PDB-8v5e: IpaD (122-321) Pi-helix Mutant (delta Q148) Bound to Deoxycholate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v5e

タイトル

IpaD (122-321) Pi-helix Mutant (delta Q148) Bound to Deoxycholate

要素

Invasin IpaD

キーワード

CELL INVASION / T3SS / Shigella / Pi-helix / Deoxycholate

機能・相同性

effector-mediated activation of host programmed cell death by symbiont / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / extracellular region / Invasin IpaD

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Barker, S.A. / Dickenson, N.E. / Johnson, S.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the IpaD pi-helix reveals critical roles in DOC interaction, T3SS apparatus maturation, and Shigella virulence.
著者: Barker, S.A. / Bernard, A.R. / Morales, Y. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2023年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v5e.cif.gz	171.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v5e.ent.gz	135.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v5cC 8v7qC 8v7sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Invasin IpaD

B: Invasin IpaD

ヘテロ分子

44.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.612, 70.313, 171.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Invasin IpaD 分子量: 21853.375 Da / 分子数: 2 / 変異: Q148 deleted / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 化合物	ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.018 - 0.02 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 20% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 0.3 mM Deoxycholate acid sodium salt

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 27135 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	6.7	0.57	2450	0.846	0.958	0.216	0.613	1.066	89.8
2.28-2.37	9.9	0.484	2579	0.929	0.982	0.154	0.509	1.025	94.7
2.37-2.48	12.7	0.338	2694	0.973	0.993	0.096	0.351	1.03	98.6
2.48-2.61	13	0.231	2759	0.988	0.997	0.066	0.241	1.018	99.3
2.61-2.77	12.6	0.16	2736	0.994	0.998	0.046	0.166	1.008	99.3
2.77-2.99	12.8	0.111	2649	0.997	0.999	0.032	0.115	0.992	96.3
2.99-3.29	13.2	0.08	2759	0.998	0.999	0.023	0.083	1.03	99.5
3.29-3.76	12.7	0.059	2724	0.998	1	0.017	0.061	0.997	97
3.76-4.74	13.3	0.049	2837	0.999	1	0.014	0.051	1.013	99.9
4.74-35	12.1	0.042	2948	0.999	1	0.013	0.044	1.01	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→34.649 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	1343	5 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.1988	26856	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3030	0	62	91	3183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	4271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.008	1870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.2787	0.323	120	0.2628	2291	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2787-2.3699	0.3181	130	0.2558	2467	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3699-2.4777	0.2695	133	0.2343	2526	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4777-2.6083	0.2657	137	0.2246	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6083-2.7717	0.3012	135	0.228	2559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7717-2.9856	0.2568	132	0.2337	2506	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9856-3.2858	0.2564	136	0.2269	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2858-3.7608	0.2303	136	0.2021	2570	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7608-4.7363	0.2212	139	0.1642	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7363-34.649	0.177	145	0.1709	2746	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7991	-0.0687	-0.571	7.3188	7.9169	8.8428	0.1486	0.0303	-0.1648	0.27	0.3437	-0.6953	0.3107	0.1807	-0.4992	0.2933	0.0511	-0.111	0.4397	-0.0344	0.4486	23.0506	-6.0253	-20.1835
2	1.8792	0.4824	1.0221	3.6037	1.5047	3.732	0.3146	-0.7461	-0.1193	2.1301	-0.093	-0.2325	1.5262	-0.0648	-0.2367	0.9686	-0.0099	-0.1705	0.6759	-0.0479	0.4888	18.7505	-15.6919	-14.1319
3	0.9237	2.0813	2.091	6.2095	6.7636	7.5525	-0.1843	0.1235	-0.0487	-0.3535	0.18	0.1506	-0.323	0.2909	0.0035	0.2877	0.0473	-0.0383	0.4063	-0.0514	0.3793	17.6365	-3.1882	-24.5869
4	1.674	0.524	2.5968	1.0856	1.5074	8.5947	0.0219	-0.3033	0.2656	0.0426	-0.0782	0.1448	-0.1406	-0.4411	0.0674	0.321	0.0217	-0.0053	0.2698	-0.0384	0.3694	3.3406	19.3409	-20.4357
5	7.5279	-2.2888	-0.8987	8.7575	3.9875	2.2147	-0.0798	0.4495	0.0528	-1.022	-0.1385	0.165	-1.1146	-0.0262	0.3059	0.3706	-0.0268	-0.059	0.3261	0.1258	0.3871	-3.9332	18.897	-52.2023
6	2.4481	1.9592	3.191	4.5289	5.1255	8.616	-0.147	0.364	0.372	-0.2398	0.2514	-0.2722	-1.0074	0.7462	-0.0862	0.4051	-0.0577	-0.0442	0.4672	0.0558	0.5705	6.7518	26.0888	-37.1637
7	0.3972	0.5152	2.4744	-0.0337	0.9872	3.1819	0.1592	0.2128	-0.0449	-0.0177	0.0187	0.0135	0.5158	0.4517	-0.1305	0.4043	0.1128	-0.0538	0.4866	-0.068	0.4102	7.8259	11.4246	-28.2107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 126 through 205 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 262 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 263 through 320 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 126 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 180 through 206 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 207 through 271 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 272 through 320 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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