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- PDB-8vsu: Cryo-EM structure of LKB1-STRADalpha-MO25alpha heterocomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vsu
タイトルCryo-EM structure of LKB1-STRADalpha-MO25alpha heterocomplex
要素
  • Calcium-binding protein 39
  • Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha
  • Serine/threonine-protein kinase STK11
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / pseudokinase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vesicle transport along microtubule / intracellular protein-containing complex / Golgi localization / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / dendrite extension / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to thyroid hormone / activation of protein kinase activity ...positive regulation of vesicle transport along microtubule / intracellular protein-containing complex / Golgi localization / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / dendrite extension / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to thyroid hormone / activation of protein kinase activity / cellular hypotonic response / tissue homeostasis / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / serine/threonine protein kinase complex / positive thymic T cell selection / vasculature development / positive regulation of axonogenesis / regulation of Wnt signaling pathway / anoikis / G1 to G0 transition / negative regulation of cold-induced thermogenesis / LRR domain binding / cellular response to UV-B / regulation of dendrite morphogenesis / response to ionizing radiation / establishment of cell polarity / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / FOXO-mediated transcription of cell death genes / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein kinase activator activity / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / protein localization to nucleus / protein dephosphorylation / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / axonogenesis / protein serine/threonine kinase binding / protein export from nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / response to activity / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / autophagy / positive regulation of protein localization to nucleus / kinase binding / Z disc / p53 binding / glucose homeostasis / T cell receptor signaling pathway / protein autophosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / spermatogenesis / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / cilium / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/Threonine kinase LKB1, catalytic domain / : / Mo25-like / Mo25-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/Threonine kinase LKB1, catalytic domain / : / Mo25-like / Mo25-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase STK11 / STE20-related kinase adapter protein alpha / Calcium-binding protein 39
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Chan, L.M. / Courteau, B.J. / Verba, K.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024
タイトル: High-resolution single-particle imaging at 100-200 keV with the Gatan Alpine direct electron detector.
著者: Lieza M Chan / Brandon J Courteau / Allison Maker / Mengyu Wu / Benjamin Basanta / Hev Mehmood / David Bulkley / David Joyce / Brian C Lee / Stephen Mick / Cory Czarnik / Sahil Gulati / ...著者: Lieza M Chan / Brandon J Courteau / Allison Maker / Mengyu Wu / Benjamin Basanta / Hev Mehmood / David Bulkley / David Joyce / Brian C Lee / Stephen Mick / Cory Czarnik / Sahil Gulati / Gabriel C Lander / Kliment A Verba /
要旨: Developments in direct electron detector technology have played a pivotal role in enabling high-resolution structural studies by cryo-EM at 200 and 300 keV. Yet, theory and recent experiments ...Developments in direct electron detector technology have played a pivotal role in enabling high-resolution structural studies by cryo-EM at 200 and 300 keV. Yet, theory and recent experiments indicate advantages to imaging at 100 keV, energies for which the current detectors have not been optimized. In this study, we evaluated the Gatan Alpine detector, designed for operation at 100 and 200 keV. Compared to the Gatan K3, Alpine demonstrated a significant DQE improvement at these energies, specifically a ∼ 4-fold improvement at Nyquist at 100 keV. In single-particle cryo-EM experiments, Alpine datasets yielded better than 2 Å resolution reconstructions of apoferritin at 120 and 200 keV on a ThermoFisher Scientific (TFS) Glacios microscope fitted with a non-standard SP-Twin lens. We also achieved a ∼ 3.2 Å resolution reconstruction of a 115 kDa asymmetric protein complex, proving Alpine's effectiveness with complex biological samples. In-depth analysis revealed that Alpine reconstructions are comparable to K3 reconstructions at 200 keV, and remarkably, reconstruction from Alpine at 120 keV on a TFS Glacios surpassed all but the 300 keV data from a TFS Titan Krios with GIF/K3. Additionally, we show Alpine's capability for high-resolution data acquisition and screening on lower-end systems by obtaining ∼ 3 Å resolution reconstructions of apoferritin and aldolase at 100 keV and detailed 2D averages of a 55 kDa sample using a side-entry cryo holder. Overall, we show that Gatan Alpine performs well with the standard 200 keV imaging systems and may potentially capture the benefits of lower accelerating voltages, bringing smaller sized particles within the scope of cryo-EM.
履歴
登録2024年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein 39
C: Serine/threonine-protein kinase STK11
B: Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,9364
ポリマ－140,5093
非ポリマー4271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding protein 39 / MO25alpha / Protein Mo25


分子量: 41997.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAB39, MO25, CGI-66 / 細胞株 (発現宿主): expi293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y376
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase STK11 / Liver kinase B1 / LKB1 / hLKB1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-19


分子量: 50649.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK11, LKB1, PJS / 細胞株 (発現宿主): expi293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q15831, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha / STRAD alpha / STE20-related adapter protein / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-96


分子量: 47861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STRADA, LYK5, STRAD / 細胞株 (発現宿主): expi293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTN6
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psuedokinase STRADa and scaffolding MO25a
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1405 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris HCl1
2350 mMsodium chlorideNaCl1
35 %glycerol1
40.5 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1293
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリFitting-ID
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング1
13PHENIXモデル精密化1
14Rosettaモデルフィッティング2
15ISOLDEモデル精密化2
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 979927
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124780 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル
1RIGID BODY FIT
2FLEXIBLE FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12WTK

2wtk

12WTK1PDBexperimental model
22
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0127678
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.48910374
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5852917
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0731148
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0111326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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