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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8vts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Title | Meis1 homeobox domain bound to paromomycin fragment | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components | Homeobox protein Meis1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / HOMEOBOX DOMAIN / HUMAN HOMEOBOX PROTEIN MEIS2 / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION / HOMEOBOX / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationcell growth involved in cardiac muscle cell development / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / blood vessel morphogenesis / megakaryocyte development / negative regulation of neuron differentiation / hemopoiesis / locomotory behavior / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...cell growth involved in cardiac muscle cell development / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / blood vessel morphogenesis / megakaryocyte development / negative regulation of neuron differentiation / hemopoiesis / locomotory behavior / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.91 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Funding support | United States, France, European Union, United Kingdom, 14items
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Citation | Journal: Nat Cardiovasc Res / Year: 2024Title: Identification of FDA-approved drugs that induce heart regeneration in mammals. Authors: Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N. / Nakada, Y. / Hsu, C.C. / Farag, A. / Lam, N.T. / Wang, P. / Thet, S. / Menendez-Montes, I. / Elhelaly, W.M. / Lou, X. / Secco, I. / Tomczyk, M. / Zentilin, L. ...Authors: Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N. / Nakada, Y. / Hsu, C.C. / Farag, A. / Lam, N.T. / Wang, P. / Thet, S. / Menendez-Montes, I. / Elhelaly, W.M. / Lou, X. / Secco, I. / Tomczyk, M. / Zentilin, L. / Pei, J. / Cui, M. / Dos Santos, M. / Liu, X. / Liu, Y. / Zaha, D. / Walcott, G. / Tomchick, D.R. / Xing, C. / Zhang, C.C. / Grishin, N.V. / Giacca, M. / Zhang, J. / Sadek, H.A. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8vts.cif.gz | 361.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8vts.ent.gz | 248.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8vts.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8vts_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8vts_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8vts_validation.xml.gz | 21.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 8vts_validation.cif.gz | 32.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vts | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8vttC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 7785.920 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 398 molecules 








| #2: Chemical | | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.84 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 2.20 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium chloride, 20 mM Tris, 4% 2-propanol, 10 mM paromomycin, 25% ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97976 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97976 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 57573 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 717867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.91→41.83 Å / SU ML: 0.2177 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.7794 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.91→41.83 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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X-RAY DIFFRACTION
United States,
France, European Union,
United Kingdom, 14items
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