PDB-8vbt: Structure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vbt

タイトル

Structure of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1 in its apo form

要素

Penicillin-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / Penicillin Binding Protein 1 / Peptidoglycan Transpeptidase domain / Pedestal domain / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bon, C.G. / Lee, J. / Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural and kinetic analysis of the monofunctional Staphylococcus aureus PBP1.
著者: Bon, C.G. / Grigg, J.C. / Lee, J. / Robb, C.S. / Caveney, N.A. / Eltis, L.D. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2023年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vbt.cif.gz	401.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vbt.ent.gz	324.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/8vbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/8vbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vbuC 8vbvC 8vbwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1

B: Penicillin-binding protein 1

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.727, 72.180, 86.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-859- HOH
2	1	B-901- HOH

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1 分子量: 66644.258 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 39-608 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcaceae bacterium (バクテリア) 遺伝子: SAOUHSC_01145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q2FZ94
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18M ammonium citrate, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→86.38 Å / Num. obs: 72399 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.974 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4452 / CC_1/2: 0.898 / R_pim(I) all: 0.47 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→86.38 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2727	3543	4.91 %
R_work	0.2349	-	-
obs	0.2368	72099	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→86.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7669	0	0	386	8055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	10622
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.631	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.371	144	0.3142	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.3529	151	0.2889	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.09	0.3449	156	0.2873	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.12	0.3085	142	0.2776	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.3138	148	0.2723	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.3502	155	0.2599	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.2953	143	0.2595	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.3012	148	0.2587	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.3274	145	0.2603	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.3018	118	0.2693	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.43	0.3192	136	0.2646	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.49	0.3098	147	0.2698	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.55	0.3755	147	0.2793	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.63	0.2777	121	0.276	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.71	0.3174	143	0.2567	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.81	0.3002	132	0.2684	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.81-2.92	0.2846	130	0.2762	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-3.06	0.3651	142	0.2601	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.22	0.2726	119	0.2435	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.42	0.2514	150	0.233	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.68	0.2409	135	0.2132	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.05	0.252	149	0.2024	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.64	0.2016	150	0.1847	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.85	0.213	148	0.1867	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
5.85-86.38	0.2212	144	0.1991	2867	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5029	-0.9896	-0.3946	0.7873	0.1192	0.2736	0.0742	0.2498	0.1896	-0.1569	0.0525	-0.2573	-0.0232	0.2147	-0.0991	0.2669	-0.017	0.0591	0.384	-0.0038	0.4129	41.0517	-30.5952	-10.4701
2	1.8207	-1.4383	-0.6463	1.113	0.4987	0.2109	-0.0799	-0.0059	-0.1062	-0.0479	0.0235	-0.2136	-0.0923	0.129	0.0603	0.3742	-0.0229	0.0651	0.44	0.0251	0.5509	42.2645	-30.9627	-11.9556
3	0.6686	-0.14	-0.2132	0.914	0.2783	1.3516	-0.0259	-0.1414	0.1142	0.3018	-0.0498	-0.0414	-0.0059	-0.0528	0.0746	0.2923	-0.0368	-0.031	0.2099	-0.0221	0.2827	10.8666	-20.0959	19.3056
4	1.4981	-0.3828	-0.2	0.9218	-0.0674	1.7979	-0.0217	-0.2841	0.3747	0.5694	-0.1133	-0.1462	-0.2337	0.1161	0.1168	0.51	-0.0678	-0.1161	0.3171	-0.0487	0.3461	19.5035	-12.7505	26.6744
5	1.0057	0.4764	0.6333	0.5995	0.6795	0.7827	-0.1228	-0.3129	-0.1373	0.918	0.1331	-0.1979	0.1977	0.3587	-0.1421	0.6969	0.0144	-0.3102	0.5278	0.018	0.2879	32.7359	-42.7378	27.5171
6	0.6298	0.0561	0.0288	0.807	0.3069	1.3671	0.0267	0.1674	-0.0168	-0.1793	-0.0444	-0.1628	-0.0682	0.0755	0.0213	0.2326	0.0212	0.0451	0.2427	0.0138	0.2634	18.6712	-54.0554	-13.9169
7	1.8502	0.5558	-0.1113	1.3651	0.0297	1.7411	-0.012	0.2794	-0.0897	-0.2981	0.037	-0.1055	0.1162	0.106	0.0086	0.2308	0.0468	0.0502	0.2808	0.006	0.3824	28.9578	-58.6079	-14.8308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 61 through 129 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 130 through 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 494 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 495 through 589 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 61 through 170 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 171 through 518 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 519 through 590 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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