PDB-8veo: Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8veo

タイトル

Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA

要素

Methylosome protein 50
Protein arginine N-methyltransferase 5

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / MTAP-null / SAM / MTA / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / histone H2AQ104 methyltransferase activity / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / histone methyltransferase activity / E-box binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Whittington, D.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of TNG908: A Selective, Brain Penetrant, MTA-Cooperative PRMT5 Inhibitor That Is Synthetically Lethal with MTAP -Deleted Cancers.
著者: Cottrell, K.M. / Briggs, K.J. / Whittington, D.A. / Jahic, H. / Ali, J.A. / Davis, C.B. / Gong, S. / Gotur, D. / Gu, L. / McCarren, P. / Tonini, M.R. / Tsai, A. / Wilker, E.W. / Yuan, H. / ...

履歴

登録	2023年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8veo.cif.gz	384.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8veo.ent.gz	313.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8veo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8veo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8veo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vetC 8veuC 8vewC 8vexC 8veyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 5

B: Methylosome protein 50

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.680, 138.880, 178.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs 分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質	Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50 分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQA1

#1: タンパク質

Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...

分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase

#2: タンパク質

Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50

分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQA1

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#3: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 10% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate (pH 6.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→54.79 Å / Num. obs: 80230 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 539109
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.797 / Num. measured all: 36367 / Num. unique obs: 5690 / CC_1/2: 0.914 / R_pim(I) all: 0.338 / R_rim(I) all: 0.867 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.03→54.79 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2775	4021	5.04 %
R_work	0.2392	-	-
obs	0.2411	79772	97.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→54.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7399	0	80	114	7593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.971	2785
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.05	0.4628	134	0.4476	2522	X-RAY DIFFRACTION	95
2.05-2.08	0.4577	130	0.4314	2511	X-RAY DIFFRACTION	96
2.08-2.11	0.4339	148	0.4254	2537	X-RAY DIFFRACTION	96
2.11-2.13	0.4231	126	0.4372	2570	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.16	0.5085	139	0.4266	2551	X-RAY DIFFRACTION	97
2.16-2.19	0.4585	140	0.43	2558	X-RAY DIFFRACTION	98
2.19-2.23	0.4665	134	0.4118	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.23-2.26	0.3851	124	0.4104	2605	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.3	0.3813	148	0.4132	2556	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3-2.34	0.4414	141	0.3889	2600	X-RAY DIFFRACTION	98
2.34-2.38	0.3784	145	0.3577	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.38-2.43	0.3491	149	0.3585	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
2.43-2.48	0.3544	131	0.3429	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.53	0.3628	145	0.3361	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.59	0.3307	142	0.3238	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.65	0.346	155	0.3074	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.72	0.3599	144	0.2958	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.8	0.3666	147	0.2988	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8-2.89	0.3342	122	0.2946	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-3	0.3596	126	0.3082	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
3-3.12	0.3247	143	0.2767	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
3.12-3.26	0.2853	153	0.2589	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.26-3.43	0.2545	126	0.2476	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
3.43-3.65	0.2815	144	0.2375	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
3.65-3.93	0.2819	143	0.2093	2618	X-RAY DIFFRACTION	98
3.93-4.32	0.2112	126	0.174	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
4.32-4.95	0.1892	152	0.149	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
4.95-6.23	0.1997	140	0.1598	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
6.24-54.79	0.1742	124	0.1568	2816	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.015	-0.0256	-0.0008	0.0267	0.0189	0.0458	-0.0549	-0.1115	-0.0272	-0.1215	0.0206	-0.0151	0.2055	0.1401	-0	0.436	0.125	0.014	0.3996	-0.0339	0.3765	22.9134	-93.5428	-17.7416
2	0.0122	-0.0068	0.0114	0.0641	-0.0044	0.0165	0.0989	0.0324	-0.0048	-0.1842	-0.0528	0.0614	0.0348	0.1132	0.0008	0.3228	0.0942	0.0844	0.368	-0.0172	0.3155	25.896	-77.9356	-32.8302
3	0.0068	0.0005	-0.0046	0.0035	-0.0038	0.0024	0.02	0.0128	-0.0199	0.0289	-0.0038	-0.057	-0.0331	0.1327	-0	0.4412	-0.061	0.0626	0.5131	-0.0321	0.4526	29.8942	-57.0153	-14.4076
4	0.0463	-0.0156	0.0409	0.0416	-0.1227	0.6055	-0.0269	0.0741	-0.1855	0.146	-0.0629	0.0435	-0.7035	0.0708	-0.0313	0.2327	-0.2409	0.1003	0.2697	0.043	0.2338	19.1202	-36.5689	-11.3121
5	0.0294	0.0374	0.1404	0.0378	0.1625	0.6424	-0.0429	0.0643	-0.1509	-0.147	-0.0472	0.0558	-0.2794	-0.0527	-0.0566	0.2033	0.0026	0.0403	0.2851	0.0176	0.3156	8.6517	-49.08	-21.5161
6	0.0042	0.0019	-0.0006	0.0043	-0.0037	0.0041	0.0164	-0.0054	0.0013	-0.0177	-0.0124	-0.0158	0.0065	0.0179	-0.0003	0.8798	0.3267	0.0643	0.6429	-0.046	0.6114	36.0975	-117.6968	-28.1964
7	0.0192	-0.0028	0.0038	0.0289	0.0156	0.0241	-0.042	-0.0097	-0.001	-0.0722	-0.0052	-0.0917	0.2517	0.2027	0	0.7803	0.3436	0.0596	0.6443	-0.0109	0.4956	35.0827	-106.5684	-37.1208
8	-0.0011	-0.0054	-0.0044	0.0115	0.0025	0.0028	0.0348	0.0671	-0.0001	0.0004	-0.0206	0.0231	0.051	-0.0329	0	0.8666	0.1675	0.0213	0.503	-0.0438	0.4686	15.4321	-106.9131	-46.1821
9	0.0024	-0.0042	0.0038	0.0116	-0.0074	0.0042	-0.0288	0.0009	-0.0403	-0.0247	0.0268	-0.013	0.0726	-0.0087	0	1.0712	0.2699	-0.0225	0.4659	-0.0777	0.5201	20.146	-121.367	-34.668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 150 through 277 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 278 through 330 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 331 through 522 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 523 through 637 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 19 through 47 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 48 through 196 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 197 through 259 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 260 through 328 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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