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- PDB-8vex: Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vex
タイトルCrystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide compound 28
要素
  • Methylosome protein 50
  • Protein arginine N-methyltransferase 5
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / MTAP-null / SAM / MTA / inhibitor / MTA-cooperative / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / E-box binding / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ribonucleoprotein complex binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / liver regeneration / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Whittington, D.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of TNG908: A Selective, Brain Penetrant, MTA-Cooperative PRMT5 Inhibitor That Is Synthetically Lethal with MTAP -Deleted Cancers.
著者: Cottrell, K.M. / Briggs, K.J. / Whittington, D.A. / Jahic, H. / Ali, J.A. / Davis, C.B. / Gong, S. / Gotur, D. / Gu, L. / McCarren, P. / Tonini, M.R. / Tsai, A. / Wilker, E.W. / Yuan, H. / ...著者: Cottrell, K.M. / Briggs, K.J. / Whittington, D.A. / Jahic, H. / Ali, J.A. / Davis, C.B. / Gong, S. / Gotur, D. / Gu, L. / McCarren, P. / Tonini, M.R. / Tsai, A. / Wilker, E.W. / Yuan, H. / Zhang, M. / Zhang, W. / Huang, A. / Maxwell, J.P.
履歴
登録2023年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4557
ポリマ－111,6262
非ポリマー8295
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.470, 136.350, 177.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs


分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質 Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50


分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQA1

-
非ポリマー , 5種, 64分子

#3: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1AAR / N-(6-amino-5-methylpyridin-3-yl)-2-[(2R,5S)-2-(4-hydroxyphenyl)-5-methylpiperidin-1-yl]-2-oxoacetamide


分子量: 368.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 10% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→45.2 Å / Num. obs: 30399 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.79→2.94 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Num. measured all: 28685 / Num. unique obs: 4354 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.829 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.79→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 75.29 / SU ML: 0.571 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26972 1497 4.9 %RANDOM
Rwork0.22641 ---
obs0.22861 28776 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3----6.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7338 0 55 59 7452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0137609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.64610370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1261.57515936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7135928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90122.219401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.581151224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5161548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2934.1233706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2934.1233705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2156.1854630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2156.1854631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1444.2663902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1444.2673903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9826.3545739
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.53347.5338253
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.53247.548254
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.862 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 98 -
Rwork0.458 2082 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0054-0.15930.22132.4498-0.02762.8628-0.0227-0.1341-0.0547-0.00280.003-0.15810.32080.35680.01960.8880.09820.07040.25510.0010.021423.1394-90.9609-18.9003
22.0731-0.7035-1.05692.60451.42672.2220.05890.32270.1887-0.44830.1117-0.6211-0.38840.575-0.17061.1930.01260.09020.45130.05230.191728.5336-72.7933-30.2328
32.17280.59350.87792.65380.73631.5772-0.09610.18710.22-0.0980.0937-0.2451-0.49330.30170.00241.1813-0.11990.04250.24920.01140.061419.6353-36.2884-10.4347
44.01762.13060.58782.80780.47462.1967-0.01550.3459-0.1512-0.22440.10190.1113-0.3590.2332-0.08640.90240.01040.00660.20140.00970.04128.6958-48.0206-21.2386
50.4887-1.3615-1.98067.20817.38069.99490.15970.1579-0.04110.20090.044-0.61120.4949-0.4039-0.20380.9550.20050.04420.64850.03410.598233.5372-112.2334-27.1312
62.1963-1.08730.98152.5734-0.91832.9350.06710.1295-0.141-0.2401-0.0065-0.33770.50770.9221-0.06061.40320.29390.07990.6098-0.09920.192135.2218-104.2164-39.276
71.17551.44750.06521.8191-0.22593.1991-0.25550.27050.0878-0.43750.39260.15810.7296-1.1284-0.13711.39370.1033-0.0350.8264-0.10560.53514.7638-105.9006-46.8831
82.6963-1.08820.17983.2154-0.37711.0017-0.02860.4345-0.4715-0.05370.14650.42310.7840.1366-0.11791.70970.17910.03730.4204-0.08110.298220.0609-118.8804-34.5736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2A163 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3A311 - 522
4X-RAY DIFFRACTION4A523 - 637
5X-RAY DIFFRACTION5B28 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6B56 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7B202 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8B253 - 328

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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