PDB-8vm2: Crystal Structure of NRAS Q61K bound to GTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vm2

タイトル

Crystal Structure of NRAS Q61K bound to GTP

要素

GTPase NRas

キーワード

HYDROLASE/ONCOPROTEIN / NRAS / oncogenic mutation / RAS superfamily small GTPases / HYDROLASE / HYDROLASE-ONCOPROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

myoblast differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling ...myoblast differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of endothelial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / G protein activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Gebregiworgis, T. / Chan, J.Y.L. / Kuntz, D.A. / Prive, G.G. / Marshall, C.B. / Ikura, M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Eur J Cell Biol / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of NRAS Q61K with a ligand-induced pocket near switch II.
著者: Gebregiworgis, T. / Chan, J.Y. / Kuntz, D.A. / Prive, G.G. / Marshall, C.B. / Ikura, M.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vm2.cif.gz	237.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vm2.ent.gz	190.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vm2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1081 / データの種類: diffraction image data

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リンク

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#148 - 2012年4月
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類似性 (47)
#195 - 2016年3月
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類似性 (47)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase NRas

B: GTPase NRas

C: GTPase NRas

ヘテロ分子

68 kDa, 3 ポリマー
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1

A: GTPase NRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GTPase NRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GTPase NRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.789, 55.699, 149.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	GTPase NRas / Transforming protein N-Ras 分子量: 21772.666 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-172 / 変異: Q61K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01111, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: PEG/Ion (containing 0.06 M Citric acid, 0.04 M BIS-TRIS propane)/pH 4.1, 16% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→29.74 Å / Num. obs: 63393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 234839
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Num. measured all: 7765 / Num. unique obs: 3430 / CC_1/2: 0.578 / R_pim(I) all: 0.616 / R_rim(I) all: 0.975 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→29.74 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2026	2002	3.16 %
R_work	0.1721	-	-
obs	0.173	63374	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4108	0	165	411	4684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.32	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.78	0.3048	139	0.28	4300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.2781	143	0.2635	4345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.2673	143	0.2434	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.2714	143	0.2171	4390	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.2105	140	0.2004	4335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.2155	143	0.1814	4392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.2076	143	0.1736	4351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.209	143	0.1667	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.1952	143	0.165	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.204	142	0.1625	4364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.91	0.183	144	0.1615	4395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.1768	144	0.1503	4405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.1621	144	0.1411	4443	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-29.74	0.2073	148	0.1665	4514	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.749	-0.7068	1.806	0.764	-0.1649	1.5573	0.0626	-0.1303	-0.5591	0.0414	0.0915	-0.0638	0.0549	0.186	-0.1402	0.1614	0.0055	0.0026	0.1634	-0.0177	0.1554	8.0441	-17.6798	-16.5166
2	1.8799	-0.5349	0.3468	0.8534	-0.1365	0.7125	0.2224	1.1942	-0.5641	-0.6836	-0.2261	-0.0553	0.2461	0.2655	0.0224	0.2604	0.0637	0.0116	0.4263	-0.0928	0.1242	2.0406	-18.4593	-31.9914
3	3.4001	0.4739	0.7052	1.4269	0.5089	0.631	0.0383	0.0802	-0.2649	-0.0889	-0.0036	-0.0523	0.0471	0.1023	-0.089	0.1615	-0.0118	0.0082	0.165	-0.0282	0.1567	8.9164	-18.3559	-20.8864
4	3.947	0.6215	1.0316	1.7368	1.3359	1.4474	-0.1983	-0.0793	-0.7276	0.1384	-0.0595	0.44	0.103	-0.1721	-0.315	0.2448	-0.0111	0.0125	0.1546	0.0446	0.4742	-6.4126	-25.2251	-15.9744
