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万見
- EMDB-43685: Structure of murine heavy chain apoferritin collected at 200 keV ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43685
タイトルStructure of murine heavy chain apoferritin collected at 200 keV with the Gatan Alpine direct detector
マップデータApoferritin from Alpine at 200 keV, full map
試料
  • 複合体: mouse heavy chain apoferritin
キーワードapoferritin / complex / METAL TRANSPORT
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Maker A / Bulkley DP / Verba KA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)fill in later 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024
タイトル: High-resolution single-particle imaging at 100-200 keV with the Gatan Alpine direct electron detector.
著者: Lieza M Chan / Brandon J Courteau / Allison Maker / Mengyu Wu / Benjamin Basanta / Hev Mehmood / David Bulkley / David Joyce / Brian C Lee / Stephen Mick / Cory Czarnik / Sahil Gulati / ...著者: Lieza M Chan / Brandon J Courteau / Allison Maker / Mengyu Wu / Benjamin Basanta / Hev Mehmood / David Bulkley / David Joyce / Brian C Lee / Stephen Mick / Cory Czarnik / Sahil Gulati / Gabriel C Lander / Kliment A Verba /
要旨: Developments in direct electron detector technology have played a pivotal role in enabling high-resolution structural studies by cryo-EM at 200 and 300 keV. Yet, theory and recent experiments ...Developments in direct electron detector technology have played a pivotal role in enabling high-resolution structural studies by cryo-EM at 200 and 300 keV. Yet, theory and recent experiments indicate advantages to imaging at 100 keV, energies for which the current detectors have not been optimized. In this study, we evaluated the Gatan Alpine detector, designed for operation at 100 and 200 keV. Compared to the Gatan K3, Alpine demonstrated a significant DQE improvement at these energies, specifically a ∼ 4-fold improvement at Nyquist at 100 keV. In single-particle cryo-EM experiments, Alpine datasets yielded better than 2 Å resolution reconstructions of apoferritin at 120 and 200 keV on a ThermoFisher Scientific (TFS) Glacios microscope fitted with a non-standard SP-Twin lens. We also achieved a ∼ 3.2 Å resolution reconstruction of a 115 kDa asymmetric protein complex, proving Alpine's effectiveness with complex biological samples. In-depth analysis revealed that Alpine reconstructions are comparable to K3 reconstructions at 200 keV, and remarkably, reconstruction from Alpine at 120 keV on a TFS Glacios surpassed all but the 300 keV data from a TFS Titan Krios with GIF/K3. Additionally, we show Alpine's capability for high-resolution data acquisition and screening on lower-end systems by obtaining ∼ 3 Å resolution reconstructions of apoferritin and aldolase at 100 keV and detailed 2D averages of a 55 kDa sample using a side-entry cryo holder. Overall, we show that Gatan Alpine performs well with the standard 200 keV imaging systems and may potentially capture the benefits of lower accelerating voltages, bringing smaller sized particles within the scope of cryo-EM.
履歴
登録2024年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43685.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apoferritin from Alpine at 200 keV, full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.46 Å/pix.
x 512 pix.
= 236.032 Å		0.46 Å/pix.
x 512 pix.
= 236.032 Å		0.46 Å/pix.
x 512 pix.
= 236.032 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.461 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.0886183 - 0.42336205
平均 (標準偏差)0.0021308684 (±0.027830273)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 236.032 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43685_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Apoferritin from Alpine at 200 keV, sharpened map

ファイルemd_43685_additional_1.map
注釈Apoferritin from Alpine at 200 keV, sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Apoferritin from Alpine at 200 keV, half map B

ファイルemd_43685_half_map_1.map
注釈Apoferritin from Alpine at 200 keV, half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Apoferritin from Alpine at 200 keV, half map A

ファイルemd_43685_half_map_2.map
注釈Apoferritin from Alpine at 200 keV, half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse heavy chain apoferritin

全体名称: mouse heavy chain apoferritin
要素
  • 複合体: mouse heavy chain apoferritin

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超分子 #1: mouse heavy chain apoferritin

超分子名称: mouse heavy chain apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
300.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 45.5 e/Å2 / 詳細: Gatan Alpine detector
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

詳細Gatan Alpine
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 204387
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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