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Yorodumi- PDB-8vkb: Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecano... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vkb | |||||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyltransferase, NMT) bound to myristoyl-CoA and inhibitor 10b | |||||||||
Components | Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Enzyme / Inhibitor / Complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Plasmodium vivax Sal-1 (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43 Å | |||||||||
Authors | Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Phan, I.Q. / Early, J. / Myler, P.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2024 Title: Exploring Subsite Selectivity within Plasmodium vivax N -Myristoyltransferase Using Pyrazole-Derived Inhibitors. Authors: Rodriguez-Hernandez, D. / Fenwick, M.K. / Zigweid, R. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Sunnerhagen, P. / Kaushansky, A. / Staker, B.L. / Grotli, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8vkb.cif.gz | 877.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8vkb.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8vkb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8vkaC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 45100.566 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium vivax Sal-1 (eukaryote) / Gene: PVX_085815 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A5K1A2 |
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-Non-polymers , 7 types, 649 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | Mass: 540.656 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Formula: C31H36N6O3 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-1PE / | #7: Chemical | ChemComp-P6G / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 20% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1.00004 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→48.13 Å / Num. obs: 46174 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 28.46 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.59 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 166469 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.52 Å / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Num. measured all: 16760 / Num. unique obs: 4540 / CC1/2: 0.559 / Rpim(I) all: 0.424 / Rrim(I) all: 0.82 / Χ2: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43→48.13 Å / SU ML: 0.2979 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.5578 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.43→48.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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