5	2.8295	-0.2581	0.7704	1.4014	0.0578	1.0665	0.0281	-0.1054	-0.0707	0.0658	-0.0043	0.1299	0.0389	-0.0483	-0.0378	0.1247	-0.0033	0.0234	0.1333	0.0137	0.1092	-6.8532	-12.004	-16.1733
6	0.7049	0.1917	-0.5703	0.0654	-0.1696	0.4733	0.1331	0.8429	0.3555	-0.6484	-0.1123	0.2291	-0.2466	-0.0999	-0.0043	0.2735	0.0162	-0.0438	0.3727	0.1103	0.191	-7.9515	-3.4689	-33.038
7	3.2343	-0.0108	-0.2648	2.0843	-1.4663	6.0611	-0.0262	0.0063	0.582	0.153	0.1075	0.1127	-0.6231	-0.3463	0.0386	0.1781	0.0107	0.0222	0.1523	0.0173	0.256	-8.4006	0.7841	-17.6943
8	0.972	-0.1842	-0.6072	0.5719	0.0933	1.877	0.0502	0.5592	0.5138	-0.2032	-0.1021	-0.133	-0.1161	0.0997	-0.2417	0.1673	0.0094	0.0477	0.3072	0.1101	0.0964	1.7978	-5.4302	-27.6501
9	3.7512	-0.1959	0.2895	2.9119	0.1938	3.2788	-0.1212	-0.1399	0.4889	0.2616	0.0202	-0.23	-0.2614	0.3081	-0.0421	0.1382	-0.0099	0.0064	0.1781	-0.0194	0.157	8.4019	-8.3969	-14.0023
10	3.4596	0.5075	-0.2241	0.4135	0.0168	0.5287	0.161	-0.4832	-0.0916	0.051	-0.1394	0.0824	0.0618	-0.2645	-0.0099	0.1215	-0.0236	0.0074	0.2577	0.0188	0.1579	-40.298	-11.0761	-11.2507
11	2.6627	-0.8047	-0.1569	1.7469	-0.5762	0.928	0.0288	-0.4803	0.3879	0.2389	0.0619	0.0154	-0.1713	-0.05	0.0091	0.1544	-0.0044	0.0377	0.2576	-0.0866	0.1777	-32.9058	1.7914	-3.6776
12	2.5678	-0.1569	1.5287	0.2146	-0.5098	2.5783	0.0224	-0.3628	0.1093	0.0418	-0.029	0.0096	-0.056	-0.1511	-0.0183	0.1389	0.0063	0.0141	0.3104	-0.0066	0.1556	-42.0014	-6.7735	-6.9865
13	2.7979	-0.2488	-0.4557	0.2911	0.0599	0.8855	-0.0409	-0.4171	-0.1896	0.0012	0.0059	-0.0152	0.085	0.0038	-0.007	0.1416	-0.0045	0.0235	0.23	0.0439	0.1422	-28.8523	-9.4875	-10.0577
14	4.8974	2.5168	-0.4634	3.1749	0.9129	1.7812	-0.1029	-0.0691	-0.5217	0.0073	0.0448	-0.222	0.3711	0.0902	0.0281	0.1653	0.0127	0.0181	0.1664	0.0187	0.218	-23.2951	-16.79	-15.5139
15	2.4517	-0.1801	-0.1931	0.8341	0.543	1.7717	0.1036	0.318	0.2221	-0.2604	-0.0908	-0.041	-0.1724	0.0705	-0.0432	0.1441	0.0024	0.0226	0.1925	0.0297	0.1822	-24.1834	-2.9796	-21.0558
16	2.2592	-0.8757	-0.7627	2.2948	1.489	2.4255	0.1566	0.2723	0.5159	-0.2011	-0.0346	0.0057	-0.3945	-0.1267	-0.0591	0.1621	0.0168	0.0303	0.1688	0.0358	0.2489	-31.0704	2.9003	-18.0288
17	3.958	0.6868	0.2974	1.9988	0.1981	3.0619	-0.0265	0.1589	-0.0585	-0.0835	0.1049	-0.0579	0.2742	-0.0984	-0.0088	0.13	0.0009	0.0096	0.1906	0.0197	0.1036	-39.7467	-9.8964	-21.371
18	2.5971	-0.2311	-0.3228	1.5506	0.0877	1.4725	0.0611	0.1914	0.0211	-0.1079	-0.0224	-0.1626	-0.0201	0.1455	-0.0918	0.1638	0.0043	-0.0064	0.0934	0.0019	0.1547	-35.1613	-6.8327	-44.2038
19	2.9674	-0.0911	0.1594	1.0437	-0.4275	1.0903	0.0191	0.0062	0.3316	0.1512	-0.0549	-0.1035	-0.0745	0.0907	-0.1079	0.2069	-0.0049	-0.0182	0.1274	0.0244	0.2508	-34.9407	-1.0319	-42.058
20	2.9088	0.1075	-0.291	1.5645	-0.4146	1.547	0.0809	0.5089	-0.0155	-0.2607	-0.0098	0.0816	0.1348	-0.2346	-0.061	0.2106	-0.007	-0.0571	0.1837	-0.0021	0.1853	-43.0721	-10.7766	-48.925
21	2.3011	-0.1157	0.7408	1.0847	0.1669	1.0155	0.1634	-0.1163	-0.4339	0.0657	0.0527	0.0291	0.4235	-0.3722	0.2382	0.1989	-0.0404	-0.0334	0.135	0.0127	0.2225	-45.1323	-15.2276	-38.6908
22	1.8089	0.1725	-0.4182	1.171	0.2163	0.9496	-0.0143	-0.3804	-0.5648	0.0536	0.0136	0.3955	0.4072	-0.1607	0.0215	0.274	-0.0447	-0.047	0.1162	0.0328	0.337	-43.8429	-18.7397	-35.869
23	1.3983	-1.0099	-1.4459	2.4582	2.0416	3.2129	-0.0255	0.0517	-0.073	-0.0936	0.0323	-0.0768	0.2164	0.1176	-0.0146	0.234	0.0341	-0.0234	0.1044	-0.018	0.1917	-31.1556	-19.4432	-46.8296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 126 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 127 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 138 through 151 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 152 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -4 through 15 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 16 through 36 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 37 through 46 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 47 through 92 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 93 through 104 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 105 through 137 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 138 through 151 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 152 through 171 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1 through 25 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 26 through 46 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 47 through 104 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 105 through 126 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 127 through 151 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 152 through 171 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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