PDB-8vts: Meis1 homeobox domain bound to paromomycin fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vts

タイトル

Meis1 homeobox domain bound to paromomycin fragment

要素

Homeobox protein Meis1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HOMEOBOX DOMAIN / HUMAN HOMEOBOX PROTEIN MEIS2 / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION / HOMEOBOX / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cell growth involved in cardiac muscle cell development / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / blood vessel morphogenesis / megakaryocyte development / negative regulation of neuron differentiation / hemopoiesis / locomotory behavior / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N.

資金援助

米国,

フランス, European Union,

英国, 14件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL137415-02	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL147276-01	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL149137-01	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP160520	米国
Leducq Foundation		フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119336	米国
American Heart Association	856552	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM127390	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1505	米国
Leukemia & Lymphoma Society	6629-21	米国
European Research Council (ERC)	787971	European Union
British Heart Foundation	RG/19/11/34633	英国
European Commission	825670	European Union
European Commission	874764	European Union

引用

ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2024
タイトル: Identification of FDA-approved drugs that induce heart regeneration in mammals.
著者: Ahmed, M.S. / Nguyen, N.U.N. / Nakada, Y. / Hsu, C.C. / Farag, A. / Lam, N.T. / Wang, P. / Thet, S. / Menendez-Montes, I. / Elhelaly, W.M. / Lou, X. / Secco, I. / Tomczyk, M. / Zentilin, L. / ...

履歴

登録	2024年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vts.ent.gz	248.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	8vts_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vts_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8vts_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	8vts_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vts	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vttC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Homeobox protein Meis1

B: Homeobox protein Meis1

C: Homeobox protein Meis1

D: Homeobox protein Meis1

E: Homeobox protein Meis1

F: Homeobox protein Meis1

G: Homeobox protein Meis1

H: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

63.7 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Homeobox protein Meis1

登録者が定義した集合体
7.79 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

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3

C: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

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4

D: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

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8.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

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7.85 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Homeobox protein Meis1

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7

G: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

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8

H: Homeobox protein Meis1

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.621, 77.621, 213.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12
Space group name Hall	P3₂2(x,y,z+1/6)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: -y,-x,-z+1/3 #5: -x+y,y,-z+2/3 #6: x,x-y,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-444- HOH
2	1	A-447- HOH
3	1	A-449- HOH
4	1	E-532- HOH

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Homeobox protein Meis1 / Myeloid ecotropic viral integration site 1 分子量: 7785.920 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Meis1 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q60954

-
非ポリマー , 5種, 398分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-RIO / RIBOSTAMYCIN / 5-AMINO-2-AMINOMETHYL-6-[4,6-DIAMINO-2-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLOXY)-3-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY ]-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4-DIOL / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-hydroxy-2-(beta-D-ribofuranosyloxy)cyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / リボスタマイシン分子量: 454.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₄N₄O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.20 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium chloride, 20 mM Tris, 4% 2-propanol, 10 mM paromomycin, 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 57573 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.86 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.984 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 717867

