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Yorodumi- PDB-8vka: Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecano... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vka | |||||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyltransferase, NMT) bound to myristoyl-CoA and inhibitor 9c | |||||||||
Components | Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Enzyme / Inhibitor / Complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Plasmodium vivax Sal-1 (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97 Å | |||||||||
Authors | Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Phan, I.Q. / Early, J. / Myler, P.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2024 Title: Exploring Subsite Selectivity within Plasmodium vivax N -Myristoyltransferase Using Pyrazole-Derived Inhibitors. Authors: Rodriguez-Hernandez, D. / Fenwick, M.K. / Zigweid, R. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Sunnerhagen, P. / Kaushansky, A. / Staker, B.L. / Grotli, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8vka.cif.gz | 927 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8vka.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8vka.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8vka_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8vka_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 8vka_validation.xml.gz | 56.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8vka_validation.cif.gz | 82.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vka | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8vkbC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 45100.566 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium vivax Sal-1 (eukaryote) / Gene: PVX_085815 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A5K1A2 |
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-Non-polymers , 8 types, 988 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | Mass: 479.532 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H29N7O4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Chemical | ChemComp-P33 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 20% PEG 8000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1.00003 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→48.43 Å / Num. obs: 81680 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.65 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 375036 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.01 Å / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.988 / Num. measured all: 20997 / Num. unique obs: 4587 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 1.1 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97→44.87 Å / SU ML: 0.212 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.0647 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→44.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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