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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vgr | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 5-12-18 | ||||||
![]() | Capsid protein | ||||||
![]() | VIRUS / virion capsid / capsid protein / Tulane virus | ||||||
機能・相同性 | Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Capsid protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Sun, C. / Jiang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The 2.6 Å Structure of a Tulane Virus Variant with Minor Mutations Leading to Receptor Change. 著者: Chen Sun / Pengwei Huang / Xueyong Xu / Frank S Vago / Kunpeng Li / Thomas Klose / Xi Jason Jiang / Wen Jiang / ![]() 要旨: Human noroviruses (HuNoVs) are a major cause of acute gastroenteritis, contributing significantly to annual foodborne illness cases. However, studying these viruses has been challenging due to ...Human noroviruses (HuNoVs) are a major cause of acute gastroenteritis, contributing significantly to annual foodborne illness cases. However, studying these viruses has been challenging due to limitations in tissue culture techniques for over four decades. Tulane virus (TV) has emerged as a crucial surrogate for HuNoVs due to its close resemblance in amino acid composition and the availability of a robust cell culture system. Initially isolated from rhesus macaques in 2008, TV represents a novel belonging to the genus. Its significance lies in sharing the same host cell receptor, histo-blood group antigen (HBGA), as HuNoVs. In this study, we introduce, through cryo-electron microscopy (cryo-EM), the structure of a specific TV variant (the 9-6-17 TV) that has notably lost its ability to bind to its receptor, B-type HBGA-a finding confirmed using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). These results offer a profound insight into the genetic modifications occurring in TV that are necessary for adaptation to cell culture environments. This research significantly contributes to advancing our understanding of the genetic changes that are pivotal to successful adaptation, shedding light on fundamental aspects of evolution. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 544 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 456.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43222MC ![]() 8vjrC ![]() 8vjsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57933.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tulane virus / タイプ: VIRUS 詳細: The Tulane virus was purified from the LLC-MK2 cell line. Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 57 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Macaca mulatta |
ウイルス殻 | 直径: 400 nm |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified virus |
試料支持 | 詳細: Lacey grid coated with graphene oxide / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 23 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 969 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 35 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11645 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8VG6![]() 8vg6 Accession code: 8VG6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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