[日本語] English
万見
- PDB-8vyn: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vyn
タイトルSoluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3, composite map (global and local) and model
要素
  • 1G2 Fab Heavy Chain
  • 1G2 Fab Light Chain
  • 7H3 Fab Heavy Chain
  • 7H3 Fab Light Chain
  • Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / orthoherpesvirus / betaherpesvirus / cytomegalovirus / human betaherpesvirus 5 / human cytomegalovirus / HCMV / glycoprotein B / gB / HCMV gB / prefusion / prefusion-stabilized / disulfide / VIRAL PROTEIN / 7H2 / 1G2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sponholtz, M.R. / Byrne, P.O. / McLellan, J.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure-based design of a soluble human cytomegalovirus glycoprotein B antigen stabilized in a prefusion-like conformation.
著者: Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P ...著者: Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P Karthigeyan / Chelsea M Crooks / Adelaide S Fuller / John D Campbell / Sallie R Permar / Jennifer A Maynard / Dong Yu / Matthew J Bottomley / Jason S McLellan /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, ...Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, but no HCMV vaccine has been approved. Here, we used structure-based design to identify and characterize amino acid substitutions that stabilize gB in its metastable prefusion conformation. One variant containing two engineered interprotomer disulfide bonds and two cavity-filling substitutions (gB-C7), displayed increased expression and thermostability. A 2.8 Å resolution cryoelectron microscopy structure shows that gB-C7 adopts a prefusion-like conformation, revealing additional structural elements at the membrane-distal apex. Unlike previous observations for several class I viral fusion proteins, mice immunized with postfusion or prefusion-stabilized forms of soluble gB protein displayed similar neutralizing antibody titers, here specifically against an HCMV laboratory strain on fibroblasts. Collectively, these results identify initial strategies to stabilize class III viral fusion proteins and provide tools to probe gB-directed antibody responses.
履歴
登録2024年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
B: Envelope glycoprotein B
C: Envelope glycoprotein B
D: 7H3 Fab Heavy Chain
E: 7H3 Fab Light Chain
F: 1G2 Fab Heavy Chain
G: 1G2 Fab Light Chain
H: 7H3 Fab Heavy Chain
I: 7H3 Fab Light Chain
J: 1G2 Fab Heavy Chain
K: 1G2 Fab Light Chain
L: 7H3 Fab Heavy Chain
M: 7H3 Fab Light Chain
N: 1G2 Fab Heavy Chain
O: 1G2 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)558,98836
ポリマ－552,02815
非ポリマー6,96121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 88918.586 Da / 分子数: 3 / 変異: T100L, V134C, H222C, A267I, I653C, E657C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gB, UL55 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13201

-
抗体 , 4種, 12分子 DHLEIMFJNGKO

#2: 抗体 7H3 Fab Heavy Chain


分子量: 25152.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 7H3 Fab Light Chain


分子量: 22879.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 1G2 Fab Heavy Chain


分子量: 24206.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 1G2 Fab Light Chain


分子量: 22853.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 21分子

#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 8
詳細: 2 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 0.02% w/v sodium azide, 3% (v/v) glycerol, 0.12% (w/v) CHAPS, 0.01% (w/v) amphipol A8-35
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
12 mMTris1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
30.02 percent (w/v)sodium azide1
40.12 percent (w/v)CHAPS1
50.01 percent (w/v)amphipol A8-351
63 percent (v/v)glycerol1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12524

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.9.0 beta画像取得
7PHENIXモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10ISOLDEモデル精密化
14cryoSPARC4.2.0３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165982
詳細: A mask was created around gB structural domain I (DI) and 1G2 using ChimeraX and imported to cryoSPARC for local refinement. The resulting local map was combined with the global map using ...詳細: A mask was created around gB structural domain I (DI) and 1G2 using ChimeraX and imported to cryoSPARC for local refinement. The resulting local map was combined with the global map using PHENIX combine_focused_maps
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00124555
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.41133323
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.318842
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413702
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044247

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る