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万見
- PDB-8vwh: Structure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (loc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vwh
タイトルStructure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (localised reconstruction)
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid / helical assembly
機能・相同性Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / host cell nuclear matrix / virion component / viral capsid / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Johnstone, B.A. / Hardy, J.M. / Ha, J.H. / Venugopal, H. / Coulibaly, F.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210103388 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008096 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The nucleocapsid architecture and structural atlas of the prototype baculovirus define the hallmarks of a new viral realm.
著者: Bronte A Johnstone / Joshua M Hardy / Jungmin Ha / Anamarija Butkovic / Paulina Koszalka / Cathy Accurso / Hariprasad Venugopal / Alex de Marco / Mart Krupovic / Fasséli Coulibaly /
要旨: Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the ...Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the virosphere remain enigmatic. Using cryo-electron microscopy, we show that the nucleocapsid forms a covalently cross-linked helical tube protecting a highly compacted 134-kilobase pair DNA genome. The ends of the tube are sealed by the base and cap substructures, which share a 126-subunit hub but differ in components that promote actin tail-mediated propulsion and nuclear entry of the nucleocapsid, respectively. Unexpectedly, sensitive searches for hidden evolutionary links show that the morphogenetic machinery and conserved oral infectivity factors originated within the lineage of baculo-like viruses (class ). The unique viral architecture and structural atlas of hallmark proteins firmly place these viruses into a separate new realm, the highest taxonomy rank, and provide a structural framework to expand their use as sustainable bioinsecticides and biomedical tools.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
C: Major capsid protein
E: Major capsid protein
G: Major capsid protein
I: Major capsid protein
K: Major capsid protein
M: Major capsid protein
O: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,38715
ポリマ－311,9298
非ポリマー4587
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
A: Major capsid protein
C: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1134
ポリマ－77,9822
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 38991.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: P39, VP39, ORF89 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17499
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
タイプ: VIRUS
詳細: Recombinant AcMNPV (BacToBac, Invitrogen) viruses containing the Bombyx mori cytoplasmic virus polyhedrin gene were amplified in Sf9 cells in suspension culture.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 50 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9 / プラスミド: Bacmid
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Lepidoptera
ウイルス殻名称: Nucleocapsid / 直径: 500 nm
緩衝液pH: 8.7 / 詳細: 50 mM Tris, 0.5 mM EDTA, pH 8.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HClNH2C(CH2OH)3.HCl1
20.5 mMEthylenedinitrilotetraacetic acid (EDTA)(HO2CCH2)2NCH2CH2N(CH2CO2H)21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: A suspension of AcMNPV viruses was purified from cell culture supernatant using sucrose gradient ultracentrifugation. Sucrose was removed after purification through dialysis.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Grid was blotted using zero incubation time, blot time of 2 s, blot force of -10 and drain time of 1 s.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 14 sec. / 電子線照射量: 47.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1847
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 70 / 利用したフレーム数/画像: 1-70

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.1.2粒子像選択
2EMAN22.2粒子像選択e2helixboxer.py
3RELION2.1粒子像選択
4EPU1画像取得
6cryoSPARC4.1.2CTF補正
9UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
10Coot0.9.8.6モデルフィッティング
12PHENIX1.20.1_4487モデル精密化phenix.real_space_refine
13SPRING0.84.1470初期オイラー角割当Used for Fourier-Bessel indexing
14RELION2.1初期オイラー角割当Used to test helical and cyclic symmetries
15cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
16cryoSPARC4.1.2分類
17cryoSPARC4.1.2３次元再構成
画像処理詳細: The movies were imported into cryoSPARC and binned two times by Fourier cropping, and subjected to motion correction and CTF estimation using patch motion correction and patch CTF estimation
CTF補正詳細: Defocus values were estimated using patch CTF estimation, and CTF correction was performed during 3D reconstruction
タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2165694
詳細: Manually selected particles in EMAN2 were used to create a 2D template in cryoSPARC for automated filament tracing resulting in 77,356 particles. After helical refinement and symmetry ...詳細: Manually selected particles in EMAN2 were used to create a 2D template in cryoSPARC for automated filament tracing resulting in 77,356 particles. After helical refinement and symmetry expansion, 2,165,694 subparticles were extracted.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1002951 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Final reconstruction was generated using local refinement in cryoSPARC.
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: ChimeraX was used to perform rigid-body fitting of an AlphaFold2 model. Flexible modeling was performed using Coot and refined in Phenix.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319269
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45126103
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4842572
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412873
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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