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00783129
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.33134348
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0734610
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0092622
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.9749623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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