PDB-8vbw: Structure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vbw

タイトル

Structure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its beta-lactam (Ertapenem) inhibited form

要素

Penicillin-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / ANTIBIOTIC / Penicillin Binding Protein 1 / Peptidoglycan Transpeptidase domain / Pedestal domain / MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bon, C.G. / Lee, J. / Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic analysis of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1.
著者: Bon, C.G. / Grigg, J.C. / Lee, J. / Robb, C.S. / Caveney, N.A. / Eltis, L.D. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2023年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vbw.cif.gz	408.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vbw.ent.gz	330.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vbw_validation.pdf.gz	917.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vbw_full_validation.pdf.gz	925.7 KB	表示
XML形式データ	8vbw_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	8vbw_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/8vbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/8vbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vbtC 8vbuC 8vbvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1

B: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.399, 72.717, 90.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1052- HOH

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1 分子量: 66644.258 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 39-608 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcaceae bacterium (バクテリア) 遺伝子: SAOUHSC_01145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q2FZ94
#2: 化合物	ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED 分子量: 477.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18M ammonium citrate, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5211 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5211 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.03 Å / Num. obs: 51028 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 2.687 / Num. unique obs: 4391 / CC_1/2: 0.429 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→46.03 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	2449	4.84 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1945	50582	98.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7746	0	66	314	8126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	10796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.51	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1422

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.7134	128	0.7688	2407	X-RAY DIFFRACTION	84
2.35-2.4	0.4359	136	0.4482	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.45	0.3557	148	0.3185	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.52	0.3567	161	0.2649	2845	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.58	0.2999	140	0.2322	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.66	0.2474	141	0.2285	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.74	0.2651	143	0.2273	2823	X-RAY DIFFRACTION	98
2.75-2.84	0.2867	138	0.2367	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.96	0.3011	150	0.2614	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.09	0.2966	125	0.2308	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.2483	157	0.1974	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.46	0.2621	152	0.193	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
3.46-3.73	0.2202	130	0.1831	2851	X-RAY DIFFRACTION	98
3.73-4.1	0.1956	145	0.1514	2852	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1-4.69	0.1657	143	0.1239	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.91	0.1477	158	0.1372	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-46.03	0.1882	154	0.1613	2968	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8449	-0.8358	-0.5309	0.792	0.8484	1.2162	0.0569	0.0307	0.1262	-0.4292	0.4688	-0.6425	-0.2112	0.6735	-0.4207	0.3923	-0.1025	0.1469	0.6158	-0.182	0.7064	41.1144	-29.3	-10.8493
2	0.8201	-0.1688	-0.3144	0.732	0.1967	1.5817	-0.0586	-0.1119	0.0464	0.1498	0.0055	-0.0566	-0.0322	-0.0684	0.0508	0.3339	-0.0024	-0.0658	0.2742	0.0019	0.2943	10.4238	-19.8307	20.1421
3	1.5099	-0.3202	-0.4294	1.153	0.0209	2.554	-0.0065	-0.1787	0.0271	0.3287	0.0569	-0.0219	-0.152	0.2038	-0.0189	0.3781	-0.0077	-0.1264	0.332	-0.0279	0.3747	19.6956	-12.3987	26.9915
4	1.7408	0.8271	1.4349	1.028	1.3941	2.6662	-0.1346	-0.182	-0.0833	0.2557	0.3087	-0.1988	-0.0502	0.6274	-0.1771	0.4843	0.0228	-0.0906	0.6059	0.0013	0.3777	32.7599	-43.1758	27.4336
5	0.5172	0.3849	0.7663	0.6456	1.116	2.1077	-0.0103	-0.1788	-0.0391	0.263	0.1408	-0.3473	0.0535	0.3061	-0.1512	0.5325	0.051	-0.1255	0.5207	0.0256	0.4628	31.7249	-44.6583	24.1826
6	1.237	1.3646	0.9242	3.5882	0.6597	1.4709	0.0961	-0.248	-0.0054	0.3503	-0.1554	0.202	0.1885	-0.1362	0.0441	0.3389	0.0235	0.0077	0.365	0.0155	0.3739	15.4446	-45.2932	11.4098
7	1.6758	0.4359	0.1024	1.2009	0.2016	1.673	-0.1982	0.3499	-0.1812	-0.3258	0.1328	-0.183	-0.0091	0.037	0.0523	0.3806	-0.0407	0.0989	0.3308	-0.0469	0.3536	20.9959	-51.891	-20.8488
8	1.4136	0.051	-0.5796	0.7802	0.3398	1.9275	-0.163	0.1845	-0.2697	-0.1363	0.0696	-0.1993	0.1035	0.0867	0.084	0.3301	-0.0282	0.0637	0.3071	-0.0455	0.4044	17.4616	-59.2629	-14.8912
9	2.9874	1.2605	-0.9835	2.4055	-1.0323	2.97	-0.1923	0.064	-0.5684	-0.3802	0.0667	-0.5832	0.5118	0.4478	0.0897	0.3684	0.0409	0.0834	0.3707	-0.1094	0.5802	30.5872	-61.8857	-12.2641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 61 through 177 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 178 through 494 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 495 through 590 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 61 through 129 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 130 through 182 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 183 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 246 through 430 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 431 through 548 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 549 through 590 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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