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- PDB-8vlb: Crystal structure of EloBC-VHL-CDO1 complex bound to compound 4 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vlb
タイトルCrystal structure of EloBC-VHL-CDO1 complex bound to compound 4 molecular glue
要素
  • Cysteine dioxygenase type 1
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードAPOPTOSIS / VHL / CDO1 / VHL-small molecule-CDO1 ternary complex / degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur amino acid biosynthetic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / regulation of cellular response to hypoxia / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT ...sulfur amino acid biosynthetic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / regulation of cellular response to hypoxia / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / response to glucagon / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / nickel cation binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / response to amino acid / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / response to glucocorticoid / negative regulation of TORC1 signaling / response to cAMP / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / lactation / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / response to ethanol / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain ...Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / RmlC-like cupin domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3JF / CITRIC ACID / : / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B / Cysteine dioxygenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shu, W. / Ma, X. / Tutter, A. / Buckley, D. / Golosov, A. / Michaud, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A small molecule VHL molecular glue degrader for cysteine dioxygenase 1
著者: Tutter, A. / Buckley, D. / Golosov, A. / Ma, X. / Shu, W. / Michaud, G.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: Cysteine dioxygenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4857
ポリマ－65,7644
非ポリマー7213
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.440, 178.116, 104.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18712.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO / CDO-I


分子量: 23060.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16878, cysteine dioxygenase

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非ポリマー , 4種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-3JF / N-acetyl-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)benzyl]-L-prolinamide


