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- PDB-8v4x: Structure of MALT1 in complex with an allosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v4x
タイトルStructure of MALT1 in complex with an allosteric inhibitor
要素
  • Inhibitor peptide
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Hydrolase / allosteric inhibitor. / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / Activation of NF-kappaB in B cells / CLEC7A (Dectin-1) signaling / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of T cell cytokine production / fibrillar center / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-N-[(3R)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-fluoro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide / : / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.486 Å
データ登録者Judge, R.A. / Pappano, W.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2024
タイトル: Inhibition of MALT1 and BCL2 Induces Synergistic Antitumor Activity in Models of B-Cell Lymphoma.
著者: Plotnik, J.P. / Richardson, A.E. / Yang, H. / Rojas, E. / Bontcheva, V. / Dowell, C. / Parsons, S. / Wilson, A. / Ravanmehr, V. / Will, C. / Jung, P. / Zhu, H. / Partha, S.K. / Panchal, S.C. ...著者: Plotnik, J.P. / Richardson, A.E. / Yang, H. / Rojas, E. / Bontcheva, V. / Dowell, C. / Parsons, S. / Wilson, A. / Ravanmehr, V. / Will, C. / Jung, P. / Zhu, H. / Partha, S.K. / Panchal, S.C. / Mali, R.S. / Kohlhapp, F.J. / McClure, R.A. / Ramathal, C.Y. / George, M.D. / Jhala, M. / Elsen, N.L. / Qiu, W. / Judge, R.A. / Pan, C. / Mastracchio, A. / Henderson, J. / Meulbroek, J.A. / Green, M.R. / Pappano, W.N.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
D: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
E: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
F: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
G: Inhibitor peptide
H: Inhibitor peptide
I: Inhibitor peptide
J: Inhibitor peptide
K: Inhibitor peptide
L: Inhibitor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,25316
ポリマ－267,34012
非ポリマー1,9144
水6,990388
1
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
G: Inhibitor peptide
I: Inhibitor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0706
ポリマ－89,1134
非ポリマー9572
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
D: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
H: Inhibitor peptide
J: Inhibitor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0706
ポリマ－89,1134
非ポリマー9572
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
K: Inhibitor peptide

F: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
L: Inhibitor peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1134
ポリマ－89,1134
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
4
F: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
L: Inhibitor peptide

E: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
K: Inhibitor peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1134
ポリマ－89,1134
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.32, 78.77, 135.88
Angle α, β, γ (deg.)90, 112.52, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 43859.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / Cell (発現宿主): HEK (293-EBNA) / 細胞株 (発現宿主): HEK (293-EBNA) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド
Inhibitor peptide


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 697.244 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-N-[(3R)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-fluoro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide
#3: 化合物
ChemComp-A1AAB / N-{7-[(1S)-1-methoxyethyl]-2-methyl[1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-6-yl}-N'-[6-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)-5-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]urea


分子量: 478.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17F3N8O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.486→125.521 Å / Num. obs: 51037 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.486→2.817 Å / Num. unique obs: 2554 / CC1/2: 0.564 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.486→34.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.496
詳細: Data was processed using the Global Phasing autoProc with STARANISO processing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2852 2471 -RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2129 51037 54.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6928 Å20 Å21.1627 Å2
2---3.7946 Å20 Å2
3---3.1018 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.486→34.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16898 0 414 388 17700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00717640HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9323919HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6141SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3144HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17640HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2279SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13359SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.7
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3839 40 -
Rwork0.2504 --
obs0.2567 1021 5.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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