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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t67 | ||||||
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タイトル | Influenza PA-N Endonuclease I38T Mutant (amino acids 52-74 truncation) | ||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE / Influenza endonuclease / resistance / drug discovery / metal-binding pharmacophore | ||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kohlbrand, A.J. / Cohen, S.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Studies of Inhibitors with Clinically Relevant Influenza Endonuclease Variants. 著者: Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Sankaran, B. / Cohen, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22412.494 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 変異: I38T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/California/04/2009(H1N1) / 遺伝子: PA / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 % |
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結晶化 | 温度: 306 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 32% PEG (MW 4000 g/mol), 100 mM Tris (pH 8.35), and 220 mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→64.62 Å / Num. obs: 22347 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 48.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.13 Å / Num. unique obs: 1068 / CC1/2: 0.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→64.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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