PDB-8vhb: Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vhb

タイトル

Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Alpha-Ketoglutarate

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADPH regeneration / NADP+ metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Mealka, M. / Sohl, C.D. / Huxford, T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Active site remodeling in tumor-relevant IDH1 mutants drives distinct kinetic features and potential resistance mechanisms.
著者: Mealka, M. / Sierra, N.A. / Avellaneda Matteo, D. / Albekioni, E. / Khoury, R. / Mai, T. / Conley, B.M. / Coleman, N.J. / Sabo, K.A. / Komives, E.A. / Bobkov, A.A. / Cooksy, A.L. / Silletti, ...

履歴

登録	2023年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vhb.cif.gz	841.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vhb.ent.gz	577.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vhb_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vhb_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8vhb_validation.xml.gz	76.2 KB	表示
CIF形式データ	8vhb_validation.cif.gz	106.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vh9C 8vhaC 8vhcC 8vhdC 8vheC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (7)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer
99.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.404, 105.807, 109.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 48500.117 Da / 分子数: 4 / 変異: R132Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

#1: タンパク質

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...

分子量: 48500.117 Da / 分子数: 4 / 変異: R132Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 9種, 1109分子

#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-EE1 / (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid / NADPH with ketoglutarate adduct 分子量: 889.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₄N₇O₂₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 200mM NaSCN and 21%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→39.63 Å / Num. obs: 148142 / % possible obs: 97.12 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.71
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / Num. unique obs: 14617 / CC_1/2: 0.778

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→39.63 Å / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	7516	5.07 %
R_work	0.1673	140626	-
obs	0.1693	148142	97.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→39.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13074	0	324	1071	14469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9116	18628
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0581	2000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	2361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.9236	1859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.91	0.3659	248	0.3028	4467	X-RAY DIFFRACTION	93.24
1.91-1.93	0.3033	254	0.2668	4699	X-RAY DIFFRACTION	97.06
1.93-1.96	0.318	247	0.2399	4686	X-RAY DIFFRACTION	97.28
1.96-1.98	0.2939	231	0.2239	4655	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.98-2.01	0.2487	252	0.2164	4680	X-RAY DIFFRACTION	96.65
2.01-2.03	0.2556	273	0.2023	4613	X-RAY DIFFRACTION	96.5
2.03-2.06	0.2383	223	0.2028	4405	X-RAY DIFFRACTION	91.16
2.06-2.09	0.2474	230	0.1961	4660	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.09-2.13	0.2454	246	0.1908	4710	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.13-2.16	0.2384	237	0.1944	4755	X-RAY DIFFRACTION	98.02
2.16-2.2	0.2341	238	0.1971	4706	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.2-2.24	0.2571	244	0.1949	4767	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.24-2.28	0.2315	246	0.1771	4718	X-RAY DIFFRACTION	97.52
2.28-2.33	0.2231	260	0.1764	4681	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.33-2.38	0.2312	284	0.1823	4687	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.38-2.44	0.2525	263	0.1807	4676	X-RAY DIFFRACTION	97.44
2.44-2.5	0.2364	188	0.1822	4547	X-RAY DIFFRACTION	92.82
2.5-2.56	0.2395	261	0.1826	4675	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.56-2.64	0.2279	241	0.1808	4765	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.64-2.72	0.2159	245	0.1791	4754	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.72-2.82	0.2449	263	0.1838	4734	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.82-2.93	0.2326	256	0.1817	4741	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.93-3.07	0.2083	293	0.1706	4708	X-RAY DIFFRACTION	98.44
3.07-3.23	0.2001	232	0.1682	4630	X-RAY DIFFRACTION	95.05
3.23-3.43	0.2179	242	0.1625	4700	X-RAY DIFFRACTION	96.98
3.43-3.7	0.1991	254	0.153	4811	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.7-4.07	0.1545	253	0.1402	4814	X-RAY DIFFRACTION	98.79
4.07-4.66	0.1515	264	0.12	4737	X-RAY DIFFRACTION	97.73
4.66-5.86	0.1655	282	0.1424	4669	X-RAY DIFFRACTION	96.14
5.86-39.63	0.1695	266	0.1519	4776	X-RAY DIFFRACTION	96.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.13261585432	0.0118006442018	1.40009313882	1.91006048864	0.0805046726573	4.87661841993	-0.0501763401119	0.169326535097	0.0076525419442	-0.270378302832	-0.0227369077304	-0.561512926697	-0.180356567931	0.327871860606	0.0892341422954	0.233820327694	-0.0126969085741	0.107495749106	0.2217992534	0.0177459555485	0.494705195635	39.073	-18.375	6.556
2	0.977483110792	0.0442128679001	0.22106210405	0.650860932335	-0.103565370415	1.55438037981	-0.0371597247956	-0.0850464681308	-0.078884690143	-0.0856169377699	0.0599753257543	-0.0806330360895	0.114978865354	0.0461870279154	-0.0272279060372	0.176857666105	-0.000629691488133	0.0100349824013	0.117289033442	-0.0121838968381	0.198947124252	13.631	-29.393	8.988
3	2.18945881534	-0.56308565926	-0.0490410443179	2.79634144316	0.629251732922	1.85333202626	-0.0336308775085	-0.258777896897	0.0870325940466	0.120872299778	-0.0313055833131	-0.451949295741	-0.094639868851	0.118038813686	0.0749849666214	0.170644568551	-0.00812725564872	-0.0676576473627	0.238318093895	-0.00324102978054	0.366769189515	34.236	-14.265	22.32
4	1.78202076791	0.173611534923	-0.291648256146	1.02459512018	-0.112210927478	1.50897091345	-0.0444647274134	0.114603855691	-0.161438756349	-0.178877666546	0.0620238139212	0.152129649326	0.263314637165	-0.142649764692	-0.0297037451371	0.252912994316	-0.0129701085063	-0.0396538019573	0.123864258768	-0.00381076512321	0.233631763509	-15.051	-18.807	8.953
5	1.0723809846	-0.118951519071	-0.546966614861	1.2771547955	0.296511842983	1.61581533827	0.00447567294121	0.0690722145016	0.121061080903	-0.195982935105	0.0823642453339	-0.10722782688	-0.137881961216	-0.0121190899616	-0.0805984183047	0.202894277064	-0.0314161432273	0.00780418586603	0.120397608655	0.00243017333865	0.198953856773	8.562	-13.551	-1.643
6	1.48963374702	0.00876538785179	-0.00384233578673	0.978069243028	-0.358290042873	2.7866125957	0.0336704135479	-0.130059436654	0.0145361233451	0.0731655734999	0.0465142257698	0.151750806788	-0.0595291169081	-0.084807769932	-0.0729979735548	0.144633981974	-0.0113429196764	-0.000971168135367	0.111398533602	-0.00178837328927	0.207915216608	-14.866	-12.589	21.071
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:94 )	A	2 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 95:285 )	A	95 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 286:411 )	A	286 - 411
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 2:133 )	B	2 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 134:284 )	B	134 - 284
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 285:413 )	B	285 - 413
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID -9:29 )	C	-9 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 30:94 )	C	30 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 95:133 )	C	95 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 134:284 )	C	134 - 284
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 285:409 )	C	285 - 409
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 0:67 )	D	0 - 67
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 68:133 )	D	68 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 134:260 )	D	134 - 260
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 261:393 )	D	261 - 393
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 394:412 )	D	394 - 412

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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