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- EMDB-43023: 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 catalytic structure -... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43023
タイトル60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 catalytic structure - Low-pass filtered locally refined map)
マップデータLow pass filtered map of locally refined map (Dbp10 catalytic state)
試料
  • 複合体: 60S ribosome biogenesis intermediate
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DBP10
キーワードRNA Binding (リボ核酸) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / rRNA processing / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / rRNA processing / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DBP10, C-terminal / DDX54/DBP10 family / DBP10CT (NUC160) domain / DBP10CT (NUC160) domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain ...DBP10, C-terminal / DDX54/DBP10 family / DBP10CT (NUC160) domain / DBP10CT (NUC160) domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DBP10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cruz VE / Weirich CS / Peddada N / Erzberger JP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM135617-01 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 initiates peptidyl transferase center formation during 60S ribosome biogenesis.
著者: Victor E Cruz / Christine S Weirich / Nagesh Peddada / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this ...DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this study, we present cryo-EM reconstructions of nucleolar pre-60S intermediates that reveal an unexpected, alternate secondary structure within the nascent peptidyl-transferase-center (PTC). Our analysis of three sequential nucleolar pre-60S intermediates reveals that the DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 remodels this alternate base pairing and enables the formation of the rRNA junction that anchors the mature form of the universally conserved PTC A-loop. Post-catalysis, Dbp10 captures rRNA helix H61, initiating the concerted exchange of biogenesis factors during late nucleolar 60S maturation. Our findings show that Dbp10 activity is essential for the formation of the ribosome active site and reveal how this function is integrated with subsequent assembly steps to drive the biogenesis of the large ribosomal subunit.
履歴
登録2023年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43023.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Low pass filtered map of locally refined map (Dbp10 catalytic state)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.002
最小 - 最大-0.015224732 - 0.022578854
平均 (標準偏差)0.000019663521 (±0.0005902748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_43023_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_43023_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 60S ribosome biogenesis intermediate

全体名称: 60S ribosome biogenesis intermediate
要素
  • 複合体: 60S ribosome biogenesis intermediate
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DBP10

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超分子 #1: 60S ribosome biogenesis intermediate

超分子名称: 60S ribosome biogenesis intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)

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分子 #1: ATP-dependent RNA helicase DBP10

分子名称: ATP-dependent RNA helicase DBP10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
分子量理論値: 113.126469 KDa
配列文字列: MAGVQKRKRD LEDQDDNGSE EDDIAFDIAN EIALNDSESD ANDSDSEVEA DYGPNDVQDV IEYSSDEEEG VNNKKKAENK DIKKKKNSK KEIAAFPMLE MSDDENNASG KTQTGDDEDD VNEYFSTNNL EKTKHKKGSF PSFGLSKIVL NNIKRKGFRQ P TPIQRKTI ...文字列:
MAGVQKRKRD LEDQDDNGSE EDDIAFDIAN EIALNDSESD ANDSDSEVEA DYGPNDVQDV IEYSSDEEEG VNNKKKAENK DIKKKKNSK KEIAAFPMLE MSDDENNASG KTQTGDDEDD VNEYFSTNNL EKTKHKKGSF PSFGLSKIVL NNIKRKGFRQ P TPIQRKTI PLILQSRDIV GMARTGSGKT AAFILPMVEK LKSHSGKIGA RAVILSPSRE LAMQTFNVFK DFARGTELRS VL LTGGDSL EEQFGMMMTN PDVIIATPGR FLHLKVEMNL DLKSVEYVVF DEADRLFEMG FQEQLNELLA SLPTTRQTLL FSA TLPNSL VDFVKAGLVN PVLVRLDAET KVSENLEMLF LSSKNADREA NLLYILQEII KIPLATSEQL QKLQNSNNEA DSDS DDEND RQKKRRNFKK EKFRKQKMPA ANELPSEKAT ILFVPTRHHV EYISQLLRDC GYLISYIYGT LDQHARKRQL YNFRA GLTS ILVVTDVAAR GVDIPMLANV INYTLPGSSK IFVHRVGRTA RAGNKGWAYS IVAENELPYL LDLELFLGKK ILLTPM YDS LVDVMKKRWI DEGKPEYQFQ PPKLSYTKRL VLGSCPRLDV EGLGDLYKNL MSSNFDLQLA KKTAMKAEKL YYRTRTS AS PESLKRSKEI ISSGWDAQNA FFGKNEEKEK LDFLAKLQNR RNKETVFEFT RNPDDEMAVF MKRRRKQLAP IQRKATER R ELLEKERMAG LSHSIEDEIL KGDDGETGYT VSEDALKEFE DADQLLEAQE NENKKKKKPK SFKDPTFFLS HYAPAGDIQ DKQLQITNGF ANDAAQAAYD LNSDDKVQVH KQTATVKWDK KRKKYVNTQG IDNKKYIIGE SGQKIAASFR SGRFDDWSKA RNLKPLKVG SRETSIPSNL LEDPSQGPAA NGRTVRGKFK HKQMKAPKMP DKHRDNYYSQ KKKVEKALQS GISVKGYNNA P GLRSELKS TEQIRKDRII AEKKRAKNAR PSKKRKF

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase DBP10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMBis-Tris-Propane
125.0 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
25.0 mMPotassium ChlorideKCl
10.0 mMMagnesium ChlorideMgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6em1

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
詳細: High-resolution map was low pass filtered to 6A to allow domain docking
使用した粒子像数: 195000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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