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- PDB-8vjv: Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vjv
タイトルStructure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) peptide
要素
  • Dynorphin A(1-8)
  • Neurolysin, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase / bioactive peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / opioid receptor binding / opioid peptide activity / Opioid Signalling / peptide metabolic process / sensory perception / regulation of gluconeogenesis / neuronal dense core vesicle / neuropeptide signaling pathway ...neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / opioid receptor binding / opioid peptide activity / Opioid Signalling / peptide metabolic process / sensory perception / regulation of gluconeogenesis / neuronal dense core vesicle / neuropeptide signaling pathway / axon terminus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Peptide ligand-binding receptors / peptide binding / G-protein activation / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / dendrite / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proenkephalin B / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, domain 2 / Opioid neuropeptide precursor / Vertebrate endogenous opioids neuropeptide / Endogenous opioids neuropeptides precursors signature. / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase family M3 / Peptidase M3A/M3B / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Proenkephalin-B / Neurolysin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS106879 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118047 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Structural basis of divergent substrate recognition and inhibition of human neurolysin.
著者: Shi, K. / Bagchi, S. / Bickel, J. / Esfahani, S.H. / Yin, L. / Cheng, T. / Karamyan, V.T. / Aihara, H.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurolysin, mitochondrial
D: Dynorphin A(1-8)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8837
ポリマ－77,5962
非ポリマー2875
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.168, 60.116, 95.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Neurolysin, mitochondrial / Angiotensin-binding protein / Microsomal endopeptidase / MEP / Mitochondrial oligopeptidase M / ...Angiotensin-binding protein / Microsomal endopeptidase / MEP / Mitochondrial oligopeptidase M / Neurotensin endopeptidase


分子量: 76612.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLN, AGTBP, KIAA1226 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYT8, neurolysin
#2: タンパク質・ペプチド Dynorphin A(1-8)


分子量: 983.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01213

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非ポリマー , 4種, 83分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→95.734 Å / Num. obs: 42142 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 44.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.123→2.244 Å / % possible obs: 29.2 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 2.326 / Num. measured all: 19296 / Num. unique obs: 2090 / Rpim(I) all: 0.798 / Rrim(I) all: 2.462 / Net I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→95.73 Å / SU ML: 0.2926 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.5873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 2075 4.92 %
Rwork0.2131 40060 -
obs0.2148 42135 88.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→95.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5413 0 14 78 5505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00135553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39977479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0357812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.01162098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.170.2806160.3024236X-RAY DIFFRACTION8.1
2.17-2.230.3635640.30911137X-RAY DIFFRACTION38.42
2.23-2.290.34031310.31032514X-RAY DIFFRACTION85.32
2.29-2.350.34491690.30342879X-RAY DIFFRACTION97.72
2.35-2.430.31991600.28452966X-RAY DIFFRACTION99.87
2.43-2.520.31341450.27732990X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.620.2841410.26082989X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.740.27071660.25652982X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.880.30781770.26092965X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.060.30131490.28592992X-RAY DIFFRACTION99.87
3.06-3.30.31071670.26253001X-RAY DIFFRACTION99.72
3.3-3.630.28081510.21933007X-RAY DIFFRACTION99.91
3.63-4.160.20111450.18483068X-RAY DIFFRACTION99.94
4.16-5.240.20141490.15163083X-RAY DIFFRACTION99.91
5.24-95.730.17721450.1643251X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.2676711611 Å / Origin y: 20.4288545976 Å / Origin z: 21.9531939088 Å
111213212223313233
T0.328098295817 Å2-0.0385271073213 Å20.0107298123101 Å2-0.325649715639 Å2-0.02060884951 Å2--0.314385106766 Å2
L1.19094120262 °2-0.352376634302 °20.232493521637 °2-1.0739660739 °2-0.142065350117 °2--0.503715165814 °2
S0.0568927025675 Å °0.0582411895499 Å °-0.053238970237 Å °0.114359127098 Å °-0.090488979684 Å °-0.0094088443435 Å °-0.00289456456801 Å °-0.0201188346677 Å °0.029636661172 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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