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- EMDB-43405: Cryo-EM structure of the ABC transporter PCAT1 bound with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43405
タイトルCryo-EM structure of the ABC transporter PCAT1 bound with ADP
マップデータ
試料
  • 複合体: PCAT1
    • タンパク質・ペプチド: ABC-type bacteriocin transporter
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードABC transporter / Nucleotide / Membrane Protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type bacteriocin transporter activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC-type bacteriocin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Zhang R / Jagessar KL / Polasa A / Brownd M / Stein R / Moradi M / Karakas E / Mchaourab HS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 128087 米国
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 1984
タイトル: Investigation of varicella-zoster virus-infected cell proteins that elicit antibody production during primary varicella using the immune transfer method.
要旨: The varicella-zoster virus-infected cell proteins (VZV-ICPs) against which IgG, IgM and IgA antibodies were made in the course of primary varicella-zoster virus (VZV) infection were analysed by the ...The varicella-zoster virus-infected cell proteins (VZV-ICPs) against which IgG, IgM and IgA antibodies were made in the course of primary varicella-zoster virus (VZV) infection were analysed by the immune transfer method. IgG antibodies were made against one or more of 18 VZV-ICPs by patients with varicella. IgM antibodies were produced which reacted with 21 VZV-ICPs. The spectrum of IgG antibody production during the first week after the onset of infection was limited to an average of three VZV-ICPs while IgM antibodies which reacted with an average of seven VZV-ICPs were detectable in the acute phase of varicella. Equivalent VZV IgG or IgM antibody titres by radioimmunoassay did not correlate with a similar pattern of antibody specificity for VZV-ICPs by immune transfer. A detectable immune response to all VZV-ICPs was not required for the recovery of individual patients from primary VZV infection.
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43405.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 360 pix.
= 232.92 Å		0.65 Å/pix.
x 360 pix.
= 232.92 Å		0.65 Å/pix.
x 360 pix.
= 232.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.45617577 - 0.7262287
平均 (標準偏差)0.0015937677 (±0.020702625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 232.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43405_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43405_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PCAT1

全体名称: PCAT1
要素
  • 複合体: PCAT1
    • タンパク質・ペプチド: ABC-type bacteriocin transporter
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: PCAT1

超分子名称: PCAT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
分子量理論値: 1.62 MDa

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分子 #1: ABC-type bacteriocin transporter

分子名称: ABC-type bacteriocin transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)
分子量理論値: 83.688461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHMLRRLFK KKYVCVRQYD LTDCGAACLS SIAQYYGLKM SLAKIREMTG TDTQGTNAYG LIHAAKQLG FSAKGVKASK EDLLKDFRLP AIANVIVDNR LAHFVVIYSI KNRIITVADP GKGIVRYSMD DFCSIWTGGL V LLEPGEAF ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHMLRRLFK KKYVCVRQYD LTDCGAACLS SIAQYYGLKM SLAKIREMTG TDTQGTNAYG LIHAAKQLG FSAKGVKASK EDLLKDFRLP AIANVIVDNR LAHFVVIYSI KNRIITVADP GKGIVRYSMD DFCSIWTGGL V LLEPGEAF QKGDYTQNMM VKFAGFLKPL KKTVLCIFLA SLLYTALGIA GSFYIKFLFD DLIKFEKLND LHIISAGFAV IF LLQIFLN YYRSILVTKL GMSIDKSIMM EYYSHVLKLP MNFFNSRKVG EIISRFMDAS KIRQAISGAT LTIMIDTIMA VIG GILLYI QNSSLFFISF IIILLYGIIV TVFNKPIQNA NRQIMEDNAK LTSALVESVK GIETIKSFGA EEQTEKSTRD KIET VMKSS FKEGMLYINL SSLTGIVAGL GGIVILWAGA YNVIKGNMSG GQLLAFNALL AYFLTPVKNL IDLQPLIQTA VVASN RLGE ILELATEKEL REDSDDFVIS LKGDIEFRNV DFRYGLRKPV LKNINLTIPK GKTVAIVGES GSGKTTLAKL LMNFYS PEK GDILINGHSI KNISLELIRK KIAFVSQDVF IFSGTVKENL CLGNENVDMD EIIKAAKMAN AHDFIEKLPL KYDTFLN ES GANLSEGQKQ RLAIARALLK KPDILILDEA TSNLDSITEN HIKDAIYGLE DDVTVIIIAH RLSTIVNCDK IYLLKDGE I VESGSHTELI ALKGCYFKMW KQTENTLAS

UniProtKB: ABC-type bacteriocin transporter

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMMOPS3-(N-morpholino)propanesulfonic acid
50.0 mMNaClSodium chloride

詳細: 50mM MOPS, 50mM NaCl, PH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15087 / 平均電子線量: 1.2891 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3723462
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Model Angelo
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 263838
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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