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	10.7	1.808	2897	0.532	0.833	0.573	1.899	0.931	100
1.93-1.97	11.4	1.568	2797	0.578	0.856	0.483	1.643	0.92	100
1.97-2.01	11.4	1.192	2833	0.706	0.91	0.368	1.249	0.93	100
2.01-2.05	10.6	0.977	2884	0.796	0.941	0.313	1.027	0.94	100
2.05-2.09	11.8	0.796	2875	0.872	0.965	0.241	0.833	0.966	100
2.09-2.14	12.3	0.607	2843	0.914	0.977	0.18	0.634	0.97	100
2.14-2.19	12.3	0.481	2844	0.943	0.985	0.143	0.502	1.008	100
2.19-2.25	12.3	0.398	2870	0.965	0.991	0.118	0.416	1.007	100
2.25-2.32	12.2	0.318	2842	0.973	0.993	0.095	0.333	1.002	100
2.32-2.39	12.1	0.255	2847	0.984	0.996	0.077	0.267	1.039	100
2.39-2.48	11.3	0.217	2885	0.985	0.996	0.067	0.227	1.036	100
2.48-2.58	12.8	0.175	2885	0.992	0.998	0.051	0.182	1.041	100
2.58-2.7	13.4	0.141	2843	0.995	0.999	0.04	0.146	1.031	100
2.7-2.84	13.5	0.112	2883	0.996	0.999	0.032	0.117	1.03	100
2.84-3.02	13.5	0.089	2888	0.997	0.999	0.025	0.092	1.004	100
3.02-3.25	12.6	0.071	2887	0.998	0.999	0.021	0.074	1.028	100
3.25-3.58	14.4	0.053	2892	0.999	1	0.014	0.055	1.005	100
3.58-4.09	14.3	0.045	2906	0.999	1	0.012	0.046	1.003	100
4.09-5.16	13.1	0.04	2947	0.999	1	0.011	0.041	0.94	100
5.16-50	13.4	0.037	3025	0.999	1	0.01	0.038	0.839	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.91→41.83 Å / SU ML: 0.2177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.7794
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	2000	3.57 %
R_work	0.1909	54065	-
obs	0.1916	56065	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→41.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3760	0	91	389	4240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	4001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4888	5441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0355	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	683
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5265	1491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.96	0.297	93	0.282	2533	X-RAY DIFFRACTION	63.68
1.96-2.01	0.3136	140	0.2618	3734	X-RAY DIFFRACTION	95.35
2.01-2.07	0.286	142	0.2296	3913	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.07-2.13	0.2181	153	0.2069	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.13-2.21	0.2142	155	0.1843	3962	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.21-2.3	0.1991	141	0.1806	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.4	0.2091	143	0.1673	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.53	0.1741	146	0.1721	3958	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.53-2.69	0.2021	144	0.1726	3992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.9	0.1964	151	0.1794	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.19	0.2234	145	0.1899	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.65	0.2097	154	0.1808	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.6	0.1849	146	0.1695	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-41.83	0.2124	147	0.2192	4146	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.60039888248	-0.185865574908	-0.0286042891889	5.45861340036	-1.07448226673	4.78170830876	0.152592357241	0.0327068778341	0.284574033353	-0.438352871256	-0.00816198802736	-0.425350088903	0.0685540342369	0.120220840039	-0.163703717217	0.177881008758	0.0637670072546	0.0479298017077	0.148410333807	-0.0108527441167	0.285945927431	54.0871183165	-21.2869531906	-8.13253072865
2	5.03386476878	-4.03458966589	2.73392606303	8.83326244815	-1.68377077198	1.64578916391	0.249875122949	-0.108972961321	0.103289635563	-0.143362029569	-0.0282634597064	0.243276445675	0.304387759571	-0.277212402228	-0.180019194505	0.280276165281	0.0450363434157	0.0392029075454	0.171935599976	0.033505326344	0.192912295097	46.8765881891	-16.1181628546	-14.2595699708
3	2.52737796337	-0.771883558283	2.38008811319	6.38446707592	0.264077300953	2.5040905847	-0.0184527854436	0.467039846729	0.0863778980049	-0.44906131042	0.0886351851628	-0.0522840165155	-0.0424924043209	0.342509449197	-0.0222922652915	0.199678613254	-0.0137606602982	0.103186532451	0.195704628877	-0.0112468114681	0.230414879894	44.2670256469	4.90440690502	-11.554366605
4	3.2932495895	1.56934900394	-1.51221493897	2.94407457994	-1.19108719968	9.32858563651	-0.0317934885676	-0.223099501183	-0.22434673879	-0.0398310658672	-0.177527025646	-1.05051102391	0.458157302885	1.0353792391	0.116314621287	0.155266906315	0.0340914934984	0.0240481954834	0.302847250156	-0.0282199657862	0.379870096346	51.5375212697	0.0379191611482	-0.809538423844
5	7.16799528501	-4.59020874118	2.73949527723	6.77702711388	-4.66657198702	7.12068505265	-0.031907001476	0.232507211493	0.29903382286	0.611746900778	0.0694789543839	-0.0630335211706	-0.670099999235	0.637268693427	0.0358484282011	0.224312645221	-0.0795850527354	0.0929443093434	0.17477959726	-0.0437832873782	0.275365360917	45.041784403	12.5998194739	-2.44232824367
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20	8.08988337565	-0.495359678662	-3.83620781119	4.42429029764	0.55721536448	3.74275286181	-0.0528165039682	-0.521585447009	-0.686536069296	0.113678065648	-0.286784776057	-0.448216084697	0.41592604257	0.493417553901	0.199436797415	0.216406477602	-0.0124408543747	0.00503616850042	0.117398067523	0.0282659239392	0.332780446943	20.9234408059	-20.4882551101	13.3494757493

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid 279 through 315 )	E	K	279 - 315	1 - 37
2	2	chain 'E' and (resid 316 through 334 )	E	K	316 - 334	38 - 56
3	3	chain 'F' and (resid 279 through 293 )	F	M	279 - 293	1 - 15
4	4	chain 'F' and (resid 294 through 301 )	F	M	294 - 301	16 - 23
5	5	chain 'F' and (resid 302 through 315 )	F	M	302 - 315	24 - 37
6	6	chain 'F' and (resid 316 through 333 )	F	M	316 - 333	38 - 55
7	7	chain 'G' and (resid 279 through 315 )	G	N	279 - 315	1 - 37
8	8	chain 'G' and (resid 316 through 334 )	G	N	316 - 334	38 - 56
9	9	chain 'H' and (resid 279 through 315 )	H	O	279 - 315	1 - 37
10	10	chain 'H' and (resid 316 through 334 )	H	O	316 - 334	38 - 56
11	11	chain 'A' and (resid 279 through 297 )	A	A	279 - 297	1 - 19
12	12	chain 'A' and (resid 298 through 315 )	A	A	298 - 315	20 - 37
13	13	chain 'A' and (resid 316 through 334 )	A	A	316 - 334	38 - 56
14	14	chain 'B' and (resid 279 through 301 )	B	D	279 - 301	1 - 23
15	15	chain 'B' and (resid 302 through 334 )	B	D	302 - 334	24 - 56
16	16	chain 'C' and (resid 279 through 301 )	C	E	279 - 301	1 - 23
17	17	chain 'C' and (resid 302 through 315 )	C	E	302 - 315	24 - 37
18	18	chain 'C' and (resid 316 through 334 )	C	E	316 - 334	38 - 56
19	19	chain 'D' and (resid 279 through 315 )	D	J	279 - 315	1 - 37
20	20	chain 'D' and (resid 316 through 334 )	D	J	316 - 334	38 - 56

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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