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万見
- PDB-8vp9: Cryo-EM structure of the cysteine-free ABC transporter PCAT1 boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vp9
タイトルCryo-EM structure of the cysteine-free ABC transporter PCAT1 bound with ADP and Substrate
要素
  • ABC-type bacteriocin transporter
  • Bacteriocin-type signal sequence-containing protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Nucleotide / Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type bacteriocin transporter activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ABC-type bacteriocin transporter / Bacteriocin-type signal sequence-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Zhang, R. / Jagessar, K.L. / Polasa, A. / Brownd, M. / Stein, R. / Moradi, M. / Karakas, E. / Mchaourab, H.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 128087 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Conformational cycle of a protease-containing ABC transporter in lipid nanodiscs reveals the mechanism of cargo-protein coupling.
著者: Ruojing Zhang / Kevin L Jagessar / Matthew Brownd / Adithya Polasa / Richard A Stein / Mahmoud Moradi / Erkan Karakas / Hassane S Mchaourab /
要旨: Protease-containing ABC transporters (PCATs) couple the energy of ATP hydrolysis to the processing and export of diverse cargo proteins across cell membranes to mediate antimicrobial resistance and ...Protease-containing ABC transporters (PCATs) couple the energy of ATP hydrolysis to the processing and export of diverse cargo proteins across cell membranes to mediate antimicrobial resistance and quorum sensing. Here, we combine biochemical analysis, single particle cryoEM, and DEER spectroscopy in lipid bilayers along with computational analysis to illuminate the structural and energetic underpinnings of coupled cargo protein export. Our integrated investigation uncovers competitive interplay between nucleotides and cargo protein binding that ensures the latter's orderly processing and subsequent transport. The energetics of cryoEM structures in lipid bilayers are congruent with the inferred mechanism from ATP turnover analysis and reveal a snapshot of a high-energy outward-facing conformation that provides an exit pathway into the lipid bilayer and/or the extracellular side. DEER investigation of the core ABC transporter suggests evolutionary tuning of the energetic landscape to fulfill the function of substrate processing prior to export.
#1: ジャーナル: J Gen Virol / 年: 1984
タイトル: Investigation of varicella-zoster virus-infected cell proteins that elicit antibody production during primary varicella using the immune transfer method.
要旨: The varicella-zoster virus-infected cell proteins (VZV-ICPs) against which IgG, IgM and IgA antibodies were made in the course of primary varicella-zoster virus (VZV) infection were analysed by the ...The varicella-zoster virus-infected cell proteins (VZV-ICPs) against which IgG, IgM and IgA antibodies were made in the course of primary varicella-zoster virus (VZV) infection were analysed by the immune transfer method. IgG antibodies were made against one or more of 18 VZV-ICPs by patients with varicella. IgM antibodies were produced which reacted with 21 VZV-ICPs. The spectrum of IgG antibody production during the first week after the onset of infection was limited to an average of three VZV-ICPs while IgM antibodies which reacted with an average of seven VZV-ICPs were detectable in the acute phase of varicella. Equivalent VZV IgG or IgM antibody titres by radioimmunoassay did not correlate with a similar pattern of antibody specificity for VZV-ICPs by immune transfer. A detectable immune response to all VZV-ICPs was not required for the recovery of individual patients from primary VZV infection.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type bacteriocin transporter
B: ABC-type bacteriocin transporter
C: Bacteriocin-type signal sequence-containing protein
D: Bacteriocin-type signal sequence-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,9689
ポリマ－192,6714
非ポリマー2,2965
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ABC-type bacteriocin transporter


分子量: 83610.172 Da / 分子数: 2 / 変異: C12S, C21S, C25V, C129F, C171A, C581A, C687A, C713L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
遺伝子: Cthe_0534 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A3DCU1
#2: タンパク質 Bacteriocin-type signal sequence-containing protein


分子量: 12725.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
遺伝子: Cthe_0535 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DCU2
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1ACX / 3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxypropyl hexadecanoate


分子量: 480.639 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H51NO6P
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PCAT1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.62 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM MOPS, 50mM NaCl, PH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM3-(N-morpholino)propanesulfonic acidMOPS1
250 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 1.06312 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15861

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
12cryoSPARC4.2.1分類
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 4616621
3次元再構成解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311347 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 64.46 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002311058
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.550114891
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04091750
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00291830
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.65621546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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