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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vbw | ||||||
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タイトル | Structure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its beta-lactam (Ertapenem) inhibited form | ||||||
要素 | Penicillin-binding protein 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / ANTIBIOTIC (抗生物質) / Penicillin Binding Protein 1 / Peptidoglycan Transpeptidase domain / Pedestal domain / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HYDROLASE-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex (抗生物質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcaceae bacterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Bon, C.G. / Lee, J. / Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural and kinetic analysis of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1. 著者: Bon, C.G. / Grigg, J.C. / Lee, J. / Robb, C.S. / Caveney, N.A. / Eltis, L.D. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vbw.cif.gz | 407.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vbw.ent.gz | 330.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vbw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/8vbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/8vbw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8vbtC 8vbuC 8vbvC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66644.258 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 39-608 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcaceae bacterium (バクテリア) 遺伝子: SAOUHSC_01145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q2FZ94 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18M ammonium citrate, 22% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5211 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5211 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.03 Å / Num. obs: 51028 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.687 / Num. unique obs: 4391 / CC1/2: 0.429 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→46.03 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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