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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vka | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyltransferase, NMT) bound to myristoyl-CoA and inhibitor 9c | |||||||||
![]() | Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Enzyme / Inhibitor / Complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Phan, I.Q. / Early, J. / Myler, P.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Exploring Subsite Selectivity within Plasmodium vivax N -Myristoyltransferase Using Pyrazole-Derived Inhibitors. 著者: Rodriguez-Hernandez, D. / Fenwick, M.K. / Zigweid, R. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Sunnerhagen, P. / Kaushansky, A. / Staker, B.L. / Grotli, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 927 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vkbC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 45100.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PVX_085815 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 988分子 ![](data/chem/img/MYA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 479.532 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 化合物 | ChemComp-P33 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 20% PEG 8000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→48.43 Å / Num. obs: 81680 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.65 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 375036 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.01 Å / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.988 / Num. measured all: 20997 / Num. unique obs: 4587 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 1.1 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→44.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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