分子量: 472.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.05 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 6.5, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→97.46 Å / Num. obs: 23239 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.397 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3885 / CC1/2: 0.411 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→58.22 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1181 5.09 %
Rwork0.208 --
obs0.2105 23190 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→58.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 47 5 4348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8336043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1223017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.0320.42561530.3822811X-RAY DIFFRACTION100
3.032-3.19190.36641560.32842842X-RAY DIFFRACTION100
3.1919-3.39180.30811640.28272859X-RAY DIFFRACTION100
3.3918-3.65370.33241330.24842258X-RAY DIFFRACTION82
3.6537-4.02130.26581330.2052396X-RAY DIFFRACTION87
4.0213-4.60290.19891390.16712889X-RAY DIFFRACTION100
4.6029-5.79840.21321520.17262923X-RAY DIFFRACTION100
5.7984-58.220.24391510.18683031X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12560.1552-0.05980.046-0.09350.07520.5259-0.5831.06270.51350.17150.5338-0.7702-0.3883-0.00410.88240.03780.1520.688-0.07260.976669.217256.179616.5856
20.49540.10170.23790.0634-0.14540.71470.0071-0.1306-0.4506-0.18270.2853-1.4415-0.12450.54310.020.6096-0.1796-0.02630.4589-0.08630.635665.254138.992225.5405
31.38570.0639-0.09610.2049-0.4051.62440.133-0.0117-0.0649-0.09430.1554-0.1756-0.08560.2958-0.00080.5577-0.03680.03890.4741-0.00180.557470.368241.297517.6766
40.29660.5982-0.02661.1069-0.86660.9913-0.15620.2762-0.19190.60980.40550.50810.4372-0.09760.0030.65520.13610.01060.6769-0.0730.571762.638140.88615.8969
50.0034-0.69610.78290.3475-0.42470.6220.3322-0.166-0.2346-0.2978-0.38740.1543-0.7028-0.4622-0.00230.6611-0.0521-0.02070.4896-0.10380.645260.163433.458613.1209
60.2070.12190.06250.37730.22930.1503-0.05740.0936-0.1163-0.01640.2507-1.0284-0.4442-0.010.00140.88240.06520.05081.0747-0.12170.784867.544426.1818-7.2191
70.48980.05710.58950.0846-0.160.88670.0581-0.08890.155-0.8790.36670.8093-0.12571.7004-0.00221.0358-0.0010.05060.79960.19780.738961.082548.02183.7383
80.826-0.32360.18360.7898-0.34760.17640.0296-0.459-0.03720.2142-0.42540.5760.3947-0.39210.00030.7719-0.11060.10290.7584-0.20790.865836.674212.752213.0816
90.4256-0.1384-0.26770.34610.39230.3740.259-0.0434-0.60130.9076-0.25370.80650.5927-0.66440.00481.1363-0.12450.15330.87690.03321.036934.78994.152316.9844
100.50560.0897-0.52390.5825-0.46920.46790.0839-0.45-0.47290.6028-0.2103-0.30730.3267-0.2058-0.00040.8441-0.14020.04240.5616-0.04480.921739.33376.09612.1041
110.09360.3583-0.13150.16880.3288-0.25530.10010.5123-0.665-0.4276-0.0554-0.33790.78820.3519-0.00140.75330.12790.06940.8506-0.06071.081959.01579.1648-2.4911
120.18550.1567-0.00590.2365-0.28650.25150.17860.4067-0.54560.2391-0.78130.95410.2364-0.5074-0.00110.8334-0.0685-0.03020.7419-0.09770.840139.122115.779-1.7715
130.04870.2807-0.09010.3203-0.17560.35210.09850.11630.11930.11270.06110.85320.0244-0.5294-0.00090.67350.0807-0.1030.5677-0.1370.708739.699425.5990.0378
140.13270.2783-0.16440.5726-0.18390.43610.5090.6893-0.0888-0.8965-0.32610.48440.0172-0.6632-0.00520.73480.1271-0.09990.9553-0.08350.915835.341121.8366-7.603
150.98190.3707-0.2662-0.04270.02140.5591-0.337-0.11580.00460.02820.26150.1719-0.08060.21220.00010.69360.0818-0.05860.5155-0.10550.722350.917623.44089.0364
160.1050.0592-0.0473-0.0086-0.11740.2658-0.32431.5002-0.20810.0644-0.372-0.2858-0.6302-0.46420.00160.68590.133-0.02510.7575-0.08840.724755.077621.5245-3.8575
17-0.01490.12740.08310.20250.07750.27810.040.70550.26-0.43960.17650.5177-0.08170.38670.00010.8696-0.13720.03280.5976-0.02760.632494.673563.119315.7359
180.0319-0.04870.06760.0775-0.17590.19340.45450.34230.4960.6253-0.44880.194-0.54190.2198-0.00271.0874-0.360.07140.9401-0.11180.8823101.56161.506423.4499
191.04870.15590.41420.1406-0.06950.24340.50630.1676-0.16380.1878-0.20810.8687-0.2120.40090.00320.7431-0.13450.01030.7417-0.05040.86283.00448.296919.6103
200.2512-0.14870.0190.1675-0.11760.01950.5532-0.0898-0.0428-0.1039-0.0120.0245-0.18170.64730.00140.5657-0.14540.08760.9904-0.0370.609894.030748.003216.487
210.14320.0650.0063-0.11640.24520.34650.57870.6337-0.72740.17740.1885-0.79040.37540.6686-0.00160.71060.056-0.05971.4831-0.01771.334795.988841.461128.3139
220.17990.0424-0.07920.13480.42610.43440.1809-1.913-0.33240.449-0.0440.2079-0.61220.15470.00370.7497-0.0602-0.02551.3775-0.08160.753492.817449.981330.2774
230.54590.0578-0.0041.42080.52260.1426-0.93351.98890.1302-0.5382-0.8335-0.56540.0865-0.29770.06280.89170.0454-0.36621.57880.24041.2202106.757135.649940.3963
240.45820.36910.29610.21270.18990.1553-0.1318-1.47440.16031.43740.71810.3799-1.38020.57780.08421.259-0.15960.03541.22040.09290.687893.425652.391834.7693
251.3581-0.8397-0.69971.98740.42640.65890.2132-0.8646-0.35250.461-0.0709-0.38770.1840.10560.53440.8165-0.1573-0.14751.2194-0.01210.73196.893741.590928.9425
260.80970.34050.04250.609-0.16520.3128-1.15991.0568-0.1135-1.04190.60280.07541.2205-0.2153-0.01771.0526-0.18560.09081.1633-0.18930.867289.448740.174512.5864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 61 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 141 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 142 through 167 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 193 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 194 through 208 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 35 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 36 through 60 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 90 through 104 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 17 through 27 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 28 through 47 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 48 through 66 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 67 through 96 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 97 through 112 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 6 through 24 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 25 through 39 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 40 through 58 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 59 through 77 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 78 through 91 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 92 through 107 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 108 through 118 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 119 through 133 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 134 through 178 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 179 through 190 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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