PDB-8vtt: Meis1 homeobox domain bound to neomycin fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vtt

タイトル

Meis1 homeobox domain bound to neomycin fragment

要素

Homeobox protein Meis1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HOMEOBOX DOMAIN / HUMAN HOMEOBOX PROTEIN MEIS1 / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION / HOMEOBOX / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cell growth involved in cardiac muscle cell development / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / blood vessel morphogenesis / megakaryocyte development / negative regulation of neuron differentiation / hemopoiesis / locomotory behavior / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N. / Sadek, H.A.

資金援助

米国,

フランス, European Union,

英国, 14件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL137415-02	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL147276-01	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL149137-01	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP160520	米国
Leducq Foundation		フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119336	米国
American Heart Association	856552	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM127390	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1505	米国
Leukemia & Lymphoma Society	6629-21	米国
European Research Council (ERC)	787971	European Union
British Heart Foundation	RG/19/11/34633	英国
European Commission	825670	European Union
European Commission	874764	European Union

引用

ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2024
タイトル: Identification of FDA-approved drugs that induce heart regeneration in mammals.
著者: Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N. / Nakada, Y. / Hsu, C.C. / Farag, A. / Lam, N.T. / Wang, P. / Thet, S. / Menendez-Montes, I. / Elhelaly, W.M. / Lou, X. / Secco, I. / Tomczyk, M. / Zentilin, L. / ...

履歴

登録	2024年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8vtt.ent.gz	237.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
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文書・要旨	8vtt_validation.pdf.gz	901.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vtt_full_validation.pdf.gz	902 KB	表示
XML形式データ	8vtt_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	8vtt_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vtsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Homeobox protein Meis1

B: Homeobox protein Meis1

C: Homeobox protein Meis1

D: Homeobox protein Meis1

E: Homeobox protein Meis1

F: Homeobox protein Meis1

G: Homeobox protein Meis1

H: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

62.8 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Homeobox protein Meis1

登録者が定義した集合体
7.79 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Homeobox protein Meis1

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7.79 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Homeobox protein Meis1

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7.79 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.24 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.88 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Homeobox protein Meis1

登録者が定義した集合体
7.79 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Homeobox protein Meis1

登録者が定義した集合体
7.79 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Homeobox protein Meis1

登録者が定義した集合体
7.79 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.757, 77.757, 213.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12
Space group name Hall	P3₂2(x,y,z+1/6)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: -y,-x,-z+1/3 #5: -x+y,y,-z+2/3 #6: x,x-y,-z

#1: タンパク質	Homeobox protein Meis1 / Myeloid ecotropic viral integration site 1 分子量: 7785.920 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Meis1 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q60954
#2: 化合物	ChemComp-RIO / RIBOSTAMYCIN / 5-AMINO-2-AMINOMETHYL-6-[4,6-DIAMINO-2-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLOXY)-3-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY ]-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4-DIOL / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-hydroxy-2-(beta-D-ribofuranosyloxy)cyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / リボスタマイシン分子量: 454.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₄N₄O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.60 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium chloride, 20 mM Tris, 4% 2-propanol, 10 mM neomycin, 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 27646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.85 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.188 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 330178

