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万見
- PDB-8vld: Crystal structure of Ash1L PHD finger in complex with histone H3K4me2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vld
タイトルCrystal structure of Ash1L PHD finger in complex with histone H3K4me2
要素
  • Histone H3.3C
  • Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
キーワードTRANSFERASE / Ash1L / H3K4me2 / zinc finger / transcriptional regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity ...uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / flagellated sperm motility / histone H3K4 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / nucleosomal DNA binding / negative regulation of acute inflammatory response / decidualization / bicellular tight junction / single fertilization / negative regulation of MAPK cascade / skeletal system development / post-embryonic development / euchromatin / PKMTs methylate histone lysines / structural constituent of chromatin / nucleosome / MAPK cascade / chromosome / positive regulation of cell growth / methylation / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Bromo adjacent homology domain ...ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3C / Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Vann, K.R. / Kutateladze, T.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure-function relationship of ASH1L and histone H3K36 and H3K4 methylation.
著者: Vann, K.R. / Sharma, R. / Hsu, C.C. / Devoucoux, M. / Tencer, A.H. / Zeng, L. / Lin, K. / Zhu, L. / Li, Q. / Lachance, C. / Ospina, R.R. / Tong, Q. / Cheung, K.L. / Yang, S. / Biswas, S. / ...著者: Vann, K.R. / Sharma, R. / Hsu, C.C. / Devoucoux, M. / Tencer, A.H. / Zeng, L. / Lin, K. / Zhu, L. / Li, Q. / Lachance, C. / Ospina, R.R. / Tong, Q. / Cheung, K.L. / Yang, S. / Biswas, S. / Xuan, H. / Gatchalian, J. / Alamillo, L. / Wang, J. / Jang, S.M. / Klein, B.J. / Lu, Y. / Ernst, P. / Strahl, B.D. / Rothbart, S.B. / Walsh, M.J. / Cleary, M.L. / Cote, J. / Shi, X. / Zhou, M.M. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
B: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
T: Histone H3.3C
P: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7608
ポリマ－15,4984
非ポリマー2624
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.960, 49.960, 46.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L


分子量: 6470.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR48
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.3C / Histone H3.5


分子量: 1278.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synpeptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NXT2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium citrate pH 6.5 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→35.33 Å / Num. obs: 16874 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 23.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 12.3 / Num. unique obs: 849

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→35.33 Å / SU ML: 0.1573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 33.6808
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 836 4.95 %
Rwork0.2007 16038 -
obs0.2034 16874 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→35.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数928 0 4 93 1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91111282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1123136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-2.040.32351200.2552579X-RAY DIFFRACTION95.95
2.04-2.20.28951470.22572720X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.420.2441420.20172674X-RAY DIFFRACTION99.93
2.42-2.770.28561420.2722677X-RAY DIFFRACTION99.89
2.77-3.490.2171420.2022691X-RAY DIFFRACTION99.96
3.49-35.330.23541430.15782697X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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