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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v87 | ||||||||||||
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タイトル | 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 post-catalytic structure - Overall map) | ||||||||||||
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![]() | Ribosome/RNA / Ribosome biogenesis / intermediate DEAD-box ATPase / Ribosome-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / snoRNA release from pre-rRNA / Noc2p-Noc3p complex / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity ...25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / snoRNA release from pre-rRNA / Noc2p-Noc3p complex / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / intracellular mRNA localization / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / nuclear pre-replicative complex / tRNA methylation / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of ATP-dependent activity / protein folding chaperone complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / DNA replication initiation / mRNA transport / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor activity / proteasome complex / nuclear periphery / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / transcription corepressor activity / protein transport / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear envelope / ribosomal small subunit biogenesis / histone binding / ATPase binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / translation / cell division / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / GTP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | ||||||||||||
![]() | Cruz, V.E. / Weirich, C.S. / Peddada, N. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 initiates peptidyl transferase center formation during 60S ribosome biogenesis. 著者: Victor E Cruz / Christine S Weirich / Nagesh Peddada / Jan P Erzberger / ![]() 要旨: DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this ...DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this study, we present cryo-EM reconstructions of nucleolar pre-60S intermediates that reveal an unexpected, alternate secondary structure within the nascent peptidyl-transferase-center (PTC). Our analysis of three sequential nucleolar pre-60S intermediates reveals that the DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 remodels this alternate base pairing and enables the formation of the rRNA junction that anchors the mature form of the universally conserved PTC A-loop. Post-catalysis, Dbp10 captures rRNA helix H61, initiating the concerted exchange of biogenesis factors during late nucleolar 60S maturation. Our findings show that Dbp10 activity is essential for the formation of the ribosome active site and reveal how this function is integrated with subsequent assembly steps to drive the biogenesis of the large ribosomal subunit. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
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アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 126
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 2211412803 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1772891209 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-ATP-dependent RNA helicase ... , 2種, 2分子 3D
#3: タンパク質 | 分子量: 113126.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12389 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q03532, RNA helicase |
-タンパク質 , 16種, 16分子 78IJKWblnpqsvwyz
#5: タンパク質 | 分子量: 23652.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P43586 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 81719.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P39744 |
#15: タンパク質 | 分子量: 75689.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07896 |
#16: タンパク質 | 分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P36049 |
#17: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38779 |
#28: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33201 |
#33: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02892 |
#43: タンパク質 | 分子量: 20411.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08962 |
#45: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53261 |
#47: タンパク質 | 分子量: 51426.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A8H4BV53 |
#48: タンパク質 | 分子量: 69912.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40991, 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase |
#50: タンパク質 | 分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40010 |
#53: タンパク質 | 分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40007 |
#54: タンパク質 | 分子量: 96656.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P25582, 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase |
#55: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12522 |
#56: タンパク質 | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38202 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 6種, 6分子 Amortu
#7: タンパク質 | 分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08235 |
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#44: タンパク質 | 分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04660 |
#46: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53927 |
#49: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40078 |
#51: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40693 |
#52: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07915 |
+60S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 BCEFLMPQRUVXYZcdefghijk
-Large ribosomal subunit protein ... , 6種, 6分子 GHNOSa
#13: タンパク質 | 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P17076 |
---|---|
#14: タンパク質 | 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05738 |
#20: タンパク質 | 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05748 |
#21: タンパク質 | 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P26784 |
#25: タンパク質 | 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX23 |
#32: タンパク質 | 分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX43 |
-非ポリマー , 5種, 7分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#57: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
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#58: 化合物 | #59: 化合物 | ChemComp-GDP / | #60: 化合物 | ChemComp-K / | #61: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 60S ribosome biogenesis intermediate / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#56 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 39.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1202000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19700 / 対称性のタイプ: POINT |