+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8v7s | ||||||
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Title | IpaD (122-321) Apo Structure | ||||||
Components | Invasin IpaD | ||||||
Keywords | CELL INVASION / Type Three Secretion System / T3SS / T3SA / Shigella / Pi helix / Deoxycholate bound | ||||||
Function / homology | effector-mediated activation of programmed cell death in host / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / extracellular region / Invasin IpaD Function and homology information | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.708 Å | ||||||
Authors | Barker, S.A. / Dickenson, N.E. / Johnson, S.J. / Morales, Y. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Structural and functional characterization of the IpaD pi-helix reveals critical roles in DOC interaction, T3SS apparatus maturation, and Shigella virulence. Authors: Barker, S.A. / Bernard, A.R. / Morales, Y. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8v7s.cif.gz | 165.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8v7s.ent.gz | 131.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8v7s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/8v7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/8v7s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8v5cC 8v5eC 8v7qC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22241.812 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 122-321 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Gene: ipaD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P18013 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.018 - 0.02 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 20% w/v Poly (acrylic acid sodium salt) 5100, 0.3 mM Deoxycholate acid sodium salt |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 5, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 13359 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 66496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.708→45.89 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 32.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.708→45.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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