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- EMDB-43506: Cryo-EM structure of LKB1-STRADalpha-MO25alpha heterocomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43506
タイトルCryo-EM structure of LKB1-STRADalpha-MO25alpha heterocomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psuedokinase STRADa and scaffolding MO25a
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-binding protein 39
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase STK11
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードserine/threonine kinase / pseudokinase / complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vesicle transport along microtubule / intracellular protein-containing complex / Golgi localization / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / LRR domain binding / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / dendrite extension / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity ...positive regulation of vesicle transport along microtubule / intracellular protein-containing complex / Golgi localization / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / LRR domain binding / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / dendrite extension / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / cellular hypotonic response / activation of protein kinase activity / tissue homeostasis / response to thyroid hormone / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / serine/threonine protein kinase complex / positive thymic T cell selection / vasculature development / positive regulation of axonogenesis / regulation of Wnt signaling pathway / anoikis / response to glucagon / negative regulation of cold-induced thermogenesis / G1 to G0 transition / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cellular response to UV-B / regulation of dendrite morphogenesis / response to ionizing radiation / response to lipid / establishment of cell polarity / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / FOXO-mediated transcription of cell death genes / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein kinase activator activity / protein localization to nucleus / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / protein dephosphorylation / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / peptidyl-threonine phosphorylation / axonogenesis / protein export from nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / response to activity / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / positive regulation of protein localization to nucleus / autophagy / Z disc / kinase binding / p53 binding / glucose homeostasis / T cell receptor signaling pathway / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / secretory granule lumen / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / cilium / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine/Threonine kinase LKB1, catalytic domain / : / Mo25-like / Mo25-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/Threonine kinase LKB1, catalytic domain / : / Mo25-like / Mo25-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase STK11 / STE20-related kinase adapter protein alpha / Calcium-binding protein 39
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Chan LM / Courteau BJ / Verba KA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024
タイトル: High-resolution single-particle imaging at 100-200 keV with the Gatan Alpine direct electron detector.
著者: Lieza M Chan / Brandon J Courteau / Allison Maker / Mengyu Wu / Benjamin Basanta / Hev Mehmood / David Bulkley / David Joyce / Brian C Lee / Stephen Mick / Cory Czarnik / Sahil Gulati / ...著者: Lieza M Chan / Brandon J Courteau / Allison Maker / Mengyu Wu / Benjamin Basanta / Hev Mehmood / David Bulkley / David Joyce / Brian C Lee / Stephen Mick / Cory Czarnik / Sahil Gulati / Gabriel C Lander / Kliment A Verba /
要旨: Developments in direct electron detector technology have played a pivotal role in enabling high-resolution structural studies by cryo-EM at 200 and 300 keV. Yet, theory and recent experiments ...Developments in direct electron detector technology have played a pivotal role in enabling high-resolution structural studies by cryo-EM at 200 and 300 keV. Yet, theory and recent experiments indicate advantages to imaging at 100 keV, energies for which the current detectors have not been optimized. In this study, we evaluated the Gatan Alpine detector, designed for operation at 100 and 200 keV. Compared to the Gatan K3, Alpine demonstrated a significant DQE improvement at these energies, specifically a ∼ 4-fold improvement at Nyquist at 100 keV. In single-particle cryo-EM experiments, Alpine datasets yielded better than 2 Å resolution reconstructions of apoferritin at 120 and 200 keV on a ThermoFisher Scientific (TFS) Glacios microscope fitted with a non-standard SP-Twin lens. We also achieved a ∼ 3.2 Å resolution reconstruction of a 115 kDa asymmetric protein complex, proving Alpine's effectiveness with complex biological samples. In-depth analysis revealed that Alpine reconstructions are comparable to K3 reconstructions at 200 keV, and remarkably, reconstruction from Alpine at 120 keV on a TFS Glacios surpassed all but the 300 keV data from a TFS Titan Krios with GIF/K3. Additionally, we show Alpine's capability for high-resolution data acquisition and screening on lower-end systems by obtaining ∼ 3 Å resolution reconstructions of apoferritin and aldolase at 100 keV and detailed 2D averages of a 55 kDa sample using a side-entry cryo holder. Overall, we show that Gatan Alpine performs well with the standard 200 keV imaging systems and may potentially capture the benefits of lower accelerating voltages, bringing smaller sized particles within the scope of cryo-EM.
履歴
登録2024年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43506.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.76 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.76 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.628
最小 - 最大-2.21325 - 4.1446104
平均 (標準偏差)-0.00062040903 (±0.10249217)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_43506_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43506_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43506_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psued...

全体名称: Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psuedokinase STRADa and scaffolding MO25a
要素
  • 複合体: Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psuedokinase STRADa and scaffolding MO25a
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-binding protein 39
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase STK11
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psued...

