PDB-8v5c: IpaD (122-321) Bound to Deoxycholate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v5c

タイトル

IpaD (122-321) Bound to Deoxycholate

要素

Invasin IpaD

キーワード

CELL INVASION / T3SS / Shigella / Pi-helix / Deoxycholate

機能・相同性

effector-mediated activation of programmed cell death in host / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / extracellular region / Invasin IpaD

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Barker, S.A. / Dickenson, N.E. / Johnson, S.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the IpaD pi-helix reveals critical roles in DOC interaction, T3SS apparatus maturation, and Shigella virulence.
著者: Barker, S.A. / Bernard, A.R. / Morales, Y. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2023年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v5c.cif.gz	169.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v5c.ent.gz	133.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v5c_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v5c_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8v5c_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8v5c_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v5eC 8v7qC 8v7sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Invasin IpaD

B: Invasin IpaD

ヘテロ分子

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.768, 43.350, 93.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Invasin IpaD 分子量: 22023.537 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 122-320 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.018 - 0.02 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 20% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 0.3 mM Deoxycholate acid sodium salt

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→35 Å / Num. obs: 35366 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.014 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.96-2.03	5.6	0.333	3243	0.948	0.987	0.145	0.365	1.031	90.8
2.03-2.11	6	0.279	3479	0.961	0.99	0.119	0.304	1.031	96.5
2.11-2.21	6.1	0.221	3473	0.973	0.993	0.095	0.242	1.053	96
2.21-2.32	6.9	0.194	3565	0.981	0.995	0.078	0.21	1.027	98.6
2.32-2.47	6.9	0.165	3542	0.981	0.995	0.067	0.178	1.026	98.4
2.47-2.66	6.9	0.145	3598	0.982	0.995	0.059	0.157	1.004	99.1
2.66-2.93	6.6	0.13	3548	0.987	0.997	0.054	0.141	0.992	97.4
2.93-3.35	7.1	0.111	3640	0.986	0.996	0.045	0.12	1.009	99.3
3.35-4.22	6.7	0.094	3564	0.991	0.998	0.039	0.102	0.989	97.6
4.22-35	6.9	0.078	3714	0.994	0.999	0.032	0.085	0.99	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→34.057 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	1762	5 %
R_work	0.1886	-	-
obs	0.1904	35231	97.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→34.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2950	0	68	153	3171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3067
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	4156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.481	1824
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.013	0.2631	124	0.2389	2346	X-RAY DIFFRACTION	90
2.013-2.0722	0.2791	132	0.2331	2520	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0722-2.1391	0.2865	133	0.2143	2523	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1391-2.2155	0.2399	132	0.2071	2513	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2155-2.3042	0.2486	136	0.1956	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3042-2.4091	0.2467	138	0.1964	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4091-2.536	0.2322	138	0.1888	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.536-2.6949	0.2464	136	0.1955	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6949-2.9028	0.2446	135	0.2019	2555	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9028-3.1948	0.266	138	0.2036	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1948-3.6566	0.2392	140	0.1964	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6566-4.6051	0.1878	137	0.1625	2613	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6051-34.057	0.1927	143	0.1792	2711	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6454	0.3277	-0.4507	1.0593	-0.9069	6.4151	0.0608	0.039	-0.0182	-0.0846	-0.0845	-0.0834	-0.2751	0.4205	0.0266	0.3976	0.0402	0.0164	0.1942	-0.0192	0.3439	-29.9342	-6.7174	26.6635
2	0.7409	0.026	-0.179	1.5664	-0.0025	7.5122	-0.0076	0.1843	0.0553	-0.1951	0.1111	-0.1586	0.2563	0.8037	-0.0945	0.4041	0.0353	0.0459	0.253	-0.0288	0.3205	-24.8791	-8.948	13.8814
3	3.7799	2.9222	4.2475	3.5496	3.1682	7.2193	0.115	-0.2752	0.1567	0.6283	-0.2381	0.2744	-0.2098	-0.4737	0.1754	0.4822	0.0093	0.0952	0.1955	-0.0017	0.3074	-41.3254	-19.1551	50.771
4	3.7676	2.2873	4.4437	1.9316	1.3472	8.3425	0.3043	0.8477	-0.5726	-0.4549	-0.3626	0.6208	0.7736	-1.3574	-0.047	0.6508	0.0861	-0.2036	1.094	-0.3759	0.8144	-62.8582	-26.2902	14.8217
5	8.4699	-3.1902	-1.178	2.7284	-3.0467	8.354	-0.0753	0.0851	-0.1362	0.4161	0.0743	0.3654	-0.6878	-1.4289	0.0424	0.498	0.1683	-0.0846	0.6876	-0.1377	0.543	-62.3224	-15.7722	28.8541
6	1.4346	0.4699	2.2728	5.1467	-0.6066	3.9284	-0.1999	0.7878	-0.152	-0.4178	0.2734	0.6003	-1.2951	0.4126	0.1469	0.9885	0.3256	-0.281	1.6645	-0.3967	0.8444	-68.9738	-16.886	1.4116
7	6.8261	1.1494	4.7335	2.452	2.252	8.4991	0.0923	1.2653	0.0911	-0.8181	-0.3732	0.3048	-0.1362	0.2799	0.0347	0.5706	0.1296	-0.0318	0.4198	-0.0344	0.3329	-48.3493	-20.2029	18.637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 122 through 186 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 187 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 123 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 150 through 205 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 251 through 274 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 275 through 319 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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