PDB-8vmk: A crystal structure of heme-dependent tyrosine hydroxylase comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vmk

タイトル

A crystal structure of heme-dependent tyrosine hydroxylase complexed with a substrate analog, 3-(4-hydroxyphenyl)propionic acid

要素

Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / tyrosine hydroxylase / heme enzyme / binary complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROXYPHENYL PROPIONIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sclerotialus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Wang, Y. / Traore, E. / Liu, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystal structure of heme-dependent tyrosine hydroxylase complexed with a substrate analog, 3-(4-hydroxyphenyl)propionic acid
著者: Traore, E. / Wang, Y. / Liu, A.

履歴

登録	2024年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vmk.cif.gz	147.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vmk.ent.gz	113.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vmk_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vmk_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8vmk_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	8vmk_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

B: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

ヘテロ分子

71.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.634, 129.819, 48.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase 分子量: 34623.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sclerotialus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HPP / HYDROXYPHENYL PROPIONIC ACID / 3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸分子量: 166.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1), 0.2 M MgCl2, and 16% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.96682 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96682 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 82562 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.56-1.59	4.3	0.491	4066	0.809	0.946	0.259	0.558	0.477	98.9
1.59-1.62	4.9	0.434	4114	0.872	0.965	0.212	0.485	0.513	100
1.62-1.65	5	0.376	4161	0.899	0.973	0.185	0.42	0.546	100
1.65-1.68	5	0.326	4140	0.925	0.98	0.159	0.364	0.577	100
1.68-1.72	5	0.277	4130	0.942	0.985	0.134	0.308	0.616	100
1.72-1.76	5	0.254	4170	0.953	0.988	0.123	0.283	0.665	100
1.76-1.8	5	0.221	4136	0.957	0.989	0.107	0.246	0.722	100
1.8-1.85	5	0.187	4140	0.969	0.992	0.091	0.209	0.797	99.9
1.85-1.9	5	0.166	4141	0.973	0.993	0.08	0.185	0.903	100
1.9-1.97	5	0.146	4142	0.978	0.995	0.071	0.163	1.023	99.9
1.97-2.04	5	0.129	4130	0.982	0.995	0.062	0.143	1.176	99.9
2.04-2.12	5	0.114	4152	0.985	0.996	0.055	0.127	1.242	99.7
2.12-2.21	4.9	0.097	4124	0.987	0.997	0.048	0.109	1.263	99.7
2.21-2.33	4.9	0.089	4150	0.99	0.997	0.044	0.1	1.307	99.5
2.33-2.48	4.9	0.084	4122	0.99	0.997	0.042	0.094	1.361	99.4
2.48-2.67	4.8	0.084	4121	0.987	0.997	0.042	0.094	1.527	99.1
2.67-2.94	4.8	0.086	4129	0.987	0.997	0.043	0.096	1.917	99.1
2.94-3.36	4.8	0.079	4090	0.99	0.998	0.04	0.089	2.034	98.2
3.36-4.23	4.5	0.055	4082	0.992	0.998	0.03	0.063	1.418	97.7
4.23-50	4.7	0.049	4122	0.995	0.999	0.025	0.056	1.249	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→48.31 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	1977	2.4 %
R_work	0.1869	-	-
obs	0.1875	82515	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→48.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4681	0	126	580	5387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4978
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	6820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.968	712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.6	0.2742	122	0.2352	5650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6-1.64	0.2147	145	0.215	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.2914	153	0.2229	5751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.75	0.2553	140	0.2103	5754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.81	0.2269	134	0.1992	5842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.88	0.2103	164	0.1983	5727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.97	0.2319	121	0.2003	5815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.07	0.236	142	0.1949	5791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.2	0.2281	140	0.1896	5800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.37	0.2219	143	0.1883	5729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.61	0.2218	145	0.1906	5750	X-RAY DIFFRACTION	99
2.61-2.98	0.2205	141	0.1969	5772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.76	0.1894	138	0.1731	5692	X-RAY DIFFRACTION	98
3.76-48.31	0.1901	149	0.1685	5702	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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