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.49	6.2	1.277	1360	0.479	0.805	0.556	1.4	0.931	100
2.49-2.54	7.2	1.226	1328	0.568	0.851	0.488	1.324	0.952	100
2.54-2.59	8	1.135	1401	0.735	0.92	0.425	1.214	0.958	100
2.59-2.64	9	1.121	1341	0.798	0.942	0.39	1.188	0.972	99.9
2.64-2.7	9.8	0.983	1394	0.822	0.95	0.328	1.038	0.973	100
2.7-2.76	10.1	0.92	1344	0.848	0.958	0.3	0.969	0.966	100
2.76-2.83	11.2	0.911	1374	0.887	0.97	0.28	0.954	0.974	100
2.83-2.9	13	0.832	1388	0.943	0.985	0.237	0.866	0.956	100
2.9-2.99	13.5	0.76	1389	0.952	0.988	0.211	0.789	0.956	100
2.99-3.09	13.9	0.639	1335	0.972	0.993	0.175	0.663	0.951	100
3.09-3.2	13.9	0.544	1389	0.975	0.994	0.149	0.564	0.954	100
3.2-3.32	13.5	0.425	1367	0.981	0.995	0.119	0.441	0.983	100
3.32-3.48	12.7	0.29	1378	0.989	0.997	0.084	0.303	0.989	100
3.48-3.66	14.5	0.228	1395	0.991	0.998	0.061	0.236	1.002	100
3.66-3.89	14.2	0.177	1396	0.995	0.999	0.048	0.184	1.022	99.7
3.89-4.19	14	0.141	1378	0.995	0.999	0.039	0.146	1.022	100
4.19-4.61	12.9	0.11	1383	0.996	0.999	0.032	0.115	1.056	100
4.61-5.28	14.5	0.103	1410	0.996	0.999	0.028	0.107	0.953	100
5.28-6.65	13.2	0.104	1425	0.994	0.999	0.03	0.108	0.857	100
6.65-50	13.2	0.073	1471	0.996	0.999	0.021	0.076	0.964	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.45→38.88 Å / SU ML: 0.3096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	1992	8.08 %
R_work	0.2149	22657	-
obs	0.2184	24649	89.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3757	0	36	61	3854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	3897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4236	5294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0324	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8967	1453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.51	0.2839	57	0.2659	693	X-RAY DIFFRACTION	38.5
2.51-2.58	0.2813	76	0.2508	878	X-RAY DIFFRACTION	49.38
2.58-2.65	0.3319	114	0.2476	1249	X-RAY DIFFRACTION	70.77
2.65-2.74	0.2598	143	0.2403	1663	X-RAY DIFFRACTION	92.19
2.74-2.84	0.2853	161	0.2395	1776	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.84-2.95	0.2982	160	0.2433	1777	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.95-3.08	0.2899	163	0.2366	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.3037	162	0.2427	1822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.2689	154	0.2251	1796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.2412	157	0.2076	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.248	162	0.2081	1820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.2184	161	0.1711	1804	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.89	0.2355	160	0.2066	1851	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-38.88	0.2402	162	0.2039	1907	X-RAY DIFFRACTION	99.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.45022582432	-0.274754248489	0.382149765061	9.10334027902	0.173837415532	6.02904038039	0.367599469761	0.34249093868	0.00216753171958	0.0812556151622	-0.533756309559	0.259226459084	-0.0928055831328	-0.508869789939	0.139729445952	0.171428058313	0.0340692694734	0.00146934914279	0.256550477103	0.00887662681979	0.171725324668	3.69679777701	23.7898318013	-39.9619460703
2	6.33709739138	0.279429581693	1.22214790742	2.80155909211	-2.35243393212	9.6735132801	0.29241460438	-0.853960414338	-0.170593673919	-0.149418625542	-0.0917245640385	-0.384081121715	1.2488280176	0.103546513015	0.0454202788796	0.302979818395	-0.0129313926412	0.0578695923794	0.296847684131	-0.0702450756656	0.351150693575	10.8563002311	13.6639760564	-37.610765218
3	5.36768292008	-0.30664503137	2.11442726487	6.1393090718	-4.10790132067	7.9342682927	0.258744944999	0.75950766573	-0.468956675234	-0.313332236536	-0.660191900714	-0.0231594425485	0.894232978457	0.630103798747	0.268821026684	0.281842072315	-0.0477185038739	0.0490293206935	0.436177844367	-0.0899313077301	0.301388436308	9.60144553167	21.0911191995	-49.6631847428
4	3.74724349959	-0.609820101316	0.493791792025	6.30233987429	-2.85453747644	4.81864988144	-0.437577538245	0.0874181931779	0.400237141974	0.756506772294	0.137703880171	-0.49669743836	-0.544563581435	-0.194806095162	0.113571720224	0.20092393279	-0.0345052014313	-0.0405160157727	0.26142776968	0.0237335429436	0.282311342827	14.5063217576	24.3498882696	-35.263034013
5	5.68780004685	0.505452990557	-1.36391758879	7.72293069544	-0.550549500227	6.98142538298	-0.387366962996	-0.0496675688559	0.0839144300934	0.190212841992	0.121479937981	-0.836273004666	-0.763371169362	0.844712436627	0.328288100313	0.335511730793	0.0101308017188	-0.0478842354629	0.455632059987	0.110692206554	0.314691917672	11.6353647058	16.322917575	-16.2630414622
6	4.08433380289	-0.497010176147	-0.555111501688	4.34313767606	-1.92051187365	1.19536682572	0.0187900498942	0.991417895808	-0.0722876937049	-0.828999824586	-0.0676067096008	0.521018109262	0.345606154652	-0.845798120992	0.0621622882802	0.336110713453	-0.0515215564875	-0.106397772142	0.550279930133	0.0177670924424	0.238930948136	0.874239173291	12.9400730501	-22.927847597
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 280 through 294 )	A	A	280 - 294	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 295 through 301 )	A	A	295 - 301	16 - 22
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5	5	chain 'B' and (resid 279 through 293 )	B	B	279 - 293	1 - 15
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9	9	chain 'C' and (resid 279 through 301 )	C	C	279 - 301	1 - 23
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15	15	chain 'F' and (resid 279 through 315 )	F	H	279 - 315	1 - 37
16	16	chain 'F' and (resid 316 through 334 )	F	H	316 - 334	38 - 56
17	17	chain 'G' and (resid 279 through 294 )	G	I	279 - 294	1 - 16
18	18	chain 'G' and (resid 295 through 301 )	G	I	295 - 301	17 - 23
19	19	chain 'G' and (resid 302 through 315 )	G	I	302 - 315	24 - 37
20	20	chain 'G' and (resid 316 through 334 )	G	I	316 - 334	38 - 56
21	21	chain 'H' and (resid 279 through 315 )	H	J	279 - 315	1 - 37
22	22	chain 'H' and (resid 316 through 334 )	H	J	316 - 334	38 - 56

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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