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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vgz | ||||||
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タイトル | Influenza PA-N Endonuclease E23K Mutant (amino acids 52-74 truncation) | ||||||
要素 | Protein PA-X | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Influenza endonuclease / resistance / drug discovery / metal-binding pharmacophore | ||||||
機能・相同性 | Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / viral RNA genome replication / RNA binding / metal ion binding / : / Protein PA-X 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Kohlbrand, A.J. / Cohen, S.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024 タイトル: Structural Studies of Inhibitors with Clinically Relevant Influenza Endonuclease Variants. 著者: Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Sankaran, B. / Cohen, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vgz.cif.gz | 105.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vgz.ent.gz | 66.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vgz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vgz_validation.pdf.gz | 425.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vgz_full_validation.pdf.gz | 425.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vgz_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vgz_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20761.744 Da / 分子数: 1 / 変異: E23K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PA-X / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5J6VBC3 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% PEG4000, 100 mM Tris, pH 8.35, 200-220 mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→65.08 Å / Num. obs: 19860 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 47.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.17 Å / Num. unique obs: 1198 / CC1/2: 0.173 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→65.08 Å / SU ML: 0.6149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.0523 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→65.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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