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万見
- PDB-8vvb: Influenza antibody L5A7 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vvb
タイトルInfluenza antibody L5A7 Fab
要素
  • L5A7 Heavy Chain
  • L5A7 Light Chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / antibody / influenza
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Harris, D.R. / Olia, A.S. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2024
タイトル: Anti-idiotype isolation of a broad and potent influenza A virus-neutralizing human antibody.
著者: Adam S Olia / Madhu Prabhakaran / Darcy R Harris / Crystal Sao-Fong Cheung / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Abigayle Hoover / Nicholas C Morano / Amine Ourahmane / Abhinaya Srikanth / ...著者: Adam S Olia / Madhu Prabhakaran / Darcy R Harris / Crystal Sao-Fong Cheung / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Abigayle Hoover / Nicholas C Morano / Amine Ourahmane / Abhinaya Srikanth / Shuishu Wang / Weiwei Wu / Tongqing Zhou / Sarah F Andrews / Masaru Kanekiyo / Lawrence Shapiro / Adrian B McDermott / Peter D Kwong /
要旨: The VH6-1 class of antibodies includes some of the broadest and most potent antibodies that neutralize influenza A virus. Here, we elicit and isolate anti-idiotype antibodies against germline ...The VH6-1 class of antibodies includes some of the broadest and most potent antibodies that neutralize influenza A virus. Here, we elicit and isolate anti-idiotype antibodies against germline versions of VH6-1 antibodies, use these to sort human leukocytes, and isolate a new VH6-1-class member, antibody L5A7, which potently neutralized diverse group 1 and group 2 influenza A strains. While its heavy chain derived from the canonical IGHV6-1 heavy chain gene used by the class, L5A7 utilized a light chain gene, IGKV1-9, which had not been previously observed in other VH6-1-class antibodies. The cryo-EM structure of L5A7 in complex with Indonesia 2005 hemagglutinin revealed a nearly identical binding mode to other VH6-1-class members. The structure of L5A7 bound to the isolating anti-idiotype antibody, 28H6E11, revealed a shared surface for binding anti-idiotype and hemagglutinin that included two critical L5A7 regions: an FG motif in the third heavy chain-complementary determining region (CDR H3) and the CDR L1 loop. Surprisingly, the chemistries of L5A7 interactions with hemagglutinin and with anti-idiotype were substantially different. Overall, we demonstrate anti-idiotype-based isolation of a broad and potent influenza A virus-neutralizing antibody, revealing that anti-idiotypic selection of antibodies can involve features other than chemical mimicry of the target antigen.
履歴
登録2024年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: L5A7 Heavy Chain
B: L5A7 Light Chain
C: L5A7 Heavy Chain
D: L5A7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7184
ポリマ－94,7184
非ポリマー00
水21,4921193
1
A: L5A7 Heavy Chain
B: L5A7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3592
ポリマ－47,3592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
2
C: L5A7 Heavy Chain
D: L5A7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3592
ポリマ－47,3592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.760, 109.190, 140.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: 抗体 L5A7 Heavy Chain


分子量: 24642.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 L5A7 Light Chain


分子量: 22716.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17.5% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→60 Å / Num. obs: 141507 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 19.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.919 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3715 / Rpim(I) all: 1.485 / Rrim(I) all: 2.451 / % possible all: 50.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→48.02 Å / SU ML: 0.1414 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 19.4602
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 1999 2.11 %
Rwork0.1738 92911 -
obs0.1746 94910 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6529 0 0 1193 7722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00536675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8439093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05921052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2702915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.820.22481330.18546197X-RAY DIFFRACTION91.98
1.82-1.870.23711360.18666301X-RAY DIFFRACTION93.36
1.87-1.930.25151370.19496378X-RAY DIFFRACTION94.72
1.93-1.990.22171390.17796474X-RAY DIFFRACTION95.85
1.99-2.060.21391400.17486519X-RAY DIFFRACTION96.33
2.06-2.150.21241420.17446557X-RAY DIFFRACTION97.31
2.15-2.240.21451420.17746613X-RAY DIFFRACTION97.76
2.24-2.360.23021440.18256689X-RAY DIFFRACTION98.42
2.36-2.510.2471440.18816739X-RAY DIFFRACTION98.82
2.51-2.70.19631450.196718X-RAY DIFFRACTION98.88
2.7-2.970.21081460.18536794X-RAY DIFFRACTION99.03
2.97-3.40.20141470.17396821X-RAY DIFFRACTION99.47
3.4-4.290.19061500.15316923X-RAY DIFFRACTION99.75
4.29-48.020.19721540.1647188X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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