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- PDB-8v1l: Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v1l
タイトルCrystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with small molecule
要素Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Small Molecule / complex / NTF2L / G3BP1 FAZ compound
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / DNA helicase activity / stress granule assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / molecular condensate scaffold activity / cytoplasmic stress granule / endonuclease activity ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / DNA helicase activity / stress granule assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / molecular condensate scaffold activity / cytoplasmic stress granule / endonuclease activity / defense response to virus / DNA helicase / perikaryon / Ras protein signal transduction / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / innate immune response / focal adhesion / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Hughes, M.P. / Taylor, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)R35NS097974 米国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2024
タイトル: Identification of small molecule inhibitors of G3BP-driven stress granule formation.
著者: Freibaum, B.D. / Messing, J. / Nakamura, H. / Yurtsever, U. / Wu, J. / Kim, H.J. / Hixon, J. / Lemieux, R.M. / Duffner, J. / Huynh, W. / Wong, K. / White, M. / Lee, C. / Meyers, R.E. / Parker, R. / Taylor, J.P.
履歴
登録2023年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
E: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
F: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,67812
ポリマ－95,3946
非ポリマー4,2836
水1,65792
1
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2264
ポリマ－31,7982
非ポリマー1,4282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
2
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2264
ポリマ－31,7982
非ポリマー1,4282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
3
E: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子

F: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2264
ポリマ－31,7982
非ポリマー1,4282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_446-x-1,y-1/2,-z+11
Buried area2910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.170, 84.690, 102.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15899.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物
ChemComp-Y9M / N-[(2S)-2-fluoro-4,4-dimethylpentanoyl]-3-hydroxy-L-valyl-(betaS)-beta-methyl-L-phenylalanyl-D-alanyl-N-benzyl-N,O-dimethyl-L-homoserinamide


分子量: 713.879 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H56FN5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→46.87 Å / Num. obs: 23085 / % possible obs: 96.51 % / 冗長度: 1.05 % / CC1/2: 0.875 / CC star: 0.72 / Net I/σ(I): 0.281
反射 シェル解像度: 2.68→2.749 Å / Rmerge(I) obs: 0.337 / Num. unique obs: 1685 / % possible all: 95.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→46.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.72 / SU B: 26.271 / SU ML: 0.548 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.577 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.39465 1165 4.8 %RANDOM
Rwork0.27558 ---
obs0.28101 23085 96.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.68→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6069 0 291 92 6452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0126556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0165692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.6838919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4211.58413115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2425779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.012560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.13910932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1793.763110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1783.763110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6095.6293870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6085.6293871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9153.8693446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9153.8693447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1255.7545043
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.41453.3187469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.41353.3157470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.749 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 98 -
Rwork0.337 1685 -
obs--95.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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