PDB-8vug: Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vug

タイトル

Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex with PPN1 inhibitor

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / L-tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Geeraerts, Z. / Yeh, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM115773	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM151419	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Protein-Inhibitor Interactions in Human Tryptophan Dioxygenase.
著者: Geeraerts, Z. / Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Kozlova, A. / Mathieu, C. / Frederick, R. / Yeh, S.R.

履歴

登録	2024年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vug.cif.gz	732.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vug.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lu7C 8vtqC 8vzvC 8w1hC 8w2kC 9at2C 9b17C 9b1qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.805, 154.925, 88.32
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	39 - 391	23 - 375
2	1	1	HIS	HIS	39 - 391	23 - 375
3	2	2	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
4	2	2	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
5	3	3	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
6	3	3	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
7	4	4	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
8	4	4	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
9	5	5	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
10	5	5	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
11	6	6	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
12	6	6	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1AD1 / (5P)-5-(1H-indol-3-yl)-1-[(piperidin-4-yl)methyl]-1H-benzotriazole 分子量: 331.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 50 mM sodium citrate pH 5.6, 2.0% Tacsimate pH 5.0, 5.0% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97932 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97932 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→154.93 Å / Num. obs: 123426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 17.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.23-154.93	5.5	0.028	866	0.998	0.018	0.033
2.05-2.09	6.1	1.808	5963	0.404	1.172	2.168

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→105.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / WR_factor R_free: 0.224 / WR_factor R_work: 0.201 / SU B: 13.918 / SU ML: 0.158 / Average fsc free: 0.9354 / Average fsc work: 0.9428 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	6093	4.939 %
R_work	0.1942	117263	-
all	0.195	-	-
obs	-	123356	99.412 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.349 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.453 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.801 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→105.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11755	0	336	125	12216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	12416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.887	16775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.509	1.791	26898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.67	5	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.426	6.111	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.36	10	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.965	10	648
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	14618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	10570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.045	4.814	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.033	4.814	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.809	8.642	6928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.809	8.642	6929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.93	5.273	6861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.93	5.273	6862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.214	9.494	9847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.214	9.495	9848
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.968	58.83	52018
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.97	58.793	51989
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	11877
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.114	0.05	11573
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.101	0.05	11483
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.104	0.05	11687
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.099	0.05	11542
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.116	0.05	11445

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09442	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09442	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11371	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11371	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.101	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.101	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10443	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10443	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09937	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09937	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11595	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11595	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.399	448	0.395	8436	0.395	9072	0.7	0.717	97.9277	0.38
2.103-2.161	0.309	408	0.336	8410	0.335	8840	0.905	0.884	99.7511	0.319
2.161-2.223	0.3	411	0.3	8203	0.3	8628	0.922	0.919	99.8377	0.279
2.223-2.292	0.294	401	0.271	7907	0.272	8336	0.929	0.938	99.6641	0.248
2.292-2.367	0.274	399	0.247	7711	0.248	8124	0.938	0.953	99.8277	0.219
2.367-2.45	0.266	393	0.227	7459	0.229	7870	0.955	0.966	99.7713	0.197
2.45-2.542	0.251	377	0.213	7184	0.215	7581	0.958	0.971	99.7362	0.183
2.542-2.646	0.266	362	0.211	6906	0.214	7317	0.959	0.973	99.3303	0.184
2.646-2.764	0.247	339	0.21	6646	0.212	7049	0.961	0.975	99.0921	0.184
2.764-2.899	0.236	360	0.211	6340	0.212	6708	0.967	0.975	99.8807	0.19
2.899-3.055	0.234	354	0.199	6046	0.201	6414	0.966	0.977	99.7817	0.182
3.055-3.24	0.258	309	0.206	5732	0.208	6059	0.956	0.974	99.7029	0.198
3.24-3.464	0.237	272	0.205	5426	0.206	5719	0.966	0.975	99.6328	0.203
3.464-3.741	0.223	267	0.195	5045	0.197	5334	0.971	0.981	99.5876	0.201
3.741-4.098	0.203	226	0.176	4583	0.177	4921	0.977	0.983	97.724	0.189
4.098-4.581	0.165	203	0.147	4290	0.148	4507	0.984	0.987	99.6894	0.169
4.581-5.287	0.163	205	0.147	3758	0.148	3972	0.986	0.987	99.7734	0.173
5.287-6.472	0.227	130	0.203	3237	0.204	3384	0.972	0.979	99.4976	0.233
6.472-9.135	0.166	149	0.17	2471	0.17	2682	0.986	0.984	97.6883	0.215
9.135-105.62	0.184	80	0.184	1473	0.184	1569	0.981	0.973	98.9802	0.266

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4543	-1.1397	-0.5428	3.3993	0.3842	0.5817	0.0084	0.0547	-0.1243	-0.3367	-0.0155	0.3563	-0.0918	-0.2106	0.0072	0.0698	0.0313	-0.0283	0.1487	0.0205	0.0442	-39.6257	37.1674	-1.2376
2	3.0281	-0.4727	-1.7851	0.705	0.3519	1.8173	-0.1589	-0.2364	-0.4161	0.0104	0.0756	-0.2076	0.0402	0.4106	0.0833	0.068	-0.0183	-0.0003	0.1295	-0.0092	0.2366	-5.5978	16.9423	-10.4485
3	1.4367	0.0605	0.2442	2.9932	1.7726	2.3129	-0.0068	0.5266	-0.0365	-0.5408	-0.3789	1.0099	-0.0712	-0.5727	0.3857	0.2486	0.04	-0.1988	0.4764	-0.0702	0.3831	-28.8472	32.8647	-28.4992
4	1.7286	-0.1167	-0.4635	1.2444	0.3243	2.9036	-0.0644	-0.4106	0.1176	0.1445	0.0427	-0.272	0.1893	0.4504	0.0217	0.0255	0.03	-0.0283	0.2549	-0.0192	0.0694	-7.2536	42.9006	4.1652

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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