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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v32 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | TnsD-TnsC-DNA complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / TnsC / TnsD / Tn7-like transposon / type I-B2 CAST / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / AAA domain / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Chang, L. / Wang, S. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of TnsABCD transpososome reveals mechanisms of targeted DNA transposition. 著者: Shukun Wang / Romana Siddique / Mark C Hall / Phoebe A Rice / Leifu Chang / ![]() 要旨: Tn7-like transposons are characterized by their ability to insert specifically into host chromosomes. Recognition of the attachment (att) site by TnsD recruits the TnsABC proteins to form the ...Tn7-like transposons are characterized by their ability to insert specifically into host chromosomes. Recognition of the attachment (att) site by TnsD recruits the TnsABC proteins to form the transpososome and facilitate transposition. Although this pathway is well established, atomic-level structural insights of this process remain largely elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the TnsC-TnsD-att DNA complex and the TnsABCD transpososome from the Tn7-like transposon in Peltigera membranacea cyanobiont 210A, a type I-B CRISPR-associated transposon. Our structures reveal a striking bending of the att DNA, featured by the intercalation of an arginine side chain of TnsD into a CC/GG dinucleotide step. The TnsABCD transpososome structure reveals TnsA-TnsB interactions and demonstrates that TnsC not only recruits TnsAB but also directly participates in the transpososome assembly. These findings provide mechanistic insights into targeted DNA insertion by Tn7-like transposons, with implications for improving the precision and efficiency of their genome-editing applications. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 606.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 493.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 42941MC ![]() 9bw1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 QRSTUVWJ
#1: タンパク質 | 分子量: 43521.934 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CDG76_08990 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 52821.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 HI
#2: DNA鎖 | 分子量: 24727.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 24608.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 18分子 






#5: 化合物 | ChemComp-ATP / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associated transposon system タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154947 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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