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万見
- PDB-8vij: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vij
タイトルCrystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin Y34F C51S C71S variant (cyanomet)
要素Group 1 truncated hemoglobin
キーワードHEME-BINDING PROTEIN / GLOBIN / 2/2 HEMOGLOBIN / HEME BINDING PROTEIN / PSYCHROPIEZOPHILE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen transport / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Group 1 truncated hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella benthica KT99 (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Lecomte, J.T.J. / Schlessman, J.L. / Martinez, J.E. / Schultz, T.D. / Siegler, M.A. / DelCampo, M. / Le Magueres, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2003950 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin Y34F C51S C71S variant in the cyanomet state
著者: Lecomte, J.T.J.
履歴
登録2024年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group 1 truncated hemoglobin
B: Group 1 truncated hemoglobin
C: Group 1 truncated hemoglobin
D: Group 1 truncated hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,86012
ポリマ－51,2904
非ポリマー2,5708
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10860 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.464, 105.154, 151.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Group 1 truncated hemoglobin


分子量: 12822.427 Da / 分子数: 4 / 変異: Y34F, C51S, C71S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella benthica KT99 (バクテリア)
株: KT99 / 遺伝子: KT99_16901 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DF82
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 23% PEG MME 2000, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 10 mM KCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Temperature oscillated and increased to about 105 K first and then 110 K in the last quarter of the experiment.
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-Arc 100 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月3日
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax DW optics (confocal multilayer)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→18.97 Å / Num. obs: 97066 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 7.83 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / Num. unique obs: 9662 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5072精密化
CrysalisProCrysAlisPro 42.64aデータスケーリング
PHASER1.21rc1_5072位相決定
CrysalisProCrysAlisPro 42.64aデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→16.97 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 1997 2.06 %
Rwork0.163 --
obs0.1638 96952 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→16.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3588 0 180 422 4190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.785825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.831731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.380.21971410.19876680X-RAY DIFFRACTION98
1.38-1.420.2421390.17536639X-RAY DIFFRACTION99
1.42-1.460.21691420.16036717X-RAY DIFFRACTION99
1.46-1.510.20631410.14776739X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.560.19571420.14126726X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.630.19851440.13846834X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.70.17951430.14076764X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.790.19171420.14536774X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.90.18541430.15676816X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.050.20871440.15576834X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.250.1971440.1586845X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.580.22311400.16956664X-RAY DIFFRACTION96
2.58-3.250.19231380.18366628X-RAY DIFFRACTION95
3.25-16.970.19711540.17017295X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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