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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vm2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of NRAS Q61K bound to GTP | ||||||
要素 | GTPase NRas | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ONCOPROTEIN / NRAS / oncogenic mutation / RAS superfamily small GTPases / HYDROLASE / HYDROLASE-ONCOPROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myoblast differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling ...myoblast differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / G protein activity / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Gebregiworgis, T. / Chan, J.Y.L. / Kuntz, D.A. / Prive, G.G. / Marshall, C.B. / Ikura, M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur J Cell Biol / 年: 2024 タイトル: Crystal structure of NRAS Q61K with a ligand-induced pocket near switch II. 著者: Gebregiworgis, T. / Chan, J.Y. / Kuntz, D.A. / Prive, G.G. / Marshall, C.B. / Ikura, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vm2.cif.gz | 237.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vm2.ent.gz | 190.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vm2_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vm2_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vm2_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vm2_validation.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vm2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/1081 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21772.666 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-172 / 変異: Q61K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01111, small monomeric GTPase #2: 化合物 | ChemComp-GTP / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: PEG/Ion (containing 0.06 M Citric acid, 0.04 M BIS-TRIS propane)/pH 4.1, 16% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→29.74 Å / Num. obs: 63393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 234839 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Num. measured all: 7765 / Num. unique obs: 3430 / CC1/2: 0.578 / Rpim(I) all: 0.616 / Rrim(I) all: 0.975 / Net I/σ(I) obs: 1.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→29.74 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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