超分子名称: Heterotrimeric complex of serine/threonine kinase LKB1 with psuedokinase STRADa and scaffolding MO25a
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140.5 KDa

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分子 #1: Calcium-binding protein 39

分子名称: Calcium-binding protein 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.997109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPFPFGKSHK SPADIVKNLK ESMAVLEKQD ISDKKAEKAT EEVSKNLVAM KEILYGTNEK EPQTEAVAQL AQELYNSGLL STLVADLQL IDFEGKKDVA QIFNNILRRQ IGTRTPTVEY ICTQQNILFM LLKGYESPEI ALNCGIMLRE CIRHEPLAKI I LWSEQFYD ...文字列:
MPFPFGKSHK SPADIVKNLK ESMAVLEKQD ISDKKAEKAT EEVSKNLVAM KEILYGTNEK EPQTEAVAQL AQELYNSGLL STLVADLQL IDFEGKKDVA QIFNNILRRQ IGTRTPTVEY ICTQQNILFM LLKGYESPEI ALNCGIMLRE CIRHEPLAKI I LWSEQFYD FFRYVEMSTF DIASDAFATF KDLLTRHKLL SAEFLEQHYD RFFSEYEKLL HSENYVTKRQ SLKLLGELLL DR HNFTIMT KYISKPENLK LMMNLLRDKS RNIQFEAFHV FKVFVANPNK TQPILDILLK NQAKLIEFLS KFQNDRTEDE QFN DEKTYL VKQIRDLKRP AQQEAGSGAT NFSLLKQAGD VEENPG

UniProtKB: Calcium-binding protein 39

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分子 #2: Serine/threonine-protein kinase STK11

分子名称: Serine/threonine-protein kinase STK11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.649785 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PDYKDDDDKE NLYFQGMEVV DPQQLGMFTE GELMSVGMDT FIHRIDSTEV IYQPRRKRAK LIGKYLMGDL LGEGSYGKVK EVLDSETLC RRAVKILKKK KLRRIPNGEA NVKKEIQLLR RLRHKNVIQL VDVLYNEEKQ KMYMVMEYCV CGMQEMLDSV P EKRFPVCQ ...文字列:
PDYKDDDDKE NLYFQGMEVV DPQQLGMFTE GELMSVGMDT FIHRIDSTEV IYQPRRKRAK LIGKYLMGDL LGEGSYGKVK EVLDSETLC RRAVKILKKK KLRRIPNGEA NVKKEIQLLR RLRHKNVIQL VDVLYNEEKQ KMYMVMEYCV CGMQEMLDSV P EKRFPVCQ AHGYFCQLID GLEYLHSQGI VHKDIKPGNL LLTTGGTLKI SDLGVAEALH PFAADDTCRT SQGSPAFQPP EI ANGLDTF SGFKVDIWSA GVTLYNITTG LYPFEGDNIY KLFENIGKGS YAIPGDCGPP LSDLLKGMLE YEPAKRFSIR QIR QHSWFR KKHPPAEAPV PIPPSPDTKD RWRSMTVVPY LEDLHGADED EDLFDIEDDI IYTQDFTVPG QVPEEEASHN GQRR GLPKA VCMNGTEAAQ LSTKSRAEGR APNPARKACS ASSKIRRLSA CKQQ

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase STK11

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分子 #3: Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha

分子名称: Isoform 3 of STE20-related kinase adapter protein alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.861875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PHHHHHHENL YFQGMSFLTN DASSESIASF SKQEVMSSFL PEGGCYELLT VIGKGFEDLM TVNLARYKPT GEYVTVRRIN LEACSNEMV TFLQGELHVS KLFNHPNIVP YRATFIADNE LWVVTSFMAY GSAKDLICTH FMDGMNELAI AYILQGVLKA L DYIHHMGY ...文字列:
PHHHHHHENL YFQGMSFLTN DASSESIASF SKQEVMSSFL PEGGCYELLT VIGKGFEDLM TVNLARYKPT GEYVTVRRIN LEACSNEMV TFLQGELHVS KLFNHPNIVP YRATFIADNE LWVVTSFMAY GSAKDLICTH FMDGMNELAI AYILQGVLKA L DYIHHMGY VHRSVKASHI LISVDGKVYL SGLRSNLSMI SHGQRQRVVH DFPKYSVKVL PWLSPEVLQQ NLQGYDAKSD IY SVGITAC ELANGHVPFK DMPATQMLLE KLNGTVPCLL DTSTIPAEEL TMSPSRSVAN SGLSDSLTTS TPRPSNGDSP SHP YHRTFS PHFHHFVEQC LQRNPDARPS ASTLLNHSFF KQIKRRASEA LPELLRPVTP ITNFEGSQSQ DHSGIFGLVT NLEE LEVDD WEFGSGATNF SLLKQAGDVE ENPG

UniProtKB: STE20-related kinase adapter protein alpha

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris HCl
350.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 %glycerol
0.5 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.033 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1293 / 平均電子線量: 45.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 979927
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2wtk

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124780
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wtk


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8vsu:
Cryo-EM structure of LKB1-STRADalpha-MO25alpha heterocomplex

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原子モデル構築 2

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vsu:
Cryo-EM structure of LKB1-STRADalpha-MO25alpha heterocomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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