PDB-8vgf: Crystal structure of an engineered conformationally rigid anti-Tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vgf

タイトル

Crystal structure of an engineered conformationally rigid anti-Tryptase Fab variant E104.v1.5DS

要素

Fab E104.v1.5DS heavy chain
Fab E104.v1.5DS light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / fab / protein engineering / tryptase

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Kung, J.E. / Sudhamsu, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Disulfi de constrained Fabs overcome target size limitation for high-resolution single-particle cryo-EM.
著者: Jennifer E Kung / Matthew C Johnson / Christine C Jao / Christopher P Arthur / Dimitry Tegunov / Alexis Rohou / Jawahar Sudhamsu /

要旨: High-resolution structures of proteins are critical to understanding molecular mechanisms of biological processes and in the discovery of therapeutic molecules. Cryo-EM has revolutionized structure ...

履歴

登録	2023年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vgf.cif.gz	186.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vgf.ent.gz	146.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/8vgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43200C 43201C 43202C 43203C 43204C 43205C 43206C 43207C 43208C 43209C 43210C 43211C 43212C 43213C 43214C 43215C 43216C 43217C 43218C 43219C 43220C 43221C 8vegC 8vgeC 8vggC 8vghC 8vgiC 8vgjC 8vgkC 8vglC 8vgmC 8vgnC 8vgoC 8vgpC 8vgqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab E104.v1.5DS light chain

H: Fab E104.v1.5DS heavy chain

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.519, 115.519, 136.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: 抗体	Fab E104.v1.5DS light chain 分子量: 23559.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab E104.v1.5DS heavy chain 分子量: 25355.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.5, 26% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→36.44 Å / Num. obs: 30237 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 15.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.1421 / Net I/σ(I): 15.14
反射シェル	解像度: 2.14→2.216 Å / Num. unique obs: 43369 / CC_1/2: 0.891 / R_sym value: 1.208 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHENIX	1.20rc3-4406_final	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.14→36.44 Å / SU ML: 0.2525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.2784
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	2000	6.62 %
R_work	0.1791	28229	-
obs	0.1817	30229	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→36.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3206	0	0	243	3449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0113	3297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2777	4491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0772	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0128	566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.982	1180

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.19	0.3291	139	0.248	1961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2817	140	0.2411	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.32	0.3019	140	0.2333	1984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.2828	141	0.2318	1978	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.39-2.48	0.2383	140	0.2105	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.58	0.264	141	0.199	1994	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.58-2.7	0.2513	141	0.1929	1984	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.7-2.84	0.2532	141	0.1913	1992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.02	0.2185	142	0.2013	2011	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.02-3.25	0.2644	143	0.1851	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.57	0.2026	143	0.1702	2020	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.58-4.09	0.2257	145	0.1644	2036	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-5.15	0.144	148	0.1336	2082	X-RAY DIFFRACTION	100
5.15-36.44	0.2117	156	0.1818	2213	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5918	1.6212	-1.5408	4.429	-3.6474	6.3265	0.0644	0.009	-0.5293	0.1893	-0.2273	0.2984	-0.0227	-0.2663	0.0144	0.2601	0.0737	-0.0276	0.3167	-0.115	0.4183	2.173	-59.884	11.116
2	3.6888	-1.8823	-0.3376	4.3279	0.4406	3.5608	-0.0275	0.0339	-0.3626	0.0058	0.0695	0.719	0.1868	-0.4827	-0.058	0.2402	-0.0008	0.0121	0.3355	-0.0894	0.4888	-8.847	-55.624	8.73
3	6.6604	-2.1523	-2.5232	4.1889	1.2357	2.9468	0.1687	-0.098	-0.1432	0.1787	-0.0082	0.5257	-0.1817	-0.2469	-0.0932	0.2707	-0.0023	0.0359	0.287	-0.0389	0.4499	-4.951	-52.676	11.111
4	4.8848	2.728	-0.5868	3.0849	0.0898	0.888	-0.1081	0.7805	0.1044	-0.3267	0.5052	-0.6296	-0.2627	0.1273	-0.3976	0.4594	-0.0561	0.1978	0.5215	-0.1496	0.5776	24.018	-42.904	1.331
5	2.9921	0.5098	0.1924	2.527	0.5753	1.3236	-0.0777	0.4447	-0.0327	-0.2203	0.5577	-0.8817	-0.1941	0.4044	-0.4047	0.4757	-0.0645	0.1991	0.6617	-0.2233	0.6959	29.601	-41.171	2.161
6	9.434	-0.225	4.1197	4.9443	-1.7522	7.5641	-0.1825	-0.0733	0.7395	-0.1256	0.0053	-0.4534	-0.6579	0.5932	0.1402	0.1905	0.0653	0.0367	0.2265	-0.0423	0.3414	-1.207	-28.133	15.395
7	3.396	-0.306	-0.3214	7.2483	-2.8591	2.2139	-0.0828	-0.1662	0.2624	-0.8741	-0.2766	1.0289	0.248	-1.7153	0.4167	0.4307	0.0733	-0.0712	0.6439	-0.0621	0.438	-13.926	-31.373	6.672
8	5.9104	-1.1146	-1.1704	3.4761	0.8796	2.6397	-0.0544	0.0204	-0.4113	-0.0257	0.0212	0.0482	-0.0846	-0.0285	0.0341	0.2028	0.0467	-0.0137	0.2447	-0.0278	0.2078	-9.513	-36.919	16.778
9	3.7349	0.1425	-0.8901	3.5037	0.126	3.6124	0.4445	0.7469	0.2363	-0.7703	-0.1036	-0.0539	-0.4098	-0.5432	-0.199	0.5507	0.0439	0.016	0.5187	0.0015	0.3843	15.015	-29.366	5.123
10	1.6266	0.22	-2.0914	3.0484	0.9383	8.2981	0.1885	1.1197	0.1827	-0.9273	-0.0618	0.1651	-0.5941	-0.5266	-0.19	0.7452	0.0818	0.0528	0.8705	0.0355	0.3815	15.176	-30.987	-1.354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN L AND RESID 2:18 )	L	2 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN L AND RESID 19:75 )	L	19 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 76:103 )	L	76 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 104:152 )	L	104 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 153:212 )	L	153 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 3:18 )	H	3 - 18
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 19:33 )	H	19 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 34:116 )	H	34 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 117:163 )	H	117 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN H AND RESID 164:218 )	H	164 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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