PDB-8v31: Structure of Alistipes sp. 3-Keto-2-hydroxy-glucal-hydratase AL2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v31

タイトル

Structure of Alistipes sp. 3-Keto-2-hydroxy-glucal-hydratase AL2

要素

Glycosyl hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Hydratase / GH16-like

機能・相同性

3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / hydrolase activity / Glycosyl hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Alistipes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Lazarski, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An alternative broad-specificity pathway for glycan breakdown in bacteria.
著者: Nasseri, S.A. / Lazarski, A.C. / Lemmer, I.L. / Zhang, C.Y. / Brencher, E. / Chen, H.M. / Sim, L. / Panwar, D. / Betschart, L. / Worrall, L.J. / Brumer, H. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

履歴

登録	2023年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v31.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v31.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v31_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v31_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	8v31_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	8v31_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcdC 8tcrC 8tcsC 8tctC 8tdaC 8tdeC 8tdfC 8tdhC 8tdiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase

C: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.088, 95.088, 159.542
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase / 3-Keto-2-hydroxy-glucal-hydratase AL2 分子量: 30959.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alistipes (バクテリア) / 遺伝子: A3BBH6_04590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y1WGD9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris methane pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18085 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.18085 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→47.54 Å / Num. obs: 24911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 22.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.79-47.54	16.8	0.024	24911	1	0.008	0.025
2.65-2.78	18.5	2.057	3236	0.868	0.704	2.176

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→47.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 11.308 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2441	1229	4.982 %
R_work	0.1966	23441	-
all	0.199	-	-
obs	-	24670	99.12 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3938	0	2	40	3980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	4051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.654	1.808	5494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.878	1.778	8410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.891	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.262	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.301	10	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.754	10	210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.1	0.2	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.275	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.552	5.884	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.503	5.885	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.367	10.567	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.365	10.571	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.531	6.315	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.497	6.313	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.22	11.325	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.217	11.327	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.937	54.03	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.943	54.055	4305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.719	0.481	91	0.439	1663	X-RAY DIFFRACTION	97.7159
2.719-2.793	0.337	82	0.289	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.874	0.325	94	0.245	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.874-2.962	0.337	79	0.224	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.962-3.058	0.294	82	0.207	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.058-3.165	0.252	66	0.201	1491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.165-3.284	0.241	69	0.191	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.284-3.418	0.264	72	0.214	1396	X-RAY DIFFRACTION	99.5929
3.418-3.569	0.329	63	0.277	1299	X-RAY DIFFRACTION	97.4946
3.569-3.742	0.316	75	0.279	1205	X-RAY DIFFRACTION	95.6652
3.742-3.943	0.306	75	0.267	1170	X-RAY DIFFRACTION	95.5487
3.943-4.18	0.178	57	0.175	1129	X-RAY DIFFRACTION	98.751
4.18-4.467	0.21	52	0.13	1093	X-RAY DIFFRACTION	100
4.467-4.821	0.141	61	0.117	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
4.821-5.276	0.182	47	0.119	948	X-RAY DIFFRACTION	100
5.276-5.889	0.172	38	0.131	874	X-RAY DIFFRACTION	100
5.889-6.783	0.157	39	0.147	767	X-RAY DIFFRACTION	100
6.783-8.266	0.221	42	0.169	653	X-RAY DIFFRACTION	100
8.266-11.517	0.238	33	0.153	529	X-RAY DIFFRACTION	100
11.517-47.54	0.243	12	0.233	338	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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