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タイトルThe nucleocapsid architecture and structural atlas of the prototype baculovirus define the hallmarks of a new viral realm.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 51, Page eado2631, Year 2024
掲載日2024年12月20日
著者Bronte A Johnstone / Joshua M Hardy / Jungmin Ha / Anamarija Butkovic / Paulina Koszalka / Cathy Accurso / Hariprasad Venugopal / Alex de Marco / Mart Krupovic / Fasséli Coulibaly /
PubMed 要旨Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the ...Baculovirus is the most studied insect virus owing to a broad ecological distribution and ease of engineering for biotechnological applications. However, its structure and evolutionary place in the virosphere remain enigmatic. Using cryo-electron microscopy, we show that the nucleocapsid forms a covalently cross-linked helical tube protecting a highly compacted 134-kilobase pair DNA genome. The ends of the tube are sealed by the base and cap substructures, which share a 126-subunit hub but differ in components that promote actin tail-mediated propulsion and nuclear entry of the nucleocapsid, respectively. Unexpectedly, sensitive searches for hidden evolutionary links show that the morphogenetic machinery and conserved oral infectivity factors originated within the lineage of baculo-like viruses (class ). The unique viral architecture and structural atlas of hallmark proteins firmly place these viruses into a separate new realm, the highest taxonomy rank, and provide a structural framework to expand their use as sustainable bioinsecticides and biomedical tools.
リンクSci Adv / PubMed:39693434 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度3.06 - 6.3 Å
構造データ

EMDB-43585: Structure of the AcMNPV baculovirus VP39 nucleocapsid (C14 helical reconstruction)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.24 Å

43586

8vwh

EMDB-43586, PDB-8vwh:
Structure of the baculovirus major nucleocapsid protein VP39 (localised reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-43587: The base complex of the baculovirus nucleocapsid (Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.98 Å

43589

8vwj

EMDB-43589, PDB-8vwj:
The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 2, localised reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.78 Å

EMDB-43590: The cap complex of the baculovirus nucleocapsid (Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-43591: The cap of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (localised reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.05 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid / helical assembly / Nucleocapsid / Base / baculovirus / virus / AcMNPV / VP39

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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